| Identification of Intrinsic RNA Binding Specificity of Purified Proteins by in vitro RNA Immunoprecipitation (vitRIP)
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Author:
Date:
2021-03-05
[Abstract] RNA-protein interactions are often mediated by dedicated canonical RNA binding domains. However, interactions through non-canonical domains with unknown specificity are increasingly observed, raising the question how RNA targets are recognized. Knowledge of the intrinsic RNA binding specificity contributes to the understanding of target selectivity and function of an individual protein.
The presented in vitro RNA immunoprecipitation assay (vitRIP) uncovers intrinsic RNA binding specificities of isolated proteins using the total cellular RNA pool as a library. Total RNA extracted ...
[摘要] [摘要] RNA-蛋白质相互作用通常由专门的规范RNA结合域介导。然而，越来越多地观察到通过具有未知特异性的非经典结构域的相互作用，这提出了如何识别RNA靶标的问题。内在的RNA结合特异性的知识有助于理解单个蛋白质的靶标选择性和功能。
所呈现的体外RNA免疫沉淀测定法（vitRIP ）揭示固有RNA使用总细胞RNA池作为分离的蛋白质的结合特异性一个库。从细胞或组织中提取的总RNA与纯化的重组蛋白孵育，免疫沉淀RNA-蛋白复合物，并通过深度测序或定量RT-PCR鉴定结合的转录物。这些RNA中丰富的RNA类和核苷酸频率决定了重组蛋白的固有特异性。该简单而通用的方案可适用于任何细胞类型或组织的其他RNA结合蛋白和总RNA文库。
图形摘要：
图1.体外RNA免疫沉淀（vitRIP ）方案示意图
[背景]真核细胞包含许多不同的RNA类，具有成千上万的RNA种类以及与之相互作用的高度多样化的蛋白质。根据结合的RNA序列或结构的定义以及相互作用中涉及的蛋白质结构域的不同，RNA-蛋白质相互作用可分为特异性和非特异性（Jankowsky和Harris，2015）。越来越多地观察到通过未知特异性的非经典RNA结合结构域进行的RNA相互作用，这提出了如何识别专用RNA靶标的问题。 ...
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| Purification of Protein-complexes from the Cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 Using FLAG-affinity Chromatography
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Author:
Date:
2020-05-20
[Abstract] Exploring the structure and function of protein complexes requires their isolation in the native state–a task that is made challenging when studying labile and/or low abundant complexes. The difficulties in preparing membrane-protein complexes are especially notorious. The cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 is a widely used model organism for the physiology of oxygenic phototrophs, and the biogenesis of membrane-bound photosynthetic complexes has traditionally been studied using this cyanobacterium. In a typical approach, the protein complexes are purified with a combination ...
[摘要] [摘要] 探索蛋白质复合物的结构和功能需要在天然状态下对其进行分离- 当研究不稳定和/或低丰度复合物时，这项任务变得具有挑战性。制备膜-蛋白质复合物的困难尤其出名。蓝藻集胞藻 PCC 6803是一种用于氧合营养养分生理的广泛使用的模式生物，传统上已经使用这种蓝细菌研究了膜结合的光合复合物的生物发生。在典型方法中，蛋白质复合物是通过His-affinity色谱法和基于大小的分级分离方法结合纯化的 例如梯度超速离心和/或天然电泳。但是，His亲和纯化带有明显的污染物，许多蛋白质的含量太低，无法进行可行的多步纯化。在这里，我们已经开发出一种纯化方法，用于从膜突囊藻的膜和可溶性级分中分离出3x FLAG标签的蛋白。可溶性蛋白或可溶类囊体经过单一亲和纯化步骤，该步骤利用FLAG亲和树脂的高度特异性结合。彻底洗涤后，使用过量的合成3x FLAG肽在自然条件下将捕获的蛋白质从树脂中释放出来。该方案可以快速分离出纯度极高的低丰度蛋白质复合物。
[背景 ] 蓝藻已被用作优选的模型系统以研究光合蛋白复合物的生物合成和功能的几十年。蓝细菌中的光合作用装置与真核系统（藻类和植物）非常相似，但是蓝细菌具有原核模型的所有优点，例如快速生长和小的基因组，可以轻松地进行基因操作以及使用细菌遗传学的标准工具。特别是，集胞藻。PCC ...
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| Purification of FLAG-tagged Secreted Proteins from Mammalian Cells
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] This protocol describes a method for purifying glycosylated FLAG-tagged secreted proteins with disulfide bonds from mammalian cells. The purified products can be used for various applications, such as ligand binding assays.
[摘要] 该方案描述了一种用于从哺乳动物细胞中用二硫键纯化糖基化的FLAG标记的分泌蛋白的方法。 纯化的产物可用于各种应用，例如配体结合测定。
【背景】电子。大肠杆菌是从原核生物和真核生物生产重组蛋白质的首选生物之一。细菌表达系统的主要优点是生产率高，成本低。然而，成熟蛋白质对于功能分析是必需的（例如，配体结合测定）。大多数分泌的真核蛋白通过共价聚糖键和在内质网中形成二硫键进行翻译后修饰。这些共价修饰对于分泌的成熟蛋白的一般稳定性和折叠是必需的。因此，生产哺乳动物分泌蛋白质的最佳方法是使用哺乳动物宿主来确保经过适当的翻译后修饰的重组蛋白的产生。在以下方案中，我们已经描述了从哺乳动物细胞中纯化分泌蛋白质的详细程序。该方案用于生产标记有FLAG标签的蛋白质，但也适用于其他标记（例如，His标签）蛋白质的蛋白质。
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