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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Gram-negative bacteria naturally release outer membrane vesicles (OMVs) to the surrounding environment. OMVs contribute to multiple processes, such as cell-cell communication, delivery of enzymes and toxins, resistance to environmental stresses and pathogenesis. Little is known about OMVs produced by plant-pathogenic bacteria, and their interactions with host plants. The protocol described below discusses the isolation process of OMVs from Xanthomonas campestris pv. campestris strain 33913, a bacterial pathogen of Crucifiers. Nevertheless, this protocol can be used and/or ...
[摘要] 革兰氏阴性细菌自然释放外膜囊泡（OMVs）到周围环境。 OMV有助于多个过程，如细胞通讯，酶和毒素的传递，对环境的压力和发病机制的抵抗。对植物病原菌产生的OMV及其与宿主植物的相互作用知之甚少。下面描述的协议讨论了野生黄单胞菌（Manthomonas campestris）的OMV的隔离过程。菌种33913（一种Crucizer的细菌病原体）。然而，该方案可以用于和/或适于将OMV与其他植物病原细菌分离，以促进在植物 - 微生物相互作用的背景下对OMV的研究。
背景 细胞外泡（EV）释放是许多生物从生命各个领域共享的过程。在革兰氏阴性细菌中，大多数EV是外膜起泡的结果，最终夹住细菌细胞壁，因此被称为外膜囊泡（OMV）。 OMV的研究重点是OMV生物发生，货物，功能和与宿主生物的相互作用。迄今为止，大多数关于OMV的研究集中在人类和环境细菌的细菌病原体上，然而对植物病原菌的OMV研究很少。这里描述的协议是由Chutkan等人描述的方案改编的。 （2013）稍作修改，并在此介绍植物病原体X。 campestris pv。 campestris 。为了我们的理解，这是第一个完全详细的OMV与植物生长细菌分离的方案，我们希望它可以作为对这一主题感兴趣的其他研究组的指导性协议。
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] Ribosome footprinting, or Ribo-seq, has revolutionized the studies of translation. It was originally developed for yeast and mammalian cells in culture (Ingolia et al., 2009). Herein, we describe a plant-optimized hands-on ribosome footprinting protocol derived from previously published procedures of polysome isolation (Ingolia et al., 2009; Mustroph et al., 2009) and ribosome footprinting (Ingolia et al., 2009; Ingolia et al., 2013). With this protocol, we have been able to successfully isolate and analyze high-quality ribosomal footprints from ...
[摘要] 核糖体足迹或Ribo-seq，彻底改变了翻译研究。它最初是为培养中的酵母和哺乳动物细胞开发的（Ingolia等人，2009）。本文中，我们描述了来自先前公开的多核糖体分离程序的植物优化的亲手核糖体印迹方案（Ingolia等人，2009; Mustroph等人，2009 ）和核糖体印迹（Ingolia等人，2009; Ingolia等人，2013）。使用该协议，我们能够成功地分离和分析来自体外生长的拟南芥植物（黑暗生长的幼苗）的不同阶段的高质量核糖体印迹[Merchante < ，以及在液体培养物中生长的板和植物中的13天龄小植物[未发表的结果]）。
[背景] 翻译在调节基因活性中的中心作用早已被公认，但是在响应于特定刺激的全基因组翻译定量变化的系统探索最近才变得技术上可行。最初为培养中的酵母和哺乳动物细胞开发的核糖体印迹技术（通常称为Ribo-seq）已经彻底改变了翻译调节和基因表达的研究，因为其允许确定核糖体在基因组 - ...
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