| Transient Transfection-based Fusion Assay for Viral Proteins
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Membrane fusion is vital for entry of enveloped viruses into host cells as well as for direct viral cell-to-cell spread. To understand the fusion mechanism in more detail, we use an infection free system whereby fusion can be induced by a minimal set of the alphaherpesvirus pseudorabies virus (PrV) glycoproteins gB, gH and gL. Here, we describe an optimized protocol of a transient transfection based fusion assay to quantify cell-cell fusion induced by the PrV glycoproteins.
[摘要] 膜融合对于将包膜病毒进入宿主细胞以及直接病毒细胞到细胞传播至关重要。为了更好地了解融合机制，我们使用无感染系统，可以通过最小的α疱疹病毒伪狂犬病病毒（PrV）糖蛋白gB，gH和gL诱导融合。在这里，我们描述了基于瞬时转染的融合测定的优化方案，以定量由PrV糖蛋白诱导的细胞 - 细胞融合。
背景 膜融合对于包膜病毒的进入和扩散至关重要。许多包膜病毒只需要一种或两种病毒蛋白来介导宿主细胞的附着和膜融合，分子机制也被很好地理解（Harrison，2015）。相比之下，疱疹病毒使用需要受体结合蛋白的更复杂的机制和由gB和异二聚体gH / gL复合物组成的核心融合机构用于感染性进入。导致疱疹病毒包膜与细胞膜融合的机制尚不完全清楚。疱疹病毒进入和传播的分子基础的详细知识对于针对各种疾病的有效对策是重要的。通过研究瞬时表达相关蛋白质的细胞的细胞融合活性来帮助更好的理解。已经开发了不同的模型系统，其中在不存在感染的情况下，开发了由糖蛋白gB和gH / gL和受体结合gD表示的最小的核心融合机制的融合，例如，对于1型单纯疱疹病毒和2（HSV-1和2 [Turner等人，1998; Muggeridge，2000; ...
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| Sequencing of Ebola Virus Genomes Using Nanopore Technology
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Author:
Date:
2016-11-05
[Abstract] Sequencing of virus genomes during disease outbreaks can provide valuable information for diagnostics, epidemiology, and evaluation of potential countermeasures. However, particularly in remote areas logistical and technical challenges can be significant. Nanopore sequencing provides an alternative to classical Sanger and next-generation sequencing methods, and was successfully used under outbreak conditions (Hoenen et al., 2016; Quick et al., 2016). Here we describe a protocol used for sequencing of Ebola virus under outbreak conditions using Nanopore technology, which we ...
[摘要] 病毒基因组在疾病爆发期间的测序可以为诊断，流行病学和潜在对策的评估提供有价值的信息。然而，特别是在偏远地区，后勤和技术挑战可能很大。纳米孔测序提供了经典的Sanger和下一代测序方法的替代物，并且在爆发条件下成功使用（Hoenen等人，2016; Quick等人，2016 ）。在这里我们描述了用于在爆发条件下使用纳米孔技术对埃博拉病毒进行测序的方案，我们在CDC/NIH诊断实验室（de Wit等人，2016）成功地实施了ELWA- 3 确定病毒基因组的全长序列是必不可少的，因为它是在利比里亚蒙罗维亚的埃博拉病毒治疗股在最近在西非爆发的埃博拉病毒爆发期间。
<病毒学中的程序。虽然经典的方法涉及sanger测序后引物步行战略，较新的方法涉及使用下一代测序方法，如454，illumina或ion torrent技术。所有这些技术的常见问题，尽管它们的许多优点，是所需的仪器是大的，昂贵的，脆弱的，因此难以运输。此外，经常涉及文库制备程序。虽然在通常情况下这些问题没有什么影响，因为这些机器在具有优良基础设施的专门实验室中运行，在偏远地区的病毒爆发期间（例如在埃博拉病毒爆发的情况下），这可能造成重大问题，特别是在样品出口从受影响的地区到这些专门的实验室往往在政治和后勤方面具有挑战性。在这些情况下，可以容易和快速地部署到偏远地区，并允许在爆发区域直接进行测序的测序技术的可用性是非常有价值的。因此，我们已经在monrovia的elwa-3埃博拉病毒治疗单元的现场诊断实验室测试了minion测序装置，该装置当时正在由oxford="" nanopore="" technologies（ont）开发。（de="" wit等人，/em="">。，2016），并且制定了在这些条件下快速产生埃博拉病毒的全长序列的方案。该装置使用纳米孔，核苷酸链通过其以受控的方式运输。核苷酸阻断并因此调节流过这些孔的离子流，这取决于通过纳米孔的核苷酸的物理性质，并且这些电流调节通过装置测量并翻译成核苷酸序列。该测试的结果表明该技术确实显示出作为可快速部署和高度可用的测序平台的巨大前景，其在其他地方是可用的（Hoenen等人，2016），以及类似的使用与Quick自己的努力独立地执行的相同测序平台进行的测试。 （2016年）。
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