| MicroScale Thermophoresis as a Tool to Study Protein-peptide Interactions in the Context of Large Eukaryotic Protein Complexes
|
|
Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Protein-peptide interactions are part of many physiological processes, for example, epigenetics where peptide regions of histone complexes are crucial for regulation of chromatin structure. Short peptides are often also used as alternatives to small molecule drugs to target protein complexes. Studying the interactions between proteins and peptides is thus an important task in systems biology, cell biology, biochemistry, and drug design. However, this task is often hampered by the drawbacks of classical biophysical methods for analysis of molecular interactions like surface plasmon resonance ...
[摘要] 蛋白质 - 肽相互作用是许多生理过程的一部分，例如表观遗传学，其中组蛋白复合物的肽区域对于染色质结构的调节是至关重要的。短肽通常也被用作小分子药物靶向蛋白质复合物的替代物。研究蛋白质和肽之间的相互作用是系统生物学，细胞生物学，生物化学和药物设计中的重要任务。然而，这一任务往往受到经典生物物理学方法分析分子间相互作用的缺陷的困扰，例如表面等离子体共振（SPR）或等温滴定量热法（ITC），其需要固定相互作用配偶体或非常高的样品浓度。 MicroScale热泳（MST）是一种创新的方法，可以确定分子间相互作用的重要参数，如解离常数，化学计量和热力学。而且，它可以快速准确地进行，可以自由选择缓冲液或生物液体，不需要固定样品，样品消耗也非常少。这里我们详细描述了两个MST测定法，其分析（i）真核RNA聚合酶II的某些肽段与真核转录延伸复合物的蛋白质亚基之间的相互作用和（ii）N-末端组蛋白尾肽与表观遗传学之间的相互作用读者蛋白质。这些实验表明，MST能够表征蛋白质 - 肽相互作用，这些相互作用仅由肽的微小变化触发，例如，在特定的丝氨酸残基处仅有一个磷酸化。
【背景】生物学背景：蛋白质 - ...
|
|
|
| Crude Preparation of Lipopolysaccharide from Helicobacter pylori for Silver Staining and Western Blot
|
|
Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] This protocol provides an easy and rapid method to prepare lipopolysaccharide from the gastric pathogen Helicobacter pylori for visualization on acrylamide gels by silver staining and for detecting the presence of Lewis antigens by Western blot. The silver staining is a four-step procedure, involving a 20 min-oxidation step, a 10 min-silver staining step, a 2-10 min color development step and finally a 1-min color termination step. Lipopolysaccharide from H. pylori wild-type and corresponding mutants analyzed by this method are described in a recent publication (Li et al. ...
[摘要] 该方案提供了一种从胃病原幽门螺杆菌制备脂多糖的简便快速方法，用于通过银染显示丙烯酰胺凝胶，并通过Western印迹检测Lewis抗原的存在。 银染是四步法，包括20分钟氧化步骤，10分钟银染色步骤，2-10分钟显色步骤，最后是1分钟颜色终止步骤。 来自H的脂多糖。 在最近的出版物（Li等人，2017）中描述了通过该方法分析的野生型和相应的突变体的幽门螺杆菌。 这种用于银染的LPS的粗制剂也适用于其他革兰氏阴性细菌。
【背景】脂多糖（LPS）是一种大而可变的复合糖脂，其组成了大多数革兰氏阴性细菌外膜的外叶。 它通常由三个结构域组成：称为脂质A（或内毒素）的疏水结构域，其嵌入外膜中; 相对保守的非重复核 - 低聚糖; 和从细胞延伸到外部环境的可变O-抗原。 H的独特功能。 幽门螺杆菌脂多糖O抗原是模拟人Lewis抗原的岩藻糖基化寡糖结构的存在。 从革兰氏阴性细菌大规模提取高纯度的LPS是劳动密集型和耗时的。 在这里，在这个协议中，我们详细地描述了使用来自胃病原幽门螺杆菌的容易和快速的粗制备制剂用于通过银染和Lewis抗原通过蛋白质印迹进行表达。
|
|
|
| Highly Accurate Real-time Measurement of Rapid Hydrogen-peroxide Dynamics in Fungi
|
|
Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Reactive oxygen species (ROS) are unavoidable by-products of aerobic metabolism. Despite beneficial aspects as a signaling molecule, ROS are principally recognized as harmful agents that act on nucleic acids, proteins and lipids. Reactive oxygen species, and, in particular, hydrogen peroxide (H2O2), are deployed as defense molecules across kingdoms, e.g., by plants in order to defeat invading pathogens like fungi. Necrotrophic plant pathogenic fungi themselves secrete H2O2 to induce host cell death and facilitate infection. Hydrogen ...
[摘要] 活性氧（ROS）是有氧代谢的副产物。尽管作为信号分子的有利方面，ROS主要被认为是作用于核酸，蛋白质和脂质的有害物质。反应性氧物质，特别是过氧化氢（H 2 O 2 O 2），作为防御分子跨越诸如，通过植物为了击败入侵病原体如真菌。营养不良的植物致病真菌本身分泌H 2 O 2 O 2以诱导宿主细胞死亡并促进感染。过氧化氢在一定程度上可以通过膜自由扩散。为了能够监测真菌中的细胞内过氧化氢动力学，我们最近在丝状植物病原体禾谷镰刀菌（Mentges and Bormann，2015）中建立了多功能的HyPer成像技术。 HyPer由插入到原核H 2 O 2 O 2 - 感觉蛋白OxyR的调节结构域（RD）中的循环置换的黄色荧光蛋白（cpYFP）组成。 OxyR域使传感器高度特异于H 2 O 2 O 2。 HyPer的氧化增加了在488nm激发的cpYFP的荧光，并降低了在405nm激发的荧光，从而促进了比例式读数（Belousov等人，2006）。 HyPer原来是对pH敏感。 HyPer的H 2 O 2 O 2 - 感官域中的单个氨基酸突变使传感器对H 2 O 2不敏感。该记者称为SypHer，作为pH变化的对照。
＆nbsp; ＆nbsp;通过使用HyPer成像技术，我们可以证明：i）HyPer成像能够特异和准确地检测细胞内H 2 O 2 O 2平衡的快速变化，ii）。 ...
|
|
|