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Tryptone

胰蛋白胨

公司名称: BD
产品编号: 211705
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Other protocol()

Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract]  Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry. [摘要]  组蛋白翻译后修饰(PTM)调节许多细胞过程,包括基因转录,细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里,我们提出了一个协议,使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。

【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质(Cheung和Lau,2005),异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰(PTM)的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象,还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用(Felsenfeld和Groudine,2003; Allshire和Madhani,2017)。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化,磷酸化,甲基化,泛素化,生物素化,SUMO化和脯氨酸异构化,统称为“组蛋白标记” - 可以被发现,特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部( Guetg和Santoro,2012)。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程,包括基因转录,细胞分裂和DNA损伤修复(Suganuma和Workman,2011)(Musselman et al。, 2012)。因此,已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。

使用常规方法(例如,表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器)研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性(Phizicky和Fields,1995; ...

High-throughput Microscopic Analysis of Salmonella Invasion of Host Cells
Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract]  Salmonella is a Gram-negative bacterium causing a gastro-enteric disease called salmonellosis. During the first phase of infection, Salmonella uses its flagella to swim near the surface of the epithelial cells and to target specific site of infection. In order to study the selection criteria that determine which host cells are targeted by the pathogen, and to analyze the relation between infecting Salmonella (i.e., cooperation or competition), we have established a high-throughput microscopic assay of HeLa cells sequentially infected with fluorescent ... [摘要]  沙门氏菌是革兰氏阴性细菌,引起称为沙门氏菌病的胃肠疾病。在感染的第一阶段,沙门氏菌使用其鞭毛在上皮细胞表面附近游泳并靶向特定的感染部位。为了研究确定哪种宿主细胞被病原体靶向的选择标准,并分析感染沙门氏菌( ie ,合作或竞争)之间的关系,我们有建立了对荧光细菌依次感染的HeLa细胞的高通量显微镜检测。使用自动化图像分析管道,我们定量表征了感染和未感染细胞的众多参数。基于此,我们建立了一个预测模型,使我们能够识别宿主细胞易受感染的参数。我们发现宿主细胞易损性有两个来源:病原体诱导的细胞易感性从沙门氏菌摄取中出现并持续存在于感染过程的后期阶段;以及与细胞固有属性相关的宿主细胞固有的脆弱性,例如局部细胞拥挤和胆固醇含量。我们的方法基于形态学或分子宿主细胞参数预测单层上皮细胞中沙门氏菌感染的概率。在这里,我们提供了工作流程的详细描述,包括基于计算机的分析管道。我们的方法有可能应用于研究宿主 - 病原体相互作用的其他组合。

【背景】鼠伤寒沙门氏菌血清型鼠伤寒沙门氏菌通过摄入受污染的食物或水感染宿主,引起沙门氏菌病。一旦细菌到达肠道的远端回肠,它们就会侵入广泛的宿主细胞,包括肠上皮细胞(Watson和Holden,2010)。在宿主细胞入侵的第一阶段,沙门氏菌选择其目标,使用其鞭毛游泳并扫描上皮表面(Misselwitz et ...

Bacterial Microcolonies in Gel Beads for High-throughput Screening
Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract]  High-throughput screening of a DNA library expressed in a bacterial population for identifying potentially rare members displaying a property of interest is a crucial step for success in many experiments such as directed evolution of proteins and synthetic circuits and deep mutational scanning to identify gain- or loss-of-function mutants.

Here, I describe a protocol for high-throughput screening of bacterial (E. coli) microcolonies in gel beads. Single cells are encapsulated into monodisperse water-in-oil emulsion droplets produced with a microfluidic device. The aqueous ...
[摘要]  在细菌群体中表达的DNA文库的高通量筛选用于鉴定显示感兴趣性质的潜在稀有成员是在许多实验中成功的关键步骤,例如蛋白质和合成回路的定向进化以及用于鉴定增益的深度突变扫描 - 或功能丧失的突变体。

在这里,我描述了一种用于高通量筛选凝胶珠中细菌(大肠杆菌)微菌落的方案。将单细胞包封成用微流体装置产生的单分散油包水乳液液滴。水溶液还含有琼脂糖,其在冰上冷却时凝胶化,从而在液滴内部形成固体凝胶珠。在乳液温育期间,细胞在珠内生长成单克隆微菌落。在从乳液中分离凝胶珠并通过荧光激活细胞分选(FACS)分选后,从凝胶珠中回收细菌,然后准备进行进一步的分选,诱变或分析。为了通过FACS分类,该方案需要荧光读数,例如荧光报告蛋白的表达。测量微小菌落的平均荧光信号降低了高表型细胞间变异性的影响,并且与单细胞分选相比提高了灵敏度。我们应用这种方法在ON和OFF状态下对pBAD启动子文库进行分类(Duarte et al。,2017)。

【背景】荧光激活细胞分选(FACS)具有> 10 7 事件/ h的无与伦比的筛选通量(Davies,2012)。然而,通过FACS根据其荧光分选单个细胞以筛选合成回路的文库(Schaerli和Isalan,2013)经常受到高表型细胞间变异性的阻碍。或者,可以对水凝胶珠中所含的小细胞集落(微集落)进行分类(Weaver ...

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