| Visualization of RNA at the Single Cell Level by Fluorescent in situ Hybridization Coupled to Flow Cytometry
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] The protocol described here has been developed to detect RNA at the single cell level. Fluorescent probes hybridize to target RNAs and are detected by flow cytometry after multiple amplification steps. Different types of RNA can be detected such as mRNA, long noncoding RNA, viral RNA or telomere RNA and up to 4 different target probes can be used simultaneously. We used this protocol to specifically measure the expression of two transcription factor mRNAs, MAFB and IRF4, in human monocytes.
[摘要] 这里描述的方案已经被开发用于在单细胞水平上检测RNA。 荧光探针与目标RNA杂交，并在多个扩增步骤后通过流式细胞术检测。 可以检测不同类型的RNA，例如mRNA，长的非编码RNA，病毒RNA或端粒RNA，并且可以同时使用多达4种不同的靶探针。 我们使用该方案来特异性测量人单核细胞中两种转录因子mRNA，MAFB和IRF4的表达。
【背景】RT-qPCR是用于轻松评估RNA表达的一种主要技术。将细胞裂解并批量分析。因此，细胞异质性丧失。特别是，使用RT-qPCR来解决是否可以基于RNA的表达来鉴定亚群是不可能的。 RNA荧光原位杂交（FISH）是一种检测单细胞RNA的方法。该技术需要RNA靶标上的荧光探针杂交，然后使用成像系统如共聚焦显微镜检测。但是，这种方法非常耗时，并且可以分析有限数量的单个细胞。
我们通过RT-qPCR证实，在具有M-CSF，IL-4和TNFα的RPMI中培养的人单核细胞在三小时后表达转录因子MAFB和IRF4（Goudot等人，2017）。 MAFB和IRF4分别参与单核细胞向单核细胞衍生的巨噬细胞（mo-mac）和单核细胞衍生的DC（mo-DC）的分化。为了破译单核细胞是否表达两种转录因子，或者如果这种表达是互斥的，我们使用PrimeFlow RNA测定法进行与流式细胞术偶联的原位杂交。
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| FICZ Exposure and Viral Infection in Mice
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] The aryl hydrocarbon receptor (AHR) is known as a sensor for dioxins that mediates their toxicity, and also has important biophysiological roles such as circadian rhythms, cell differentiation and immune responses. 6-formylindolo(3,2-b)carbazole (FICZ), which is derived through the metabolism of L-tryptophan by ultraviolet B irradiation, is one of putative physiological ligands for AHR (Smirnova et al., 2016). It has recently been shown that endogenously-activated AHR signaling modulates innate immune response during viral infection (Yamada et al., 2016). This section ...
[摘要] 芳烃受体（AHR）被称为二恶英介导其毒性的传感器，也具有重要的生物生理学作用，如昼夜节律，细胞分化和免疫应答。通过紫外线B照射通过L-色氨酸的代谢衍生的6-甲酰基吲哚（3,2-b）咔唑（FICZ）是AHR的推定生理配体之一（Smirnova等人）。 ，2016）。最近已经显示内源性激活的AHR信号调节病毒感染期间的先天免疫应答（Yamada等人，2016）。本节介绍如何用FICZ治疗小鼠并用病毒感染。
背景 迄今为止，AHR的作用主要是在二恶英治疗实验的基础上进行了调查。另一方面，已经显示AHR介导的信号传导是由内源色氨酸代谢物（FICZ，Kynurenine，等等），血红素代谢物（胆红素等）激活的。 ，和类二十烷酸（Lipoxin A等）。特别地，已经证明FICZ是AHR的生理高亲和力配体，许多积累的报道显示FICZ参与各种基本生物学过程，包括对紫外线的适应性反应，免疫应答，基因组不稳定性和干细胞的体内平衡。最近，Yamada等人。 （2016）证明其在先天免疫应答中的作用：体内FICZ治疗抑制响应于病毒感染的I型干扰素（IFN）产生并促进小鼠血清中病毒滴度的水平。
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| In vitro Treatment of Mouse and Human Cells with Endogenous Ligands for Activation of the Aryl Hydrocarbon Receptor
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Author:
Date:
2017-01-05
[Abstract] Activation of the aryl hydrocarbon receptor (AHR) by endogenous ligands has been implicated in a variety of physiological processes such as cell cycle regulation, cell differentiation and immune responses. It is reported that tryptophan metabolites, such as kynurenine (Kyn) and 6-formylindolo(3,2-b)carbazole (FICZ), are endogenous ligands for AHR (Stockinger et al., 2014). This protocol is designed for treatment with Kyn or FICZ in mouse embryonic fibroblasts (MEFs) or primary peripheral monocytes.
[摘要] 通过内源性配体活化芳基烃受体（AHR）已涉及多种生理过程，如细胞周期调控，细胞分化和免疫应答。据报道，色氨酸代谢物，如犬尿胆碱（Kyn）和6-甲基吲哚（3,2-b）咔唑（FICZ）是AHR的内源性配体（Stockinger等人，2014）。该方案设计用于在小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）或初级周边单核细胞中用Kyn或FICZ进行治疗。
背景 色氨酸代谢物如Kyn和FICZ是生理条件下AHR的内源性配体。 Kyn由色氨酸-2,3-双加氧酶（TDO）和/或吲哚胺-2,3-双加氧酶1和2（IDO1 / 2）产生，并有助于抑制抗肿瘤反应和恶性进展（Stockinger等人，2014）。 ...
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