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UltraPureTM Agarose

https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/16500100?ICID=search-16500100

公司名称: Thermo Fisher Scientific
产品编号: 16500100
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Random Insertional Mutagenesis of a Serotype 2 Dengue Virus Clone
Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract]  Protein tagging is a powerful method of investigating protein function. However, modifying positive-strand RNA virus proteins in the context of viral infection can be particularly difficult as their compact genomes and multifunctional proteins mean even small changes can inactivate or attenuate the virus. Although targeted approaches to functionally tag viral proteins have been successful, these approaches are time consuming and inefficient. A strategy that has been successfully applied to several RNA viruses is whole-genome transposon insertional mutagenesis. A library of viral genomes, each ... [摘要]  蛋白质标记是研究蛋白质功能的有效方法。然而,在病毒感染的情况下修饰正链RNA病毒蛋白可能特别困难,因为它们的紧密基因组和多功能蛋白意味着即使很小的变化也可以使病毒失活或减弱。尽管功能性标记病毒蛋白的靶向方法已经成功,但这些方法耗时且效率低。已经成功应用于几种RNA病毒的策略是全基因组转座子插入诱变。通过细胞培养中的传代选择病毒基因组文库,每个文库含有单个随机放置的小插入,并且可以使用下一代测序(NGS)鉴定插入位点。在这里,我们描述了用于登革病毒16681株血清型2的转座子诱变的方案。含有短随机放置插入物的突变登革病毒文库通过哺乳动物细胞传代,插入由有活力后代的NGS定位。该方案分为四个阶段:登革热cDNA克隆的转座子诱变,病毒基因组转染到允许细胞,分离病毒后代基因组和测序文库制备。

【背景】 ...

RNA Immunoprecipitation (RIP) Sequencing of Pri-miRNAs Associated with the Dicing Complex in Arabidopsis
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract]  RNA immunoprecipitation (RIP) is an antibody-based technique used to map in vivo RNA-protein interactions. DBR1, an RNA debranching enzyme, is responsible for the debranching of lariat RNA, for the degradation and turnover of lariat RNAs. It is well known that primary miRNA (Pri-miRNA) is recognized and further processed into mature miRNA by the Dicing complex mainly composed of DCL1 and HYL1. Due to the low abundance of pri-miRNAs, RIP followed qRT-PCR has been widely used to evaluate the binding efficiency of the Dicing complex with pri-miRNAs in previous studies. Therefore, the ... [摘要]  RNA免疫沉淀(RIP)是一种基于抗体的技术,用于绘制体内 RNA-蛋白质相互作用。 DBR1是一种RNA脱支酶,负责套索RNA的脱支,用于套索RNA的降解和转换。众所周知,主要miRNA(Pri-miRNA)被主要由DCL1和HYL1组成的切割复合物识别并进一步加工成成熟miRNA。由于pri-miRNA的丰度较低,RIP随后的qRT-PCR已被广泛用于评估切割复合物与pri-miRNA在先前研究中的结合效率。因此,缺乏对具有pri-miRNA的切割复合物的全基因组评估。随着高通量测序技术的改进,我们成功地使用RIP-seq比较了Dicing复合物与野生型和 dbr1-2 突变体之间的pri-miRNA的结合效率。 。在该方案中,我们提供了在两种不同基因型之间的HYL1-YFP和DCL1-YFP转基因植物中使用GFP捕获珠的RIP-seq的详细描述。该方法可用于评估pri-miRNA与拟南芥中的切割复合物的结合,并且它可以应用于植物中的其他RNA结合蛋白。

Sequencing of Ebola Virus Genomes Using Nanopore Technology
Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract]  Sequencing of virus genomes during disease outbreaks can provide valuable information for diagnostics, epidemiology, and evaluation of potential countermeasures. However, particularly in remote areas logistical and technical challenges can be significant. Nanopore sequencing provides an alternative to classical Sanger and next-generation sequencing methods, and was successfully used under outbreak conditions (Hoenen et al., 2016; Quick et al., 2016). Here we describe a protocol used for sequencing of Ebola virus under outbreak conditions using Nanopore technology, which we ... [摘要]  病毒基因组在疾病爆发期间的测序可以为诊断,流行病学和潜在对策的评估提供有价值的信息。然而,特别是在偏远地区,后勤和技术挑战可能很大。纳米孔测序提供了经典的Sanger和下一代测序方法的替代物,并且在爆发条件下成功使用(Hoenen等人,2016; Quick等人,2016 )。在这里我们描述了用于在爆发条件下使用纳米孔技术对埃博拉病毒进行测序的方案,我们在CDC/NIH诊断实验室(de Wit等人,2016)成功地实施了ELWA- 3 确定病毒基因组的全长序列是必不可少的,因为它是在利比里亚蒙罗维亚的埃博拉病毒治疗股在最近在西非爆发的埃博拉病毒爆发期间。

<病毒学中的程序。虽然经典的方法涉及sanger测序后引物步行战略,较新的方法涉及使用下一代测序方法,如454,illumina或ion torrent技术。所有这些技术的常见问题,尽管它们的许多优点,是所需的仪器是大的,昂贵的,脆弱的,因此难以运输。此外,经常涉及文库制备程序。虽然在通常情况下这些问题没有什么影响,因为这些机器在具有优良基础设施的专门实验室中运行,在偏远地区的病毒爆发期间(例如在埃博拉病毒爆发的情况下),这可能造成重大问题,特别是在样品出口从受影响的地区到这些专门的实验室往往在政治和后勤方面具有挑战性。在这些情况下,可以容易和快速地部署到偏远地区,并允许在爆发区域直接进行测序的测序技术的可用性是非常有价值的。因此,我们已经在monrovia的elwa-3埃博拉病毒治疗单元的现场诊断实验室测试了minion测序装置,该装置当时正在由oxford="" nanopore="" technologies(ont)开发。(de="" wit等人,/em="">。,2016),并且制定了在这些条件下快速产生埃博拉病毒的全长序列的方案。该装置使用纳米孔,核苷酸链通过其以受控的方式运输。核苷酸阻断并因此调节流过这些孔的离子流,这取决于通过纳米孔的核苷酸的物理性质,并且这些电流调节通过装置测量并翻译成核苷酸序列。该测试的结果表明该技术确实显示出作为可快速部署和高度可用的测序平台的巨大前景,其在其他地方是可用的(Hoenen等人,2016),以及类似的使用与Quick自己的努力独立地执行的相同测序平台进行的测试。 (2016年)。 ...

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