A Protocol for Simple, Rapid, and Direct Detection of SARS-CoV-2 from clinical samples, using Reverse Transcribed Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP)
|
Author:
Rawi Naddaf, Nadav Ben-Assa, Tal Gefen, Tal Capucha, Haitham Hajjo, Noa Mandelbaum, Lilach Elbaum, Shai Kaplan, Assaf Rotem, Michal Chowers, Moran Szwarcwort-Cohen, Mical Paul and Naama Geva-Zatorsky,
Date:
2020-10-20
[Abstract] SARS-CoV-2 has quickly spread all around the globe causing illness and wide damages. Most countries were unprepared for such a rapid spread and crisis. This led to various strategies for effective control of the new pandemic. A key aspect in all countries was to effectively test the population for the virus. Most countries chose a lockdown strategy in which many workplaces and activities are completely closed, leading to substantial economy costs. Here, we present a protocol we recently developed that allows rapid and simple detection of SARS-CoV-2 for the large population, eliminating costs ...
[摘要] [摘要] SARS-CoV-2在全球迅速蔓延,导致疾病和广泛的损害。大多数国家对如此迅速的蔓延和危机毫无准备。这导致了有效控制这一新流行病的各种战略。所有国家的一个关键方面是对人口进行有效的病毒检测。大多数国家选择了一种封锁战略,即许多工作场所和活动完全关闭,从而导致巨大的经济成本。在这里,我们介绍了一个我们最近开发的协议,它允许对大量人群进行快速和简单的SARS-CoV-2检测,省去了成本和专业团队和实验室的参与。该方案基于反向转录环介导的等温扩增(RT-LAMP)。我们直接在患者样本上测试了该方案,包括鼻腔和喉咙的临床拭子以及唾液。值得注意的是,该方案简单、廉价,并且可以很容易地应用于其他病原体。
[背景] 由新型严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2)引起的Covid-19大流行正在影响大量人群,世界卫生组织(WHO)已宣布为大流行。 大规模的人口监测和检疫被证明是应对这场危机的有效策略。检测的关键是逆转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)试验。虽然这项测试是有效的,但它需要在抽样和执行测试方面的专业经验。此外,试剂和实验室设备昂贵(Bruce等人,2020年)。总之,这给大规模测试带来了瓶颈。 幸运的是,到目前为止,其他的分子生物学方法可以克服这些局限性。其中一种方法是比色环介导的等温扩增(LAMP)(Notomi等人,2000年)。LAMP是在一个单一且恒定的温度(即等温)下进行的,并且允许一步反转录。它的结果可以用肉眼观察到颜色的变化。这种方法成本低廉,几乎不需要实验室设备(Wang等人,2016年;Yu等人,2020年;Zhang等人,2020年)。它可以广泛应用于工作场所和学校等护理点,这可以极大地增加测试对象的数量。我们将这种方法视为一种监测工具,可以显著增加每天的检查总数,并确定患者是否需要在医院进行进一步的检查。 ...
|
|
In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
|
Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, ...
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交(ISH)使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体,整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止,植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫(J2)形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部,发育成J3和J4寄生幼鱼,诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性,将在根表面释放数百个卵。在这里,我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛(DIG)标记的cDNA探针检测转录物。
|
|
An in vitro Transcription/translation System for Detection of Protein Interaction
|
Author:
Date:
2016-05-05
[Abstract] Studying protein-protein interaction is crucial to understand the fundamental processes of molecular biology. High-throughput screening, such as immunoprecipitation followed by proteomic analysis, allows for the identification of numerous candidate partners that might interact with a selected protein. However, experimental validation of protein-protein interaction requires conventional cloning and recombinant protein expression/purification, which are complicated and labor-intensive techniques. Here, we demonstrate an efficient experimental pipeline for verifying protein-protein interactions ...
[摘要] 研究蛋白质 - 蛋白质相互作用对于理解分子生物学的基本过程是至关重要的。高通量筛选,如免疫沉淀,然后蛋白质组分析,允许鉴定可能与选择的蛋白质相互作用的许多候选伙伴。然而,蛋白质 - 蛋白质相互作用的实验验证需要常规克隆和重组蛋白表达/纯化,这是复杂和劳动密集型技术。在这里,我们演示了一个有效的实验管道,用于验证使用Odontoglossum环斑病毒(ORSV)衣壳蛋白(CP)和宿主CP结合蛋白的例子的诱饵蛋白之间的蛋白质 - 蛋白质相互作用。这些候选CP结合蛋白通过高通量蛋白质组学和转录组学方法进行鉴定。使用TOPO克隆策略,将每个候选基因克隆到表达载体中,用于在体外转录/翻译系统的单个步骤中表达His标记的重组蛋白。这种表达的His标记的候选物可以在共免疫沉淀(co-IP)测定中用作CP诱饵蛋白的猎物,以验证它们的物理相互作用。不需要传统的蛋白质表达和纯化,该管道简化了验证过程,并为高通量蛋白质 - 蛋白质相互作用研究提供了解决方案。
|
|