| Crude Preparation of Lipopolysaccharide from Helicobacter pylori for Silver Staining and Western Blot
|
|
Author:
Date:
2017-10-20
[Abstract] This protocol provides an easy and rapid method to prepare lipopolysaccharide from the gastric pathogen Helicobacter pylori for visualization on acrylamide gels by silver staining and for detecting the presence of Lewis antigens by Western blot. The silver staining is a four-step procedure, involving a 20 min-oxidation step, a 10 min-silver staining step, a 2-10 min color development step and finally a 1-min color termination step. Lipopolysaccharide from H. pylori wild-type and corresponding mutants analyzed by this method are described in a recent publication (Li et al. ...
[摘要] 该方案提供了一种从胃病原幽门螺杆菌制备脂多糖的简便快速方法，用于通过银染显示丙烯酰胺凝胶，并通过Western印迹检测Lewis抗原的存在。 银染是四步法，包括20分钟氧化步骤，10分钟银染色步骤，2-10分钟显色步骤，最后是1分钟颜色终止步骤。 来自H的脂多糖。 在最近的出版物（Li等人，2017）中描述了通过该方法分析的野生型和相应的突变体的幽门螺杆菌。 这种用于银染的LPS的粗制剂也适用于其他革兰氏阴性细菌。
【背景】脂多糖（LPS）是一种大而可变的复合糖脂，其组成了大多数革兰氏阴性细菌外膜的外叶。 它通常由三个结构域组成：称为脂质A（或内毒素）的疏水结构域，其嵌入外膜中; 相对保守的非重复核 - 低聚糖; 和从细胞延伸到外部环境的可变O-抗原。 H的独特功能。 幽门螺杆菌脂多糖O抗原是模拟人Lewis抗原的岩藻糖基化寡糖结构的存在。 从革兰氏阴性细菌大规模提取高纯度的LPS是劳动密集型和耗时的。 在这里，在这个协议中，我们详细地描述了使用来自胃病原幽门螺杆菌的容易和快速的粗制备制剂用于通过银染和Lewis抗原通过蛋白质印迹进行表达。
|
|
|
| Determination of Survival of Wildtype and Mutant Escherichia coli in Soil
|
|
Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] E. coli resides in the gastrointestinal tract of humans and other warm-blooded animals but recent studies have shown that E. coli can persist and grow in various external environments including soil. The general stress response regulator, RpoS, helps E. coli overcome various stresses, however its role in soil survival was unknown. This soil survival assay protocol was developed and used to determine the role of the general stress response regulator, RpoS, in the survival of E. coli in soil. Using this soil survival assay, we demonstrated that RpoS was ...
[摘要] 电子。 大肠杆菌位于人类和其他温血动物的胃肠道中，但最近的研究表明，E。 大肠杆菌可以在包括土壤在内的各种外部环境中持续生长。 一般的压力响应调节器RpoS有助于E。 克隆各种压力，但其在土壤中的作用尚不清楚。 开发了这种土壤生存测定方案，并用于确定一般应激反应调节剂RpoS在E的存活中的作用。 大肠杆菌在土壤中。 使用这种土壤生存测定，我们证明RpoS对于E的生存是重要的。 大肠杆菌在土壤中。 该方案描述了土壤生存测定的发展，特别是E的恢复。 大肠杆菌接种到土壤中，可适应于进一步研究土壤中其他细菌的存活。
【背景】大肠杆菌是属于肠杆菌科的革兰氏阴性兼性厌氧菌，其栖息于人类的肠道，温血动物和爬行动物（Berg，1996; Gordon和Cowling，2003）。可通过粪便通过水和沉淀物进行转运，并用作饮用水和娱乐用水中粪便污染的指标。使用 E。大肠杆菌作为粪便指标至少部分地基于其临时存在于主体胃肠道之外的假设（Ishii和Sadowsky，2008），并且在外部环境中长时间不存活。然而，一些研究已经分离出E。来自各种自然环境的大肠杆菌，例如城市废水，淡水，沙滩水，海滩沙土和土壤（Jiménez等人，1989; Brennan等人， 2010; Chiang等人，2011; Byappanahalli等人，2012; ...
|
|
|
| Thermal Stability of Heterotrimeric pMHC Proteins as Determined by Circular Dichroism Spectroscopy
|
|
Author:
Date:
2017-07-05
[Abstract] T cell receptor (TCR) recognition of foreign peptide fragments, presented by peptide major histocompatibility complex (pMHC), governs T-cell mediated protection against pathogens and cancer. Many factors govern T-cell sensitivity, including the affinity of the TCR-pMHC interaction and the stability of pMHC on the surface of antigen presenting cells. These factors are particularly relevant for the peptide vaccination field, in which more stable pMHC interactions could enable more effective protection against disease. Here, we discuss a method for the determination of pMHC stability that we ...
[摘要] 由肽主要组织相容性复合物（pMHC）提供的外源肽片段的T细胞受体（TCR）识别控制T细胞介导的针对病原体和癌症的保护。 许多因素控制T细胞敏感性，包括TCR-pMHC相互作用的亲和力和pMHC在抗原呈递细胞表面的稳定性。 这些因素对于肽疫苗接种领域尤其重要，其中更稳定的pMHC相互作用可以实现更有效的防止疾病的保护。 在这里，我们讨论一种测定pMHC稳定性的方法，我们已经用来调查HIV免疫逃逸，T细胞对癌症抗原的敏感性和导致自身免疫的机制。
【背景】CD8 + T细胞对外来入侵者或失调自身的反应的能力取决于细胞表面上稳定的pMHC I类（pMHCI）表达。在结构上，MHCI分子在α1和α2结构域之间的界面处形成由两个平行的α螺旋形成的肽结合槽，其具有β片的底部（Latron等人，1992）。肽结合槽具有与结合肽的N-和C-末端紧密相互作用的特异性氨基酸的主要肽结合口袋（B和F）。虽然这些口袋可以适应一系列氨基酸，但它们表现出对使用结构和生物化学方法表征的某些侧链的偏好（Parker等人，1992）。该信息已被用于产生所谓的“异型”肽，其中具有差的MHC锚的天然肽可以用与MHC最佳结合的氨基酸进行修饰（Cole等人，2010 ...
|
|
|