| Conjugation Protocol Optimised for Roseburia inulinivorans and Eubacterium rectale
|
|
Author:
Date:
2020-04-05
[Abstract] Roseburia and Eubacterium species of the human gut microbiota play an important role in the maintaince of human health, partly by producing butyrate, the main energy source of our colonic epithelial cells. However, our knowledge of the biochemistry and physiology of these bacteria has been limited by a lack of genetic manipulation techniques. Conjugative transposons previously introduced into Roseburia species could not be easily modified, greatly limiting their applicability as genetic modification platforms. Modular plasmid shuttle vectors have previously been ...
[摘要] [摘要 ] 人体肠道菌群中的玫瑰菌属和真细菌属在维持人类健康中起着重要作用，部分原因是产生丁酸盐，这是我们结肠上皮细胞的主要能源。但是，由于缺乏基因操作技术，我们对这些细菌的生物化学和生理学的认识受到限制。先前引入玫瑰花属物种的共轭转座子不容易被修饰，极大地限制了它们作为基因修饰平台的适用性。MOD ular质粒穿梭载体先前已经开发了用于梭菌物种，其与共享一个分类次序ř oseburia 和真杆菌，提高这些矢量可以在这些生物体中使用的可能性。在这里，我们描述了一种优化缀合协议使得能够自主复制的质粒的从转印大肠杆菌供体菌株为罗斯氏inulinivorans 和真杆菌rectale 。质粒的模块性质及其通过自主复制在受体细菌中得以维持的能力使其成为研究异源基因表达的理想之选，并成为其他遗传工具（包括反义RNA沉默或II 型移动子中断子基因破坏策略）的平台。
[背景 ] 玫瑰菌和真细菌属人类肠道菌群中含量最高的细菌（Zhernakova 等，2016），它们通过利用饮食和宿主衍生的多糖影响人类健康（Scott 等，2006和2011； Cockburn 等） 。，2015 ; 谢里登等人，2016 ）并产生促进健康的代谢物丁酸作为发酵终产物（邓肯等人，2002和2006） 。另外，这些物种能够通过鞭毛调节宿主免疫（Neville ...
|
|
|
| Assays for Oxidative Responses of Fusarium graminearum Strains to Superoxide Radicals
|
|
Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] The ascomycete fungus Fusarium graminearum is a major causal agent of Fusarium head blight (FHB), a devastating disease affecting small grains cereals worldwide. To better understand the pathogenesis of this fungus, we provide here an easy-to-use protocol to examine the sensitivity of the wild-type and mutant strains of F. graminearum to oxidative stress from superoxide anions (O2•-) generated by menadione. Similarly, this assay can also be used to detect other stress responses of different fungal strains to various stress agents. The change in stress ...
[摘要] 子囊菌真菌 Fusarium graminearum 是 Fusarium 头枯病（FHB）的主要致病因子，FHB是一种影响全世界小粒谷物的破坏性疾病。 为了更好地了解这种真菌的发病机理，我们在此提供了一种易于使用的方案来检测 F的野生型和突变株的敏感性。 禾谷镰刀菌对由甲萘醌产生的超氧阴离子（O2 • - ）的氧化应激。 类似地，该测定也可用于检测不同真菌菌株对各种应激物的其他应激反应。 突变体的应激反应的变化可以为突变基因的生物学功能提供线索。
【背景】子囊菌真菌 Fusarium graminearum （以前也被称为 Gibberella zeae 的性状）不仅是 Fusarium 头枯病和幼苗的主要致病因子小麦和大麦枯萎病，也是玉米赤霉病茎腐病的重要致病因子之一（Dal Bello et al。，2002; Bai and Shaner，2004; Kazan et al。，2012）。除了导致谷物大量减产外，这种真菌还会产生影响人类和动物健康的真菌毒素。因此，这种真菌受到广泛关注，在所有研究的植物病原真菌中排名第四（Dean et al。，2012）。
F。禾本科植物对死有机物进行过冬，特别是对受感染的小粒和玉米作物残留物进行过度研究。为了在如此广泛的环境中生存， F. graminearum ...
|
|
|
| Ensifer-mediated Arabidopsis thaliana Root Transformation (E-ART): A Protocol to Analyse the Factors that Support Ensifer-mediated Transformation (EMT) of Plant Cells
|
|
Author:
Date:
2017-10-05
[Abstract] Ensifer adhaerens OV14, a soil borne alpha-proteobacteria of the Rhizobiaceae family, fortifies the novel plant transformation technology platform termed ‘Ensifer-mediated transformation’ (EMT). EMT can stably transform both monocot and dicot species, and the host range of EMT is continuously expanding across a diverse range of crop species. In this protocol, we adapted a previously published account that describes the use of Arabidopsis thaliana roots to investigate the interaction of A. thaliana and Agrobacterium tumefaciens. In our laboratory, ...
[摘要] OV14;土壤传播的根瘤菌科的α-变形细菌强化了新型植物转化技术平台，称为“插入式”介导的转化（EMT）。 EMT可以稳定地转化单子叶植物和双子叶植物，并且EMT的宿主范围在不同范围的作物种类上不断扩大。在这个协议中，我们调整了一个以前发布的帐户，描述了使用拟南芥根系来研究 A的相互作用。 thaliana 和根癌土壤杆菌。在我们的实验室，我们通常使用 A。 thaliana 根外植体，以检查增强EMT效用的因素。此外，E-ART协议可用于研究E的转录反应。接种外植体组织后的寄主植物，宿主植物，不同的引物菌株/突变体的可变性以及测试A的易感性。作为破译支持EMT的机制的手段。【背景】推进“Ensifer”介导的转化（EMT）技术以成功地转化双子叶菊，即拟南芥，马铃薯Solanum tuberosum ，Nicotiana tabacum ，Manihot esculenta ，欧洲油菜和单子叶植物;之前曾报道过（Wendt等人，2012; Zuniga-Soto等人），2015; Chavarriaga-Aguirre et al。，2016; Rathore等人，2016）。另外，E的基因组分析。 （2014）发现，该细菌具有7.7Mb的基因组，其包含两条环状染色体（3.96Mb和2.01Mb）和两条质粒（1.61Mb和125Kb） ）。 ...
|
|
|