| Soluble and Solid Iron Reduction Assays with Desulfitobacterium hafniense
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There is a pressing need to develop sustainable and efficient methods to protect and stabilize iron objects. To develop a conservation-restoration method for corroded iron objects, this bio-protocol presents the steps to investigate reductive dissolution of ferric iron and biogenic production of stabilizing ferrous iron minerals in the strict anaerobe Desulfitobacterium hafniense (strains TCE1 and LBE). We investigated iron reduction using three different Fe(III) sources: Fe(III)-citrate (a soluble phase), akaganeite (solid iron phase), and corroded coupons. This protocol describes a ...
[摘要] 迫切需要开发可持续和有效的方法来保护和稳定铁制物体。为了开发腐蚀铁物体的保护 - 恢复方法，该生物方案提出了研究严格厌氧菌[Desulfitobacterium hafniense （菌株TCE1）中三价铁的还原溶解和稳定亚铁矿物质的生物产生的步骤。和LBE）。我们使用三种不同的Fe（III）来源研究了铁还原：Fe（III） - 柠檬酸盐（可溶相），akaganeite（固体铁相）和腐蚀的试样。该协议描述了一种方法，该方法结合了复杂的Fe（II）-Ferrozine ®的分光光度定量，通过扫描电子显微镜和拉曼光谱进行矿物表征。这三种方法可以评估三价铁的还原溶解和生物矿物质生产，作为开发一种创新的可持续方法来稳定腐蚀铁的有希望的替代方法。
【背景】自铁器时代以来，铁已被用于生产日常用具。因此，考古学上的铁试验是过去极其重要的证据，应予以保留。然而，由于其反应性，铁容易被腐蚀并且考古铁物体可能被完全损坏。埋藏时，铁制品会根据埋葬地点的环境条件形成复杂的腐蚀层。挖掘后，条件发生变化，腐蚀层变得不稳定。为避免完全破坏，考古铁制物需要快速稳定处理。目前，可用的稳定化处理不能提供长期保护并且具有实质性缺点，例如毒性，低效率和大量废物的产生（Scott和Eggert，2009; Rimmer 等人， 2012）。因此，有必要开发新技术来稳定考古铁器。
越来越多地考虑利用微生物代谢来开发更有效，可持续和环保的保护 ...
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| Kinetic Lactate Dehydrogenase Assay for Detection of Cell Damage in Primary Neuronal Cell Cultures
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] The aim of many in vitro models of acute or chronic degenerative disorders in the neurobiology field is the assessment of survival or damage of neuronal cells. Damage of cells is associated with loss of outer cell membrane integrity and leakage of cytoplasmic cellular proteins. Therefore, activity assays of cytoplasmic enzymes in supernatants of cell cultures serve as a practicable tool for quantification of cellular injury (Koh and Choi, 1987; Bruer et al., 1997). Lactate dehydrogenase (LDH) is such a ubiquitously expressed cytosolic enzyme, which is very stable due to a ...
[摘要] 神经生物学领域中许多急性或慢性退行性疾病的体外模型的目的是评估神经元细胞的存活或损伤。细胞损伤与外细胞膜完整性的丧失和细胞质细胞蛋白的泄漏有关。因此，细胞培养上清液中细胞质酶的活性测定作为细胞损伤定量的实用工具（Koh和Choi，1987; Bruer等，1997）。乳酸脱氢酶（LDH）是一种无处不在表达的细胞溶质酶，由于蛋白质的半衰期很长，其稳定性很高（Hsieh和Blumenthal，1956; Koh和Cotman，1992; Koh等人）。 ，1995）。
背景 LDH在可逆的生物化学反应中催化丙酮酸和还原的烟酰胺偶氮二核苷酸（NADH）的乳酸盐和烟酰胺氨基茚三核苷酸（NAD +）的形成。 NADH在340nm的波长上具有吸收。这种动力学LDH活性测定的基础是由NADH降低引起的特定波长处的光密度降低。使用具有已知LDH活性的标准酶溶液计算上清液中LDH的量。不同的细胞密度或代谢活化率可能是混杂的;因此推荐LDH活性的正常化。这是通过评估外部细胞膜裂解后不抑制LDH活性的LDH活性（用0.5％Triton-X“完全杀死”）来实现的。最后，通过完全杀死的LDH活性的绝对LDH活性百分比表示细胞培养物中损伤或死细胞的发生率。
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| Identification and Characterization of Bacterial Chemoreceptors Using Quantitative Capillary and Gradient Plate Chemotaxis Assays
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Author:
Date:
2016-04-20
[Abstract] Bacterial chemotaxis is a motility-based response that biases cell movement toward beneficial molecules, called attractants, and away from harmful molecules, also known as repellents. Since the species of the genus Pseudomonas are characterized by a metabolic versatility, these bacteria have developed chemotactic behaviors towards a wide range of different compounds. The specificity of a chemotactic response is determined by the chemoreceptor, which is at the beginning of the signaling cascade and which receives the signal input. The basic elements of a typical chemoreceptor are the ...
[摘要] 细菌趋化性是基于运动性的反应，其将细胞运动偏向有益分子，称为引诱剂，并远离有害分子，也称为驱避剂。由于假单胞菌属的种属的特征在于代谢多样性，这些细菌已经对宽范围的不同化合物产生趋化行为。趋化反应的特异性由化学感受器确定，化学感受器处于信号级联的开始并且接受信号输入。典型的化学感受器的基本元件是负责感测环境刺激的周质配体结合结构域（LBD）和与细胞信号传导级联的其它组分相互作用的细胞溶质甲基接受（MA）结构域。大肠杆菌（大肠杆菌）是趋化性研究中的传统模型，具有5个良好表征的化学感受器。然而，基因组序列分析已经揭示许多其他细菌具有更多的化学感受器，其中一些具有部分重叠的信号谱。这种高数目的化学感受器通过分析单个化学感受器突变体使他们的研究变得复杂。我们已经寻求化学受体表征的替代策略，其对应于由所研究的化学受体的LBD和E的MA结构域组成的嵌合受体的产生。大肠杆菌受体（Tar）。然后将嵌合体引入E的无化学感受器的突变体。并且所得菌株的趋化性完全是由于该嵌合受体的作用。在本公开中，我们描述了使用定量毛细管和梯度板测定来研究假单胞菌趋化性以及E。含有嵌合受体的大肠杆菌菌株。
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