| Identification of Insertion Site by RESDA-PCR in Chlamydomonas Mutants Generated by AphVIII Random Insertional Mutagenesis
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Chlamydomonas reinhardtii is frequently used as a model organism to study fundamental processes in photosynthesis, metabolism, and flagellar biology. Versatile tool boxes have been developed for this alga (Fuhrmann et al., 1999; Schroda et al., 2000; Schroda, 2006). Among them, forward genetic approach has been intensively used, mostly because of the high efficiency in the generation of hundreds of thousands of mutants by random insertional mutagenesis and the haploid nature therefore phenotypic analysis can be done in the first generation (Cagnon et al., ...
[摘要] 莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）是光合作用，代谢和鞭毛生物学的基础研究者。已经为这种藻类开发了多功能的工具箱（Fuhrmann等人，1999; Schroda等人，2000; Schroda，2006）。其中，正向遗传方法已经被广泛使用，主要是因为通过随机插入诱变产生了数十万个突变体的高效率，并且可以在第一代进行单倍体性质表型分析（Cagnon等人 2013，Tunçay et。 2013）。在正向遗传方法中应用高通量方法的主要瓶颈是鉴定与观察到的表型相关的遗传损伤。在该协议中，我们详细描述了最初在（González-Ballester等人，2005）中报道的限制性定点扩增PCR（RESDA-PCR）的改进版本。优化包括引物组合的优化，DNA聚合酶的选择，PCR循环参数的优化以及PCR产物直接测序的应用。这些修改使得获得特定的PCR产物变得更加容易，并且加速了亚克隆步骤以更快地获得测序数据。
【背景】除了限制酶位点定向扩增PCR（RESDA-PCR）（González-Ballester等人，2005）之外，还发现了其它几种分子技术。 包括Genome ...
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| Genome Editing in Diatoms Using CRISPR-Cas to Induce Precise Bi-allelic Deletions
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Genome editing in diatoms has recently been established for the model species Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana. The present protocol, although developed for T. pseudonana, can be modified to edit any diatom genome as we utilize the flexible, modular Golden Gate cloning system. The main steps include how to design a construct using Golden Gate cloning for targeting two sites, allowing a precise deletion to be introduced into the target gene. The transformation protocol is explained, as are the methods for screening using band shift assay and/or ...
[摘要] 最近为三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）和海绵假丝酵母（Thalassiosira pseudonana）建立了硅藻基因组编辑。 目前的协议，虽然开发的 T。 pseudonana ，可以修改编辑任何硅藻基因组，因为我们利用灵活，模块化的金门克隆系统。 主要步骤包括如何设计构建使用金门克隆靶向两个网站，允许一个精确的删除被引入目标基因。 解释转化方案，以及使用带移位测定和/或限制性位点丢失进行筛选的方法。
【背景】CRISPR-Cas正在迅速成为分子研究的一个关键方法。基于在细菌和古细菌中发现的病毒防御机制，CRISPR-Cas诱导基因组中精确位置的双链断裂（DSBs）。它涉及使用与CRISPR ...
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| Preparation of Respiratory Syncytial Virus with High or Low Content of Defective Viral Particles and Their Purification from Viral Stocks
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Author:
Date:
2016-05-20
[Abstract] Respiratory syncytial virus (RSV) belongs to the paramyxovirus family that includes many clinically relevant viruses, such as the human metapneumovirus and measles. RSV infection can cause severe disease in infants, the elderly, and some immunocompromised adults. During RSV replication, a series of truncated forms of the viral genome is generated. These truncated viral genomes are known as defective viral genomes (DVGs) and are generated by many viruses (Lazzarini et al., 1981; Rao and Huang, 1982; Prince et al., 1996; Sun et al., 2015; Tapia et al., ...
[摘要] 呼吸道合胞病毒（RSV）属于包括许多临床相关病毒（例如人偏肺病毒和麻疹）的副粘病毒家族。 RSV感染可以在婴儿，老年人和一些免疫受损的成人中引起严重的疾病。在RSV复制期间，产生一系列截短形式的病毒基因组。这些截短的病毒基因组被称为缺陷型病毒基因组（DVG），并且由许多病毒产生（Lazzarini等人，1981; Rao和Huang，1982; Prince等人， ，1996; Sun等人，2015; Tapia等人，2013）。 DVG可以限制全长病毒的复制，并且是针对RSV的先天免疫应答的主要天然触发因子（Sun等人，2015; Tapia等人 ，2013）。在这里，我们详细讨论如何准备具有高或低含量的DVG的RSV股票，以及如何从富含缺陷病毒颗粒的RSV原液中纯化含有DVG的缺陷病毒颗粒。这些程序可用于制备实验室研究所需的病毒原液和有缺陷的病毒颗粒。简言之，在HEp2细胞中产生不同的RSV种群，其通常用于在实验室中扩增该病毒。为了产生具有高含量DVG的RSV原液，HEp2细胞用高多重感染（MOI）多次感染，然后使用梯度离心纯化含有DVG的病毒颗粒。这里描述的方法具有四个部分：1.具有低DVG含量（RSV-LD）的种子RSV原种的扩增，2.具有高DVG含量（RSV-HD）的原种的产生，3.通过梯度离心，4.纯化DVG的表征。
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