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(−)-Riboflavin

( - ) - 核黄素

公司名称: Sigma-Aldrich
产品编号: R9504
Bio-protocol()
Company-protocol()
Other protocol()

Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract]  Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been ... [摘要]  [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用,部分原因是产生丁酸盐,这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是,由于缺乏基因操作技术,我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰,极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种,其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌,提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里,我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选,并成为其他遗传工具(包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略)的平台。

[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌(Zhernakova 等,2016),它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康(Scott 等,2006和2011; Cockburn 等) 。,2015 ; 谢里登等人,2016 )并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物(邓肯等人,2002和2006) 。另外,这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫(Neville ...

Dual-probe RNA FRET-FISH in Yeast
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  mRNA Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) is a technique commonly used to profile the distribution of transcripts in cells. When combined with the common single molecule technique Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET), FISH can also be used to profile the co-expression of nearby sequences in the transcript to measure processes such as alternate initiation or splicing variation of the transcript. Unlike in a conventional FISH method using multiple probes to target a single transcript, FRET is limited to the use of two probes labeled with matched dyes and requires the use ... [摘要]  mRNA荧光原位杂交(FISH)是一种常用于分析细胞中转录物分布的技术。 当与常见的单分子技术荧光共振能量转移(FRET)相结合时,FISH也可用于分析转录本中附近序列的共表达以测量转录本的替代启动或剪接变异等过程。 与使用多个探针靶向单个转录物的常规FISH方法不同,FRET限于使用用匹配染料标记的两个探针,并且需要使用敏化发射。 任何能够灵敏地检测Cy3和Cy5单分子的宽视场显微镜应该能够测量酵母细胞中的FRET。 或者,可以使用FRET-FISH方法明确确定转录本的身份,而不使用其他FISH技术中使用的引导探针组。

【背景】单细胞转录物分布的定量通常通过用多个探针靶向mRNA来实现,以实现可以与非特异性结合的探针区分开的明亮信号(Raj和Tyagi,2010)。但是,在某些情况下,转录本上有特征,例如剪接变体或替代起始位点,这与常规FISH探针组无法区分。这些同种型序列可以具有短的50nt唯一识别序列。使用两种探针,可以使用FRET对定位结合的任一侧,同时定量多达三种mRNA同种型,例如,具有两种探针的同种型(FRET),具有探针1的同种型仅限于探针2的同种型。依赖于单个荧光团或荧光团对需要通过EMCCD进行灵敏检测。而且,可以使用FRET对(Wadsworth等人,2017)来估计没有其他同种型的序列的探针的检测效率。

Single-probe RNA FISH in Yeast
Author:
Date:
2018-06-05
[Abstract]  Quantitative profiling of mRNA expression is an important part of understanding the state of a cell. The technique of RNA Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) involves targeting an RNA transcript with a set of 40 complementary fluorescently labeled DNA oligonucleotide probes. However, there are many circumstances such as transcripts shorter than 200 nt, splicing variations, or alternate initiation sites that create transcripts that would be indistinguishable to a set of multiple probes. To this end we adapted the standard FISH protocol to allow the use of a single probe with a ... [摘要]  mRNA表达的定量分析是理解细胞状态的重要部分。 RNA荧光原位杂交(FISH)技术涉及用一组40个互补的荧光标记的DNA寡核苷酸探针靶向RNA转录物。 然而,许多情况下,如转录本短于200 nt,剪接变异,或创建转录本的替代起始位点,这些转录本与一组多重探针无法区分。 为此,我们调整了标准FISH方案,以允许使用具有单个荧光团的单个探针来量化出芽酵母细胞内的转录物的量。 除了允许定量短转录本或转录本的短特征之外,该技术还降低了执行FISH的成本。

【背景】通过单分子荧光原位杂交(smFISH)可以精确定量单细胞转录谱。 该过程通过用多个荧光标记的DNA寡核苷酸探针靶向单个mRNA分子给出了良好的噪声信号(Raj和Tyagi,2010)。 使用该方案,不能检测到长度短于200个核苷酸的mRNA。 然而,在大多数实验中,绝对转录本拷贝数比相对拷贝数少。 为了检测短的转录物或序列,可以使用短的单个DNA寡核苷酸探针。 当使用单个荧光团计数mRNA时,单个探针的检测效率大于50%(Wadsworth等人,2017)。

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