| TetR Regulated in vivo Repression Technology to Identify Conditional Gene Silencing in Genetically Engineerable Bacteria Using Vibrio cholerae Murine Infections as Model System
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Author:
Date:
2020-10-05
[Abstract] Investigation of bacterial gene regulation upon environmental changes is still a challenging task. For example, Vibrio cholerae, a pathogen of the human gastrointestinal tract, faces diverse transient conditions in different compartments upon oral ingestion. Genetic reporter systems have been demonstrated to be extremely powerful tools to unravel gene regulation events in complex conditions, but so far focused mainly on gene induction. Herein, we describe the TetR-controlled recombination-based in vivo expression technology TRIVET, which allows detection of gene silencing ...
[摘要] [摘要]研究细菌基因对环境变化的调控仍然是一项艰巨的任务。例如，人胃肠道的病原体霍乱弧菌在口服后会在不同的隔室中遇到各种短暂的状况。事实证明，遗传报告系统是揭示复杂条件下基因调控事件的极有力工具，但到目前为止，它主要集中在基因诱导上。在本文中，我们描述了基于TetR控制的重组的体内表达技术TRIVET，该技术可检测基因沉默事件。TRIVET类似于体内表达技术（IVET）以及基于重组的体内变异体 表达技术（RIVET），用于鉴定宿主定殖过程中几种细菌的条件基因诱导。像它的前辈一样，TRIVET是一个基于单细胞的报告系统，可以通过耐药谱的表型变化以时空方式分析细菌基因的阻遏。简而言之，无启动子的tetR （编码转录阻遏物TetR）可通过转座子诱变随机地整合到细菌基因组中，或通过同源重组在目标启动子的下游特异性整合到细菌基因组中。的TetR导致的去阻遏的转录表达的减少的TetR控制解离TNPR，这反过来又导致切除ö F A Ñ抗生素抗性盒（也称为RES-盒）和改变的电阻曲线可观察到的通过划线上氨苄青霉素和卡那霉素板。然后可以将这种改变量化为抗性和非抗性分离株之间的比例。此外，新引入的第二报道基因，promot erless ...
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| Quantitative Determination of Ca2+-binding to Ca2+-sensor Proteins by Isothermal Titration Calorimetry
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Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Diverse and complex molecular recognitions are central elements of signal transduction cascades. The strength and nature of these interaction modes can be determined by different experimental approaches. Among those, Isothermal titration calorimetry (ITC) offers certain advantages by providing binding constants and thermodynamic parameters from titration series without a need to label or immobilize one or more interaction partners. Furthermore, second messenger homeostasis involving Ca2+-ions requires in particular knowledge about stoichiometries and affinities of Ca2+-binding ...
[摘要] [摘要] 多样而复杂的分子识别是信号转导级联的核心要素。这些相互作用模式的强度和性质可以通过不同的实验方法来确定。其中，等温滴定热量法（ITC）通过提供来自滴定系列的结合常数和热力学参数，而无需标记或固定一个或多个相互作用伙伴，从而提供了某些优势。此外，涉及钙第二信使动态平衡2+ -离子需要小号特别知识大约化学计量和Ca的亲和力2+ -结合对于Ca 2+ 多个传感器蛋白或钙2+ 依赖的调节器，可以通过使用ITC获得。我们使用ITC来测量在感光细胞中运行的一组神经元Ca 2+ 传感器蛋白的这些参数。在这里，我们提出了一个分步协议，以（a）测量与Ca 2+ 传感器鸟苷酸环化酶e激活蛋白1的Ca 2+ 相互作用，（b）设计ITC实验并准备样品，（c）去除Ca 2+ 几乎完全来自Ca 2+ 结合蛋白，而无需使用螯合剂（如EGTA）。
[背景 ] ...
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| Production, Purification and Crystallization of a Prokaryotic SLC26 Homolog for Structural Studies
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Author:
Date:
2017-02-05
[Abstract] The SLC26 or SulP proteins constitute a large family of anion transporters that are ubiquitously expressed in pro- and eukaryotes. In human, SLC26 proteins perform important roles in ion homeostasis and malfunctioning of selected members is associated with diseases. This protocol details the production and crystallization of a prokaryotic SLC26 homolog, termed SLC26Dg, from Deinococcus geothermalis. Following these instructions we obtained well-folded and homogenous material of the membrane protein SLC26Dg and the nanobody Nb5776 that enabled us to crystallize the complex and ...
[摘要] SLC26或SulP蛋白构成在亲和真核生物中普遍表达的大量阴离子转运蛋白。在人类中，SLC26蛋白在离子稳态中起重要作用，选择成员的功能障碍与疾病有关。该方案详细描述了来自地热异常球菌的原核SLC26同源物（称为SLC26Dg）的产生和结晶。按照这些说明，我们获得了膜蛋白SLC26Dg和纳米体Nb5776的良好折叠和均匀的材料，使我们能够使复合物结晶并确定其结构（Geertsma等人，2015）。该方法可以适于纯化和结晶其它膜蛋白复合物。
背景 除了少数例外，膜蛋白的结构表征涉及蛋白质生产水平，洗涤剂溶解状态下的稳定化和结晶的挑战。克服这些障碍所采取的策略取决于有效选择具有优异生物化学性质的SLC26同系物和使用抗体作为结晶伴侣（Geertsma等人，2015）。这里描述的程序并没有大大偏离同事的程序，但在几点上，我们采用其他方法。例如，对于蛋白质生产，我们利用araBAD启动子（Guzman等人，1995），而不是流行的T7启动子（Studier等人，1990）。与T7启动子相反，PAD启动子允许直接调节蛋白质生产水平及其对下游折叠机械的能力的调节，从而减少包涵体的形成（Geertsma， et ...
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