| DigiTAG–a RNA Sequencing Approach to Analyze Transcriptomes of Rare Cell Populations in Drosophila melanogaster
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Author:
Date:
2020-11-05
[Abstract] Cell-type specific transcriptional programs underlie the development and maintenance of organs. Not only distinct cell types within a tissue, even cells with supposedly identical cell fates show a high degree of transcriptional heterogeneity. Inevitable, low cell numbers are a major hurdle to study transcriptomes of pure cell populations. Here we describe DigiTAG, a high-throughput method that combines transposase fragmentation and molecular barcoding to retrieve high quality transcriptome data of rare cell types in Drosophila melanogaster. The protocol showcases how DigiTAG can be used to ...
[摘要] [摘要]细胞类型的特定转录程序是器官的发育和维持的基础。不仅组织内不同的细胞类型，甚至具有相同细胞命运的细胞也显示出高度的转录异质性。不可避免的是，低细胞数量是研究纯细胞群体转录组的主要障碍。在这里，我们介绍DigiTAG ，这是一种高通量方法，将转座酶片段化和分子条形码相结合，以检索果蝇中稀有细胞类型的高质量转录组数据。该协议展示了DigiTAG如何可用于分析果蝇幼虫的罕见神经干细胞（II型成神经细胞）的转录组 大脑，但也可以用于其他细胞类型或模型系统。
[背景]在发育过程中，不同细胞类型之间的过渡与组织稳态之间的关系是由大量转录因子及其诱导的转录变化所精心安排的。在过去的十年中，RNA测序（RNA- seq ）已成为测量整个基因组转录动力学的经典方法（Stark等，2019）。组织上的大量RNA序列不允许研究不同细胞群体的转录网络，特别是稀有细胞类型的转录网络。因此，需要提供低输入样品高质量转录组的RNA- seq方案。
在果蝇中，有限的材料通常构成分析特定组织或细胞类型的障碍。果蝇神经干细胞（称为神经母细胞）很好地说明了这一点（Homem和Knoblich ，2012）。存在成神经细胞的几个不同的亚群。例如，在果蝇的幼虫大脑中，只有16种II型成神经细胞产生神经元，神经元支配了运动和感觉处理所需的大脑区域（Walsh and ...
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| Gene Expression Analysis of Sorted Cells by RNA-seq in Drosophila Intestine
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] RNA sequencing (RNA-seq) has become a popular method for profiling gene expression. Among many applications, one common purpose is to identify differentially expressed genes and pathways in different biological or pathological conditions. This protocol provides detailed procedure for RNA-seq analysis of ~250,000 sorted Drosophila intestinal cells (Chen et al., 2016), in which RNA amplification is not required.
[摘要] RNA测序（RNA-seq）已经成为描述基因表达的流行方法。 在许多应用中，一个共同目的是在不同的生物学或病理学条件下鉴定差异表达的基因和途径。 该方案提供了〜250,000个分选的果蝇肠细胞的RNA-seq分析的详细程序（Chen等，2016），其中不需要RNA扩增。
【背景】RNA-seq的转录组分析已经成为鉴定不同生物或病理条件下差异表达基因和途径的常用方法。 对于产生低mRNA水平的样品，通常在深度测序之前进行RNA或cDNA扩增（Dutta等，2015）。 然而，这个程序可能会潜在地省略以低丰度表达的重要候选人。 在这里，我们提供了不需要RNA扩增的分选的果蝇肠细胞的RNA-seq分析的详细程序。
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