| Real-time Base Excision Repair Assay to Measure the Activity of the 8-oxoguanine DNA Glycosylase 1 in Isolated Mitochondria of Human Skin Fibroblasts
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Author:
Date:
2021-03-20
[Abstract] 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG) is one of the most common and mutagenic oxidative DNA damages induced by reactive oxygen species (ROS). Since ROS is mainly produced in the inner membranes of the mitochondria, these organelles and especially the mitochondrial DNA (mtDNA) contained therein are particularly affected by this damage. Insufficient elimination of 8-oxoG can lead to mutations and thus to severe mitochondrial dysfunctions. To eliminate 8-oxoG, the human body uses the enzyme 8-oxoguanine DNA glycosylase 1 (OGG1), which is the main antagonist to oxidative damage to DNA. However, ...
[摘要] [摘要] 7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤（8-oxoG）是由活性氧（ROS）引起的最常见且诱变的氧化DN A损伤之一。由于ROS主要在线粒体的内膜中产生，因此这些细胞器，特别是其中所含的线粒体DNA（mtDNA）受到这种损害的特别影响。消除8-oxoG可能会导致突变，从而导致严重的线粒体功能障碍。为了消除8-oxoG，人体使用了8-氧代鸟嘌呤DNA糖基化酶1（OGG1），它是DNA氧化损伤的主要拮抗剂。但是，先前的研究表明，人类OGG1的活性（h OGG1）随着年龄的增长而减少，导致与年龄相关的8-oxoG积累。更好地了解hOGG1的确切机制可能会导致发现新的靶标，因此对于开发预防性疗法具有重要意义。因此，我们开发了一种实时碱基切除修复测定法，该测定法采用了专门设计的双链报告寡核苷酸来测量分离的线粒体裂解物中hOGG1的活性。这里介绍的该系统与经典测定法不同，在经典测定法中，可以通过实时测量hOGG1活性通过变性丙烯酰胺凝胶进行终点测定。另外，为了确定该双功能酶的每个酶促步骤的活性（N-糖基化酶和AP-裂解酶活性），还可以进行解链曲线分析。使用各种离心步骤从人成纤维细胞中分离线粒体后，将其裂解，然后与专门设计的报告寡核苷酸一起孵育。hOGG1活性的后续测量是在常规实时PCR系统中进行的。
[背景]人体是永久的损害案例。每天约10 ...
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| Activity-based Pull-down of Proteolytic Standard and Immunoproteasome Subunits
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Activity-based probes (ABP) are small organic molecules that irreversibly bind to the active center of a specific enzyme family and may be coupled to a fluorophore or an affinity tag (Li et al., 2013). Here, we describe a method to pull-down active catalytic standard and immunoproteasome subunits in cell lysates using the biotinylated, proteasome-specific ABP Biotin-Epoxomicin (Bio-EP). Covalent labeling of the active catalytic subunits with Bio-EP is followed by a pull-down using streptavidin-coated beads. After elution from the beads, enriched subunits may be detected via Western ...
[摘要] 基于活性的探针（ABP）是不可逆地结合特定酶家族的活性中心并且可以偶联至荧光团或亲和标签的小有机分子（Li等人，2013）。在这里，我们描述了使用生物素化的蛋白酶体特异性ABP生物素 - 环氧丙素（Bio-EP）在细胞裂解物中下拉活性催化标准和免疫蛋白酶体亚基的方法。用Bio-EP共价标记活性催化亚单位，然后使用链霉抗生物素蛋白包被的珠子进行下拉。从珠中洗脱后，可以通过Western印迹，串联质谱法（Li et al。，2013）或其他技术检测富集的亚单位。
背景 蛋白酶体是存在于真核细胞的细胞核和细胞质中的桶形多分子酶复合物。蛋白质降解是重要的，包括加工MHC I呈递的抗原肽，并调节许多细胞过程（Kammerl和Meiners，2016）。在造血起源的细胞中，标准（组成型）蛋白酶体通常被免疫蛋白酶体（Meiners等人，2014）所替代，其在三种不同的催化活性β-亚基的掺入中不同（图1）。
为了研究单个催化亚基的分子功能并调节生理过程，亚基特异性蛋白酶体抑制剂的发展是必不可少的。 de ...
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