| Preparation of Sequencing RNA Libraries through Chemical Cross-linking Coupled to Affinity Purification (cCLAP) in Saccharomyces cerevisiae
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Ribonucleoprotein particles (mRNPs) are complexes consisting of mRNAs and RNA-binding proteins (RBPs) which control mRNA transcription localization, turnover, and translation. Some mRNAs within the mRNPs have been shown to undergo degradation or storage. Those transcripts can lack general mRNA elements, like the poly(A) tail or 5’ cap structure, which prevent their identification through the application of widely-used approaches like oligo(dT) purification. Here, we describe a modified cross-linking affinity purification protocol (cCLAP) based on existing cross-linking and immunoprecipitation ...
[摘要] 核糖核蛋白颗粒（mRNP）是由mRNA和RNA结合蛋白（RBP）组成的复合物，其控制mRNA转录定位，转换和翻译。已显示mRNP内的一些mRNA经历降解或储存。那些转录物可能缺乏一般的mRNA元件，如poly（A）尾或5'帽结构，这通过应用广泛使用的方法如oligo（dT）纯化来阻止它们的鉴定。在这里，我们描述了基于现有的交联和免疫沉淀（CLIP）方法的修饰的交联亲和纯化方案（cCLAP），以分离mRNP中可被去腺苷酸化，去除和/或部分降解的mRNA，从而开启了检测不同的可能性。非编码RNA（ncRNA）的类型。分离后，将RNA进行衔接子连接，然后进行下一代测序（NGS）。由于快速有效的交联和淬灭步骤，该方案也适用于瞬时诱导的mRNP颗粒。实例包括由外在应激物触发的处理体（PB）或应力颗粒（SG）。其重现性和广泛应用使该方案成为研究特定RNP的RNA组成的有用且有力的工具。
【背景】mRNP内转录物的表征对于理解细胞转录和转录后过程至关重要。通过交联和免疫沉淀，然后通过RNA-Seq从mRNP颗粒中分离RNA已经成为鉴定mRNA靶标的常用方法（Tagwerker et al。，2006; Hafner et al。，2010; Kishore et al。，2011）。 ...
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| Preparation of Purified Gram-positive Bacterial Cell Wall and Detection in Placenta and Fetal Tissues
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Author:
Date:
2016-12-05
[Abstract] Cell wall is a complex biopolymer on the surface of all Gram-positive bacteria. During infection, cell wall is recognized by the innate immune receptor Toll-like receptor 2 causing intense inflammation and tissue damage. In animal models, cell wall traffics from the blood stream to many organs in the body, including brain, heart, placenta and fetus. This protocol describes how to prepare purified cell wall from Streptococcus pneumoniae, detect its distribution in animal tissues, and study the tissue response using the placenta and fetal brain as examples.
[摘要] 细胞壁是所有革兰氏阳性菌表面上的复杂生物聚合物。在感染期间，细胞壁被先天免疫受体Toll样受体2识别，引起强烈的炎症和组织损伤。在动物模型中，从血流到体内许多器官（包括脑，心脏，胎盘和胎儿）的细胞壁运输。该协议描述了如何从肺炎链球菌制备纯化的细胞壁，检测其在动物组织中的分布，并且使用胎盘和胎脑作为实例研究组织反应。
关键词： 细胞壁，肽聚糖，细菌炎症，神经增殖，胎儿神经发生，胎盘运输，Toll样受体2配体，肺炎链球菌
/strong>宿主对感染的反应涉及许多细菌组分的识别，包括细胞壁（CW），一种形成所有革兰氏阳性细菌表面的复合大分子。革兰氏阳性细菌的CW由肽聚糖和磷壁酸的共价网络形成。肺炎链球菌是肺炎，败血症和脑膜炎的主要原因，已经成为研究对包括CW在内的革兰氏阳性细菌感染的先天免疫反应的重要模式生物体。 当肺炎链球菌（肺炎球菌）感染时，CW成分在生长期或抗生素诱导的死亡期间从细菌释放，它在血流中循环并穿过细胞屏障，包括胎盘和血脑屏障。 CW组分具有等于或大于完整细菌的炎性活性（Tuomanen等人，1985a和1985b）。 ...
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