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Magnesium chloride hexahydrate

氯化镁六水合物

公司名称: Sigma-Aldrich
产品编号: M2670
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A Highly Sensitive Anion Exchange Chromatography Method for Measuring cGAS Activity in vitro
Author:
Date:
2018-10-20
[Abstract]  Cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) is a pattern recognition receptor (PRR) that senses double stranded DNA (dsDNA) in the cytosol and this leads to the activation of stimulator of interferon genes (STING) via the secondary messenger 2’3’-cyclic GMP-AMP (2’3’-cGAMP). STING then recruits TANK binding kinase 1 (TBK-1) and this complex can phosphorylate and activate interferon regulatory factor 3 (IRF3) leading to the induction of type I interferons and other antiviral genes. The cGAS:DNA complex catalyzes the synthesis of 2’3’-cGAMP and the purpose of the protocol presented here is to measure the in ... [摘要]  环状GMP-AMP合酶(cGAS)是一种模式识别受体(PRR),可以感知胞质溶胶中的双链DNA(dsDNA),并通过第二信使2'3'来激活干扰素基因刺激物(STING)。环GMP-AMP(2'3'-cGAMP)。然后STING募集TANK结合激酶1(TBK-1),该复合物可磷酸化并激活干扰素调节因子3(IRF3),导致I型干扰素和其他抗病毒基因的诱导。 cGAS:DNA复合物催化2'3'-cGAMP的合成,这里提出的方案的目的是测量在dsDNA存在下纯化的cGAS的体外>活性。开发该方案是为了阐明dsDNA长度与cGAS活性水平之间的关系。该方法涉及与低浓度cGAS和dsDNA的体外>反应,然后使用阴离子交换色谱法定量反应产物。当比较不同DNA片段激活cGAS的能力时,低浓度的cGAS和dsDNA以及该测定的高灵敏度是关键优势。

【背景】细胞胞质内存在双链DNA是DNA或逆转录病毒感染的潜在迹象。核苷酸转移酶cGAS作为感知细胞溶质dsDNA的模式识别受体起作用。 cGAS被dsDNA变构激活并催化ATP和GTP转化为环状二核苷酸2'3'-cGAMP(或简称cGAMP)(Ablasser et al。>,2013; Civril et al 。>,2013; Diner et al。>,2013; Gao et al。>,2013; ...

Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract]  Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ... [摘要]  染色体构象捕获测序(Hi-C)是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加(3C)(Dekker et al。,2002)。 3C的基本工作流程包括(i)通常用甲醛固定完整的染色质,(ii)用限制酶切割固定的染色质,(iii)在稀释条件下重新连接粘性末端,以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和(iv)量化基因组基因座对之间的连接事件的数量(de Wit和de Laat,2012)。在最初的3C方案中,通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点(“一对一”)的选定连接接头来测量连接频率(Dekker et al。,2002 )。然后,染色体构象捕获芯片(4C)和染色体构象捕获碳复制(5C)技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C(Lieberman-Aiden et al。,2009)最终将3C与下一代测序相结合(Metzker,2010)。此处,在再连接之前,用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序,并将得到的读数映射到参考基因组,允许以“多对多”方式确定接触概率,其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理(Lieberman-Aiden et ...

In vitro Enzymatic Assays of Histone Decrotonylation on Recombinant Histones
Author:
Date:
2018-07-20
[Abstract]  Class I histone deacetylases (HDACs) are efficient histone decrotonylases, broadening the enzymatic spectrum of these important (epi-)genome regulators and drug targets. Here, we describe an in vitro approach to assaying class I HDACs with different acyl-histone substrates, including crotonylated histones and expand this to examine the effect of inhibitors and estimate kinetic constants. [摘要]  I类组蛋白去乙酰化酶(HDACs)是有效的组蛋白去蛋白酶,拓宽了这些重要(epi-)基因组调节因子和药物靶标的酶谱。 在这里,我们描述了一种体外方法来测定具有不同酰基 - 组蛋白底物的I类HDAC,包括巴豆酰化组蛋白,并将其扩展以检查抑制剂的作用并估计动力学常数。

【背景】组蛋白的翻译后修饰是基因组调控的重要方面,包括基因表达(例如参见Pengelly et al。,2013;在Castillo 等人中综述,2017)。组蛋白修饰改变染色质结构和/或调节蛋白质的结合,例如核小体重塑因子(在Bannister和Kouzarides,2011中综述)。大多数组蛋白修饰是可逆的并且可以酶促去除。例如,通过组蛋白脱乙酰基酶(HDAC)除去组蛋白乙酰化,其中存在几类。近年来,新的组蛋白赖氨酸酰化,包括琥珀酰化,丙酰化,丁酰化,羟基丁基化和巴豆酰化已成为规范组蛋白乙酰化的新替代物,并且已经证实了许多这些新发现的组蛋白修饰的功能相关性(Sabari 等人,2017)。特别是,组蛋白巴豆酰化与活性基因表达有关,并被认为受细胞代谢状态的影响(Sabari et al。,2015; Fellows et al。 ,2018年)。最近已显示I类组蛋白脱乙酰酶也有效地去除组蛋白质(Wei et al。,2017; Fellows et al。,2018)。
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