| Differential Salt Fractionation of Nuclei to Analyze Chromatin-associated Proteins from Cultured Mammalian Cells
|
|
Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the core units of cellular chromatin and are comprised of 147 base pairs (bp) of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Proteins such as chromatin remodelers, transcription factors, and DNA repair proteins interact dynamically with chromatin to regulate access to DNA, control gene transcription, and maintain genome integrity. The extent of association with chromatin changes rapidly in response to stresses, such as immune activation, oxidative stress, or viral infection, resulting in downstream effects on chromatin conformation and transcription of target genes. To ...
[摘要] 核小体是细胞染色质的核心单元，由包裹在组蛋白的八聚体周围的147个碱基对（bp）的DNA组成。蛋白质如染色质重组体，转录因子和DNA修复蛋白质与染色质动态相互作用以调控DNA的接触，控制基因转录和维持基因组完整性。与染色质结合的程度响应于诸如免疫激活，氧化应激或病毒感染等应激而迅速变化，导致对染色质构象和靶基因转录的下游作用。为了阐明在不同条件下与染色质相关蛋白质组成的变化，我们调整了现有的方案来分离核，并使用盐浓度的梯度分离细胞染色质。可以通过蛋白质印迹或质谱法评估不同盐部分中特定蛋白质的存在，从而了解与染色质相关的程度。
背景 由于与DNA或组蛋白的电荷相互作用，许多染色质相关蛋白在低盐条件下是不溶的。由于盐破坏了基于电荷的蛋白质DNA和蛋白质 - 蛋白质的相互作用，染色质相关蛋白质随着NaCl浓度的增加而变得更加可溶（Teves和Henikoff，2012）。与DNA强烈结合的蛋白质预期用高盐洗脱，而松散结合的蛋白质（例如转录因子）将用低盐洗脱。我们特别关心病毒感染如何改变与细胞染色质相关的因素的组成。核复制病毒，例如腺病毒，单纯疱疹病毒和爱泼斯坦 - 巴尔病毒，可以显着改变感染期间宿主染色质的出现（Avgousti等人，2016; Lam等人， ，2010; Simpson-Holley等人，2005; ...
|
|
|
| Quantitative Measurements of HIV-1 and Dextran Capture by Human Monocyte-derived Dendritic Cells (MDDCs)
|
|
Author:
Date:
2016-11-20
[Abstract] The aim of this protocol is to describe how to measure and quantify the amount of HIV-1 particles and dextran molecules internalized in human monocyte derived dendritic cells (MDDCs), using three different techniques: flow cytometry, quantitative PCR and confocal microscopy.
[摘要] 本协议的目的是描述如何使用三种不同的技术：流式细胞术，定量PCR和共聚焦显微镜来测量和量化人类单核细胞衍生树突细胞（MDDCs）中内在的HIV-1颗粒和葡聚糖分子的量。
[背景] 开发此协议是为了评估在人单核细胞衍生的树突细胞中肌动蛋白成核破坏时HIV-1内化的变化。在shRNA筛选后，识别对于HIV-1从树突状细胞转移到T细胞重要的基因，我们观察到肌动蛋白成核的中断导致从富含肌动蛋白的树突到水泡的转变，由于过量的肌动球蛋白收缩。结果，观察到HIV-1转移的减少和由于水泡收缩驱动的巨噬细胞增多引起的HIV-1内化的增加。我们的结论是，肌动蛋白成核和稳定的效应器是维持艾滋病毒1对肌动蛋白丰富的树突和限制其内吞作用，有效转移到T淋巴细胞的关键（Menager和Littman，2016）。
|
|
|
| An ex vivo Model of HIV-1 Infection in Human Lymphoid Tissue and Cervico-vaginal Tissue
|
|
Author:
Date:
2014-02-20
[Abstract] Human tissue explants are a valuable tool to study the interactions between host and infectious agents. They reliably mimic many important aspects of tissue cytoarchitecture and functions and allow us the investigation of the mechanisms of microbial pathogenesis under controlled laboratory conditions. One of the advantages of this system is that, unlike isolated cells, infection of tissue blocks with HIV-1 does not require exogenous stimulation with mitogens or activating factors. Here we describe a protocol to infect with HIV-1 human lymphoid tissue from tonsils and cervico-vaginal tissue ...
[摘要] 人组织外植体是研究宿主和感染因子之间的相互作用的有价值的工具。 他们可靠地模仿组织细胞结构和功能的许多重要方面，并允许我们在受控的实验室条件下的微生物发病机制的调查。 该系统的优点之一是，与分离的细胞不同，用HIV-1感染组织块不需要用有丝分裂原或激活因子的外源刺激。 在这里我们描述感染艾滋病毒1人类淋巴组织从扁桃体和宫颈阴道组织和维持他们在非偏振设置的文化协议。 这些离体感染的组织可以用作有效的模型来分别研究HIV-1发病机制和HIV-1阴道传播，以及用于测试抗HIV治疗和预防策略的有效平台。 br />
|
|
|