| Heparan Sulfate Identification and Characterisation: Method II. Enzymatic Depolymerisation and SAX-HPLC Analysis to Determine Disaccharide Composition
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Heparan sulfate (HS) is purified from complex matrices and often not fully characterised to validate its assignment. The characterisation of heparins and heparan sulfates through enzymatic depolymerisation and subsequent strong anion-exchange high performance liquid chromatography (SAX-HPLC) analysis and quantitation of the resulting disaccharides is a critical tool for assessing the structural composition of this class of compound. This protocol details a methodology to reproducibly determine the disaccharide composition of heparan sulfate by enzymatic depolymerisation and SAX-HPLC analysis. ...
[摘要] 从复杂基质中纯化硫酸肝素（HS），并且通常没有完全表征以验证其分配。 通过酶促解聚和随后的强阴离子交换高效液相色谱（SAX-HPLC）分析和定量所得二糖来描述肝素和硫酸乙酰肝素是评估该类化合物的结构组成的关键工具。 该方案详述了通过酶促解聚和SAX-HPLC分析可重复地确定硫酸乙酰肝素的二糖组成的方法。 Carnachan和Hinkley（2017）可以找到一种用于硫酸乙酰肝素鉴定和表征的补充方法。
肝素和HS的结构分析存在一些方法。 该方案旨在为肝素和HS的酶解解提供优化的方法，并分析和定量其中产生的二糖。 非常少的公开分析考虑了总组合物的所有方面，包括解聚程度与获得的二糖组合的结合（Skidmore等人，2006和2010; Carnachan等人。，2016）。 当样品随后用于总是剂量依赖性的生物测定中时，这尤其令人担忧。 本文描述的酶程序是研究调查最佳酶活性和HS解聚所需条件的详细研究的最终结果（Carnachan等人，2016）。 该程序旨在提供适用于没有经验的糖胺聚糖（GAG）分析的实验室的逐步方案。
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| In vivo Mitophagy Monitoring in Caenorhabditis elegans to Determine Mitochondrial Homeostasis
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Perturbation of mitochondrial function is a major hallmark of several pathological conditions and ageing, underlining the essential role of fine-tuned mitochondrial activity (Lopez-Otin et al., 2013). Mitochondrial selective autophagy, known as mitophagy, mediates the removal of dysfunctional and/or superfluous organelles, preserving cellular and organismal homeostasis (Palikaras and Tavernarakis, 2014; Pickrell and Youle, 2015; Scheibye-Knudsen et al., 2015). In this protocol, we describe a method for assessing mitophagy in the nematode Caenorhabditis elegans.
[摘要] 线粒体功能的扰动是几种病理状况和衰老的主要标志，强调了线粒体活性调控的重要作用（Lopez-Otin等，2013）。 线粒体选择性自噬，称为嗜中性细胞因子介导功能障碍和/或多余的细胞器的去除，保留细胞和有机体内稳态（Palikaras和Tavernarakis，2014; Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 在这个协议中，我们描述了一种评估线虫秀丽隐杆线虫线粒体的方法。
【背景】线粒体被认为是真核细胞的细胞动力，因为它们是通过氧化磷酸化（OXPHOS）和ATP生成的主要能量提供者。此外，它们在细胞稳态中的关键作用突出表现在它们对几种基本细胞过程（包括钙缓冲，代谢物合成和凋亡等）调节的贡献。线粒体功能的放松规律与几种病理状况（包括衰老和年龄相关的神经变性疾病）的发病有关（Vafai和Mootha，2012; Palikaras和Tavernarakis，2014）。因此，真核生物已经发展了几种复杂和高度专门化的分子途径来保护能量稳态（Pickrell和Youle，2015; Scheibye-Knudsen等，2015）。 Mitophagy是一种选择性类型的自噬，促进线粒体受损的消除，以及细胞调节线粒体内源物质和环境信号的主要降解途径（Palikaras等，2015; Schiavi et al。，2015; ...
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| In vitro Histone H3 Cleavage Assay for Yeast and Chicken Liver H3 Protease
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] Histone proteins are subjected to a wide array of reversible and irreversible post-translational modifications (PTMs) (Bannister and Kouzarides, 2011; Azad and Tomar, 2014). The PTMs on histones are known to regulate chromatin structure and function. Histones are irreversibly modified by proteolytic clipping of their tail domains. The proteolytic clipping of histone tails is continuously attracting interest of researchers in the field of chromatin biology. We can recapitulate H3-clipping by performing in vitro H3 cleavage assay. Here, we are presenting the detailed protocol to ...
[摘要] 组蛋白受到广泛的可逆和不可逆的翻译后修饰（PTM）（Bannister和Kouzarides，2011; Azad和Tomar，2014）。已知组蛋白上的PTM调节染色质结构和功能。组蛋白不可逆地修饰其尾部结构域的蛋白水解剪切。组蛋白尾巴的蛋白水解剪切不断吸引研究人员在染色质生物学领域的兴趣。我们可以通过在体外实施H3切割测定来概括H3-剪切。在这里，我们提供了详细的方案来进行体外实验。
背景 组蛋白H3剪切是染色质修饰和调节最不了解的机制。预期H3剪切将永久性消除可能影响染色质相关事件的核小体的PTM。此外，切割的组蛋白的命运仍在研究之中，并且已经表明，切割的组蛋白可能在染色质的特定区域被再循环，或者它们被靶向降解。有各种各样的报告描述了不同生物中组蛋白H3的体内剪切，而组蛋白H3特异性剪切的体外测定是有限的。我们需要一种有效和稳健的体外实验来鉴定组蛋白特异性蛋白酶。为此，我们提出了一个可用于检查酵母和鸡肝组织蛋白H3蛋白酶的体外组蛋白H3剪切活性的方案。我们已经优化了测定的温度和pH条件。在我们优化的条件下，发现蛋白酶在所有核心组蛋白中特异性切割组蛋白H3。我们在最近的出版物（Chauhan等人，2016年; Chauhan和Tomar，2016年; Azad和Tomar，2016; ...
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