| Extracellular RNA Isolation from Biofilm Matrix of Pseudomonas aeruginosa
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Most bacteria in natural ecosystems form biofilms-a bacterial community, surrounded by a polymer matrix that consists mostly of exopolysaccharides, proteins, and nucleic acids. Extracellular RNA as a matrix component is involved in biofilm formation-the fact that was confirmed by direct detection of extracellular RNA in the biofilm matrix, and by an interruption of the biofilm's structure with RNases. Number of protocols describing isolation of RNA from biofilm matrix are limited and usually involve uncommon equipment and reagents. Here we describe simple method for extracellular RNA ...
[摘要] [摘要]自然生态系统中的大多数细菌形成生物膜 –一个细菌群落，周围环绕着聚合物基质，该基质主要由胞外多糖，蛋白质和核酸组成。细胞外RNA作为基质成分参与生物膜的形成，这一事实已通过直接检测生物膜基质中的细胞外RNA以及通过RNase破坏生物膜结构而得到证实。。描述从生物膜基质中分离RNA的方案数量有限，通常涉及不常见的设备和试剂。在这里，我们描述了使用基本的实验室试剂和设备从生物膜基质分离细胞外RNA的简单方法。该方案的关键步骤包括用高离子浓度的NaCl溶液分离基质和细菌细胞，用LiCl沉淀RNA，并选择使用廉价的色谱柱进行质粒DNA分离，而不是使用专门的RNA试剂盒进行纯化。所描述的方案允许在不到一天的时间内（不包括生物膜生长的时间）分离适用于进一步的分子生物学程序（例如测序，RT-PCR和克隆）的细胞外RNA。
[背景]生物膜基质可抵抗不同的影响（抗菌药物，消毒剂，机械力），并为协调协调不同过程创造了环境（Svenningsen，2018年）。RNA存在于细胞外生物膜基质中，并形成RNA-DNA的主要交联弹性共聚物（Seviour等，2019）。用核糖核酸酶处理生物膜导致生物膜质量的重大损失，并强调了RNA对于维持生物膜完整性的重要性（Lee等人，2019）。同时，RNA在生物膜基质中的来源和作用仍未得到很好的研究。
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| ChIP-seq Experiment and Data Analysis in the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803
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Date:
2018-06-20
[Abstract] Nitrogen is an essential nutrient for all living organisms. In cyanobacteria, a group of oxygenic photosynthetic bacteria, nitrogen homeostasis is maintained by an intricate regulatory network around the transcription factor NtcA. Although mechanisms controlling NtcA activity appear to be well understood, the sets of genes under its control (i.e., its regulon) remain poorly defined. In this protocol, we describe the procedure for chromatin immunoprecipitation using NtcA antibodies, followed by DNA sequencing analysis (ChIP-seq) during early acclimation to nitrogen starvation in the ...
[摘要] 氮是所有生物体的必需营养素。 在蓝细菌中，一组含氧光合细菌通过围绕转录因子NtcA的错综复杂的调节网络维持氮稳态。 尽管控制NtcA活性的机制似乎已被很好地理解，但其控制下的基因集（即它的调节子）仍然没有很好的定义。 在该协议中，我们描述了使用NtcA抗体进行染色质免疫沉淀的过程，随后在蓝藻Synechocystis sp。早期适应氮饥饿期间进行DNA测序分析（ChIP-seq）。 PCC 6803（以下简称<集气囊）。 该协议可以扩展到分析蓝细菌中存在合适抗体的任何DNA结合蛋白。
【背景】为了维持体内平衡，细菌经常需要响应环境变化来调整基因表达。许多这些调整是由转录因子（TF）控制的，这些转录因子可以感知代谢信号并激活或抑制目标基因。然而，反映传统上费力的任务来表征TFs在体内的活性和范围，我们对它们在细菌中的结合位点的了解仍然有限。直到最近，染色质免疫沉淀与高通量测序分析的结合为快速确定基因组水平调节子打开了大门。特别是，ChIP-seq使用下一代测序（NGS）的能力来并行识别大量DNA序列。与微阵列相比，ChIP-seq的一个有吸引力的特征是对某些区域如启动子序列没有限制，并且可以研究整个基因组的TF结合位点。
在蓝细菌中，氮同化和代谢的全球调节剂是NtcA，属于CRP（cAMP受体蛋白）家族的TF（Herrero等人，2001）。在集胞蓝细菌中，NtcA通过将二聚体结合至包含共有序列GTAN ...
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| Functional Analysis of Connexin Channels in Cultured Cells by Neurobiotin Injection and Visualization
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2017-06-05
[Abstract] Functional gap junction channels between neighboring cells can be assessed by microinjection of low molecular weight tracer substances into cultured cells. The extent of direct intercellular communication can be precisely quantified by this method. This protocol describes the iontophoretic injection and visualisation of Neurobiotin into cultured cells.
[摘要] 可以通过将低分子量示踪物质显微注射到培养细胞中来评估相邻细胞之间的功能间隙连接通道。通过这种方法可以精确量化直接细胞间通信的程度。该方案描述了离子电渗注入和神经生物素在培养细胞中的可视化。
背景 间隙连接是在相邻细胞之间形成的细胞间通道，允许扩散交换低分子量分子（<1.8kDa）。间隙连接通道由两个彼此对接的半通道（连接器）组成。每个连接蛋白是称为连接蛋白（Cx）的蛋白质亚基的六聚体组装体。间隙连接蛋白基因家族由20只小鼠组成，21只在人体中组成。连接蛋白以其近似的kDa分子量命名，例如，Cx43具有43kDa的近似分子量（参见Söhl和Willecke，2004）。不同的连接蛋白在整个发育过程中广泛地表达在各种组织中，它们介导电和代谢偶联。此外，可以通过间隙连接通道直接扩散来交换第二信使分子和离子。
＆NBSP; ＆NBSP;神经生物素（N-（2-氨基乙基）生物素）是在生理条件下为286Da分子量的化合物和+1的化合物。由于其小的尺寸，这个示踪剂甚至通过这些间隙连接通道，这些间隙连接通道对于较高分子量的其他常见示踪剂（例如，Lucifer Yellow或羧基荧光素）（Hampson等人， ...
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