| Assaying the Effects of Splice Site Variants by Exon Trapping in a Mammalian Cell Line
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] There are several in silico programs that endeavor to predict the functional impact of an individual’s sequence variation at splice donor/acceptor sites, but experimental confirmation is problematic without a source of RNA from the individual that carries the variant. With the aid of an exon trapping vector, such as pSPL3, an investigator can test whether a splice site sequence change leads to altered RNA splicing, through expression of reference and variant mini-genes in mammalian cells and analysis of the resultant RNA products.
[摘要] 有几个计算机程序尝试预测个体在剪接供体/受体位点的序列变异的功能影响，但实验确认是有问题的，没有携带变体的个体的RNA来源。借助于外显子捕获载体，例如pSPL3，研究人员可以通过在哺乳动物细胞中表达参考和变体小基因来测试剪接位点序列变化是否导致改变的RNA剪接，并分析所得RNA产物。
背景 我们希望通过实验测试在TEK基因中鉴定的两个剪接供体位点变体c.760 + 2T> C和c.3300 + 2delT的功能影响（Souma等人，2016）。通常情况下，携带这些序列变体的个体不能获得细胞或mRNA的样品，因此我们利用外显子捕获方法作为功能测试。来自患者的DNA样品可用于感兴趣的基因组区域的PCR扩增。如果患者gDNA样品不可用，也可以通过诸如基于PCR的定点诱变等方法将序列变体并入野生型序列。
＆NBSP;外显子捕获方法最初是为了鉴定长期基因组DNA中的未知外显子而开发的（Duyk等人，1990）。创建了pSPL3外显子捕获载体以提高外显子鉴定的效率和可靠性，并且还允许筛选更大的基因组片段（Church et al。，1994; Nisson等，1994）。 pSPL3载体含有由SV40启动子组成的小型人造基因，具有功能性剪接供体和受体位点的外显子 - 内含子 - ...
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| An HPLC-based Method to Quantify Coronatine Production by Bacteria
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Coronatine is a polyketide phytotoxin produced by several pathovars of the plant pathogenic bacterium Pseudomonas syringae. It is one of the most important virulence factors determining the success of bacterial pathogenesis in the plant at both epiphytic and endophytic stages of the disease cycle. This protocol describes an optimized procedure to culture bacterial cells for coronatine production and to quantify the amount of coronatine secreted in the culture medium using an HPLC-based method.
[摘要] 冠心病是由植物病原菌的几种病原体产生的聚酮化合物植物毒素。它是在疾病周期的附生和内生期阶段确定植物细菌发病机制成功的最重要的毒力因素之一。该方案描述了用于培养用于冠状病毒产生的细菌细胞的优化方法，并且使用基于HPLC的方法定量培养基中分泌的冠状动脉的量。
背景 Coronatine（COR）是有效的细菌植物毒素，是植物激素茉莉酮酸-L异亮氨酸（JA-Ile）的分子模拟物。因此，COR激活茉莉酸（JA）信号传导，诱导JA响应基因，并拮抗免疫信号水杨酸的作用。 COR由两种成分组成：冠心病（CFA）和冠状氨酸（CMA）。编码CMA和CFA生物合成的基因在细菌中不是组成型表达的。相反，当细菌在诱导培养基中生长时，这些基因在植物叶片表面或植物体内或/或体外诱导（Palmer和Bender，1993; Panchal等等，2016）。本文介绍了从Panchal等人改编的方法。 （2016），以确定细菌产生冠心病的能力，可用作毒性指征。
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| Assessment of Wheat Resistance to Fusarium graminearum by Automated Image Analysis of Detached Leaves Assay
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Author:
Date:
2016-12-20
[Abstract] Fusarium head blight (FHB) caused by Fusarium pathogens is a globally important cereal disease. To study Fusarium pathogenicity and host disease resistance, robust methods for disease assessment and quantification are needed. Here we describe the procedure of a detached leaves assay emphasizing the image analysis. The protocol provides the different steps of a rapid, automatic and quantitative image analysis to evaluate leaf area infected by Fusarium graminearum.
[摘要] 镰孢霉病引起的枯萎病（FHB）病原体是全球重要的谷物疾病。为了研究镰刀菌致病性和宿主抗病性，需要用于疾病评估和定量的强大方法。这里我们描述强调图像分析的分离叶分析的过程。该方案提供了快速，自动和定量的图像分析的不同步骤，以评估禾谷镰孢感染的叶面积。
背景 通过在开花期的视觉评分估计整个植物水平的小麦FHB抗性，这是费力，耗时且需要空间的。因此，已经开发了加速早期植物阶段对FHB抗性的疾病评估的方法，例如种子发芽测定（Browne，2009），胚芽鞘试验（Shin et al。 ，2014），脱叶测定（Browne和Cooke，2004）和幼苗测定（Li等人，2010）。分离叶分析通常用于评估宿主对镰刀菌的反应，并且成功鉴定了FHB抗性的组分（Browne和Cooke，2004）。在这样的测定中，目视评估病原体的建立是耗时且限制精确测量的。最近由Perochon等人描述的方法。 （2015），并在此详细解析了这两个限制，通过使用自动方法，量化基于粒径的图像分析感染的叶面积。
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