| Biochemical Analysis of Dimethyl Suberimidate-crosslinked Yeast Nucleosomes
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Author:
Date:
2018-03-20
[Abstract] Nucleosomes are the fundamental unit of eukaryotic chromosome packaging, comprised of 147 bp of DNA wrapped around two molecules of each of the core histone proteins H2A, H2B, H3, and H4. Nucleosomes are symmetrical, with one axis of symmetry centered on the homodimeric interaction between the C-termini of the H3 molecules. To explore the functional consequences of nucleosome symmetry, we designed an obligate pair of H3 heterodimers, termed H3X and H3Y, allowing us to compare cells with single or double H3 alterations. Our biochemical validation of the heterodimeric X-Y interaction included ...
[摘要] 核小体是真核染色体包装的基本单元，由围绕核心组蛋白H2A，H2B，H3和H4中的每一个的两个分子包裹的147bp DNA组成。 核小体是对称的，一个对称轴以H3分子的C-末端之间的同源二聚体相互作用为中心。 为了探索核小体对称性的功能性后果，我们设计了一对特异性H3异二聚体，称为H3X和H3Y，使我们能够比较具有单一或双重H3改变的细胞。 我们对异二聚体X-Y相互作用的生物化学验证包括使用二甲基琥珀三酸酯（DMS）进行的核内H3交联。 在这里，我们提供了使用DMS来分析酵母核小体的详细方案。
【背景】组蛋白的翻译后修饰影响染色体生物学的各个方面，包括转录，复制，修复和重组。因为核小体包含每个核心组蛋白的两个拷贝，所以修饰可以是对称的（在两个H3尾部上的相同修饰，例如，在核小体内的两个H3尾部上的K27me（Voigt等人
对于单个核小体内H3X-H3Y相互作用的生化验证，我们生成了表达细菌生物素连接酶BirA，N-末端V5-标记的H3X和N-末端生物素接受表位标记的H3Y的酵母菌株（Beckett等人， 1999）。 ...
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| Pyrosequencing Approach for SNP Genotyping in Plants Using a M13 Biotinylated Primer
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Author:
Date:
2015-05-20
[Abstract] Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), which constitute single base-pair variations in the DNA sequence, are the most abundant molecular markers in plant and animal genomes. They are becoming the markers of choice for genotyping in all fields of molecular biology, as they are easily prone to automation and high throughput, for example through pyrosequencing. This technology is accurate, flexible and can be easily automated. However, the need for primers labelled with biotin, promptly rise the cost of any methodology employing a pyrosequencing approach. In this protocol we described an ...
[摘要] 单核苷酸多态性（SNP），其构成DNA序列中的单碱基对变异，是植物和动物基因组中最丰富的分子标记。 它们正成为分子生物学所有领域中基因分型的选择标记，因为它们易于自动化和高通量，例如通过焦磷酸测序。 这种技术是准确，灵活和可以很容易自动化。 然而，对用生物素标记的引物的需要迅速提高了使用焦磷酸测序方法的任何方法的成本。 在这个协议中，我们描述了基于通用M13生物素化引物，用于植物中的SNP基因分型的改进的，有效的，可靠的和成本有效的焦磷酸测序方案。
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