| Centromere Chromosome Orientation Fluorescent in situ Hybridization (Cen-CO-FISH) Detects Sister Chromatid Exchange at the Centromere in Human Cells
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Author:
Date:
2018-04-05
[Abstract] Human centromeres are composed of large tandem arrays of repetitive alpha satellite DNA, which are often sites of aberrant rearrangement in cancers (Mitelman et al., 1997; Padilla-Nash et al., 2001). To date, annotation of the human centromere repetitive sequences remains incomplete, greatly hindering in-depth functional studies of these regions essential for chromosome segregation. In order to monitor sister chromatid exchange happening at the centromere (C-SCE) due to recombination and mutagenic events, I have applied the Chromosome-Orientation Fluorescence in situ ...
[摘要] 人类着丝粒由重复的α卫星DNA的大串联阵列组成，这些细胞通常是癌症中异常重排的位点（Mitelman等人，1997; Padilla-Nash等人 >，2001）。迄今为止，对人类着丝粒重复序列的注释仍然不完整，极大地妨碍了这些区域对染色体分离至关重要的深入功能研究。为了监测由于重组和诱变事件而在着丝粒（C-SCE）上发生姊妹染色单体交换，我将染色体定位荧光原位杂交（CO-FISH）技术应用于着丝粒（ Cen-CO-FISH）在人类细胞中的表达。这种基于杂交的方法包括（1）通过单轮复制掺入核苷酸类似物，（2）新合成的DNA链的酶消化和（3）单链探针的后续杂交，在不存在变性步骤的情况下。所产生的信号允许基于DNA的5'-3'方向性差异地标记每个姊妹染色单体，并评估指示C-SCE的异常染色模式。应用于人类着丝粒的Cen-CO-FISH方法揭示，人类着丝粒确实在循环细胞中发生重组，导致C-SCE，并且在经历衰老的癌细胞系和原代细胞中着丝粒不稳定性增强（Giunta和Funabiki，2017）。在这里，我介绍了人类细胞中Cen-CO-FISH方法的制备，实验程序和数据采集的详细方案。它还包括该技术的概念性概述，以及代表性图像和评分准则的示例。 Cen-CO-FISH是促进着丝粒重复探索的有用工具。
【背景】人类基因组计划于2003年标记为完成，但它遗漏了超过10％的人类重复DNA（de ...
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| In situ Hybridization (ISH) in Preparasitic and Parasitic Stages of the Plant-parasitic Nematode Meloidogyne spp.
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] The spatio-temporal expression pattern of a gene provides important indications to better understand its biological function. In situ hybridization (ISH) uses a labeled complementary single-stranded RNA or DNA probe to localize gene transcripts in a whole organism, a whole organ or a section of tissue. We adapted the ISH technique to the plant parasite Meloidogyne spp. (root-knot nematode) to visualize RNAs both in free-living preparasitic juveniles and in parasitic stages settled in the plant tissues. We describe each step of the probe synthesis, digoxigenin (DIG) labeling, ...
[摘要] 基因的时空表达模式为更好地理解其生物学功能提供了重要的指示。 原位杂交（ISH）使用标记的互补单链RNA或DNA探针来定位整个生物体，整个器官或一部分组织中的基因转录物。 我们将ISH技术应用于植物寄生虫
【背景】到目前为止，植物寄生性线虫的稳定转化尚未成功。 ISH能够在整个装载的Meloidogyne spp中分析体内时空基因表达。线虫。这些根结线虫在土壤中以微小蚓状幼虫（J2）形式孵化并感染宿主植物根部。 J2s穿透根部并迁移到根部维管柱状细胞。幼虫定居在根部，发育成J3和J4寄生幼鱼，诱导分化专化饲养细胞。线虫最终发育成梨形雌性，将在根表面释放数百个卵。在这里，我们报告了一个详细的协议来检测准备性整体安装J2s和寄生阶段中的单个RNA分子。寄生虫阶段的ISH需要在感染根部提取线虫前一天采取额外的程序。我们描述了在线虫整个组织中使用地高辛（DIG）标记的cDNA探针检测转录物。
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| Detection of ALT Associated Promyelocytic Leukemia Nuclear Bodies (APBs) by Immunofluorescence-FISH (IF-FISH)
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Author:
Date:
2014-12-05
[Abstract] The activation of functions that counteract the physiological shortening of telomeres in rapidly proliferating cell is prerequisite for the progression of cancer cells to full malignancy (Collado et al., 2007). In most human cancers, the length of telomere is maintained through up-regulation of telomerase whereas a telomerase-independent pathway, termed Alternative Lengthening of Telomeres (ALT) is active in about 10-15% of cancers (Johnson and Broccoli, 2007; Heaphy et al., 2011). One characteristic feature of ALT is the formation of ALT-associated Promyelocytic Leukemia ...
[摘要] 抵抗快速增殖细胞中端粒的生理学缩短的功能的激活是癌细胞进展为完全恶性肿瘤的前提条件（Collado等人，2007）。在大多数人类癌症中，通过端粒酶的上调维持端粒长度，而称为替代端粒长径（ALT）的端粒酶非依赖性通路在约10-15％的癌症中是有活性的（Johnson和Broccoli，2007; Heaphy et al。，2011）。 ALT的一个特征是ALT相关的早幼粒细胞白血病核体（APB）的形成（Lang等人，2010; Yeager等人，1999）。 APB含有早幼粒细胞白血病核体（PML-NB）组分如PML，SP100和SUMO，端粒DNA和端粒相关蛋白，包括shelterin组分TRF1，TRF2，POT1，TIN2，TPP1和Rap1（Yeager等，/em，1999）。此外，APB含有参与DNA修复的蛋白质。特别地，同源重组机器的组分的存在表明APB可以通过促进端粒模板的同源重组来促进端粒延长（Nabetani等人，2004; ...
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