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Author:
Date:
2017-02-20
[Abstract] The plant phyllosphere, which represents all plant parts that are above the ground, is considered one of the most extensive ecosystems to be colonized by microorganisms, both at the surface as epiphytes or as endophytes within the plant. These plant-associated microbial communities are reservoirs of microbial diversity and they can be important for plant health. The characterization of microbial communities in diverse plants, such as Espeletia plants that are endemic to the Paramo ecosystem in the Andes Mountains, can shed light regarding possible interactions among microorganisms ...
[摘要] 代表地上所有植物部分的植物叶片被认为是被微生物定殖的最广泛的生态系统之一，在表面作为附生植物或植物内生植物。这些植物相关的微生物群落是微生物多样性的水库，它们对植物健康很重要。对安第斯山脉帕拉莫生态系统特有的不同植物，如埃斯佩雷西亚植物的微生物群落进行表征，可以揭示微生物与微生物功能特性之间的相互作用。从植物内生微生物群落中获取DNA涉及各种步骤，以确保样品没有植物表面（附生植物）上存在的微生物的污染。植物叶片首先被表面灭菌，切成块，用玻璃珠匀浆，然后用市售试剂盒进行DNA提取。然后使用Qubit 2.0对DNA样品进行定量和分析，用于16S rRNA基因的PCR扩增。
背景 从植物样品中提取内生DNA已经由几个研究小组进行，通常涉及到最小化表面微生物污染的步骤。然而，协议也必须适应于正在研究的植物材料，因此可以结合不同的步骤。附生植物DNA的提取也必须确保内生微生物没有污染。描述的方案将来自先前报告（Miles等人，2012; Araujo等人，2002）的元素综合起来，但是鉴于所使用的植物材料的特征， 。在这项工作中，我们使用了埃及埃斯特雷西亚hartwegiana 的叶子，这种植物是哥伦比亚安第斯山脉帕拉莫生态系统的特有植物。这些叶子的特征是大而多汁，在表面灭菌和DNA分离之前需要去除表面上存在短毛（柔毛）。在这里，尽管去除了柔毛，但与之相关的微生物首先被移除，以确保附生植物群落的完整图像。在这种情况下，回收足够的质量良好的DNA用于PCR扩增和16S ...
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