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Sodium chloride

氯化钠

公司名称: Carl Roth
产品编号: 9265.2
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Tethered Chromosome Conformation Capture Sequencing in Triticeae: A Valuable Tool for Genome Assembly
Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract]  Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ... [摘要]  染色体构象捕获测序(Hi-C)是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加(3C)(Dekker et al。,2002)。 3C的基本工作流程包括(i)通常用甲醛固定完整的染色质,(ii)用限制酶切割固定的染色质,(iii)在稀释条件下重新连接粘性末端,以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和(iv)量化基因组基因座对之间的连接事件的数量(de Wit和de Laat,2012)。在最初的3C方案中,通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点(“一对一”)的选定连接接头来测量连接频率(Dekker et al。,2002 )。然后,染色体构象捕获芯片(4C)和染色体构象捕获碳复制(5C)技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C(Lieberman-Aiden et al。,2009)最终将3C与下一代测序相结合(Metzker,2010)。此处,在再连接之前,用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序,并将得到的读数映射到参考基因组,允许以“多对多”方式确定接触概率,其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理(Lieberman-Aiden et ...

Investigating the Assembly Status of the Plastid Encoded Polymerase Using BN-PAGE and Sucrose Gradient Centrifugation
Author:
Date:
2016-07-20
[Abstract]  The plastid encoded polymerase (PEP) represents a major transcription machinery in mature chloroplasts (Liere et al., 2011; Zhelyazkova et al., 2012). The proper assembly of this multi-subunit complex is important for plant growth and development (Pfalz and Pfannschmidt, 2013). The PEP polymerase can be purified from soluble and from membrane-bound (also named transcriptionally active chromosome, TAC) fractions. Blue Native polyacrylamide gel electrophoresis (BN-PAGE) and sucrose gradient sedimentation followed by immunoblot analyses is used to detect the status of the PEP ... [摘要]  质体编码聚合酶(PEP)代表成熟叶绿体中的主要转录机制(Liere等人,2011; Zhelyazkova等人,2012)。 这种多亚基复合物的正确装配对于植物生长和发育是重要的(Pfalz和Pfannschmidt,2013)。 PEP聚合酶可以从可溶性和膜结合(也称为转录活性染色体,TAC)级分中纯化。 蓝色使用天然聚丙烯酰胺凝胶电泳(BN-PAGE)和蔗糖梯度沉淀,随后进行免疫印迹分析来检测PEP复合物组装体的状态。

In vitro Deneddylation Assay
Author:
Date:
2016-03-20
[Abstract]  Nedd8 is a small ubiquitin-like protein (9 kDa) covalently attached to a conserved lysine residue of a cullin protein which is part of cullin-RING ligases (CRLs). CRLs are major E3 ligases important for protein ubiquitination in the ubiquitin-proteasome pathway (UPP). The activity of CRLs is regulated by cycles of neddylation (CulA-N8, ~98 kDa) and deneddylation (CulA ~89 kDa). The COP9 signalosome (CSN) and Deneddylase A (DenA) are capable of cleaving the isopeptide bond between Nedd8 and CullinA. In contrast to the single protein DenA, CSN is an eight subunit multiprotein complex. Protein ... [摘要]  Nedd8是共价连接到作为cullin-RING连接酶(CRL)的一部分的cullin蛋白的保守赖氨酸残基的小的遍在蛋白样蛋白(9kDa)。 CRL是对泛素 - 蛋白酶体途径(UPP)中的蛋白质泛素化重要的主要E3连接酶。 CRL的活性通过脱甲基化(CulA-N8,〜98kDa)和脱甲基化(CulA〜89kDa)的循环调节。 COP9信号体(CSN)和丁二酸酶A(DenA)能够切割Nedd8和CullinA之间的异肽键。与单一蛋白DenA相反,CSN是八亚基多蛋白复合物。将不同的构巢曲霉csn 缺失菌株的蛋白质粗提物与从大肠杆菌(大肠杆菌)表达和纯化的重组CSN亚基混合。使用抗CulA或抗Nedd8抗体的Western杂交实验可以显示Nedd化化合物与Denedd化CulA的比率。使用deneddylation测定,我们可以显示CsnE是在体外连接7-亚基预组装的CSN的最后一个亚基,然后CSN可以通过金属蛋白酶亚基CsnE执行cullin deneddylation。该测定法是一种快速且非昂贵的方法,其显现了用于脱蛋白的蛋白质的酶活性。它还可用于测试除去来自构巢曲霉(构巢曲霉)或其他生物体中的底物的翻译后修饰的其它藻肽的活性。

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