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Author:
Date:
2017-02-20
[Abstract] In the era of quantitative biology, it is increasingly required to quantify confocal microscopy images. If possible, quantification should be performed in an automatic way, in order to avoid bias from the experimenter, to allow the quantification of a large number of samples, and to increase reproducibility between laboratories. In this protocol, we describe procedures for automatic counting of the number of intracellular compartments in Arabidopsis root cells, which can be used for example to study endocytosis or secretory trafficking pathways and to compare membrane organization ...
[摘要] 在定量生物学的时代，越来越需要量化共焦显微镜图像。如果可能，应该以自动的方式进行定量，以避免实验者的偏见，允许大量样品的定量，并提高实验室之间的再现性。在该方案中，我们描述了自动计数拟南芥根细胞中细胞内区室的数量的程序，其可以用于例如研究内吞作用或分泌性运输途径，并比较不同基因型或治疗。在开发拟南芥根时，该方法可用于其他组织，细胞类型和植物物种。
背景 关于植物细胞内运输的研究广泛地从鉴定和表征定位于特定细胞内区室的蛋白质中获益。这些蛋白质可以在随后的研究中作为室标记物使用，当抗体可用时使用免疫荧光，或与荧光蛋白直接融合（Dettmer等人，2006; Geldner等人）。 ，2003; Jaillais等人，2008; Jaillais等人，2006）。通常，它们可以用于共定位实验（Geldner等人，2009; Simon等人，2014），而且也作为表征突变体的参考点，可能影响细胞内运输途径的药物或生长条件，例如胞吐作用，胞吞作用，自噬或分泌性运输。这些标记蛋白的定位可以以不同的方式变化，包括例如它们的数目，大小，形状，聚集或标记强度。例如，在根中，真菌毒素Brefeldin A（BFA）是蛋白质回收，降解和分泌的抑制剂，诱导所谓的“BFA隔室”内或周围的多个隔室的聚集（Geldner等人，2003; ...
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