| Antibiotic Disc Assay for Synechocystis sp. PCC6803
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] This protocol describes how to investigate the integrity of the outer cell wall in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC6803 using antibiotics. It is adapted to the agar diffusion test (Bauer et al., 1966), in which filter paper discs impregnated with specified concentrations of antibiotics were placed on agar plates inoculated with bacteria. The antibiotics we tested, interfering with the biosynthesis/function of bacterial cell walls, will diffuse into the agar and produce a zone of cyanobacterial growth inhibition around the disc(s). The size of the inhibition zone ...
[摘要] 该协议描述了如何研究蓝藻中的外细胞壁的完整性。 PCC6803使用抗生素。适用于琼脂扩散试验（Bauer等人，1966），其中将浸渍有特定浓度的抗生素的滤纸盘放置在接种细菌的琼脂平板上。我们测试的抗生素，干扰细菌细胞壁的生物合成/功能，将扩散到琼脂中，并在盘周围产生蓝藻生长抑制区。抑制区的大小反映了菌株对抗生素作用的敏感性，例如，在细胞壁内起作用的蛋白质的突变或其构建将使得突变菌株对相应的抗生素。已经证明该方法可用于表型集胞藻（Synechocystis）突变体的表型。 PCC6803缺乏编码Deg蛋白酶的所有三种基因。显示这些不依赖于ATP的丝氨酸蛋白酶的缺失会影响集胞藻细胞的外细胞层（Cheregi等，2015）。
背景 蓝藻属集胞藻PCC6803（以下简称集胞藻6803）是研究光合作用过程的模式生物。虽然其基因组已经在1996年进行了测序，但仍有超过50％的基因编码具有假设或未知功能的蛋白质。三个基因slr1204 （ htrA ）， sll1679 （ hhoA ）和 sll1427 编码hEB的丝氨酸蛋白酶（周质蛋白质降解）家族;尽管进行了详细的分析（参见Cheregi等人，2016和其中的参考文献），它们的准确的亚细胞定位和底物仍然是神秘的。在我们实验室中进行的单个和三重缺失突变体的先前的蛋白质组学和代谢组学表征已经显示出具有在集胞藻6803（Miranda）的外细胞层中或上方的功能的蛋白质的表达改变 ...
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| Stable Isotope Resolved Metabolomics Studies in ex vivo TIssue Slices
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Author:
Date:
2016-02-05
[Abstract] An important component of this methodology is to assess the role of the tumor microenvironment on tumor growth and survival. To tackle this problem, we have adapted the original approach of Warburg (Warburg, 1923), by combining thin tissue slices with Stable Isotope Resolved Metabolomics (SIRM) to determine detailed metabolic activity of human tissues. SIRM enables the tracing of metabolic transformations of source molecules such as glucose or glutamine over defined time periods, and is a requirement for detailed pathway tracing and flux analysis. In our approach, we maintain freshly resected ...
[摘要] 这种方法的一个重要组成部分是评估肿瘤微环境对肿瘤生长和存活的作用。为了解决这个问题，我们采用Warburg（Warburg，1923）的原始方法，通过将薄组织切片与稳定同位素解析代谢组学（SIRM）组合来确定人体组织的详细代谢活性。 SIRM使得能够在定义的时间段内跟踪诸如葡萄糖或谷氨酰胺的来源分子的代谢转化，并且是详细的途径追踪和通量分析的要求。在我们的方法中，我们保持在细胞培养基中新鲜切除的组织切片（来自同一受试者的相同器官的癌性和非癌性），并用适当的稳定的富含同位素的营养物，例如葡萄糖或13 C 15葡萄糖或13 C 15葡萄糖或13 C 15葡萄糖， - 谷氨酰胺。这些切片可存活至少24小时，并使得有可能消除对靶组织代谢的系统影响，同时保持原始的3D细胞结构。因此，它是用于评估治疗剂对靶组织代谢的影响及其对个体患者的治疗功效的极好的临床前平台（Xie等人，2014; Sellers等人，/em>，2015）。
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