| Biomechanical Characterization of Onion Epidermal Cell Walls
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Author:
Date:
2017-12-20
[Abstract] Here we describe two experimental protocols to measure the biomechanical properties of primary (growing) plant cell walls, with a focus on analyzing cell wall epidermal strips of onion scales. The first protocol measures cell wall creep (time-dependent irreversible extension) under constant force. Such creep is often mediated by the wall-loosening action of expansin or selective endoglucanases. The second protocol is based on two consecutive stretches of the wall and measures the wall’s elastic and plastic compliances, which depend on cell wall structure. These two assays provide ...
[摘要] 在这里，我们描述了两个实验协议来衡量的主要（成长）植物细胞壁的生物力学性能，重点是分析洋葱鳞片的细胞壁表皮带。 第一个协议测量细胞壁蠕变（时间依赖的不可逆扩展）在恒定的力量下。 这种蠕变通常由膨胀素或选择性内切葡聚糖酶的壁松弛作用介导。 第二种方案是基于两个连续的壁延伸并测量壁的弹性和塑性顺从性，这取决于细胞壁结构。 这两个测定提供了可能与细胞壁结构和细胞膨胀生长相关的补充信息。
【背景】生长的植物细胞的主壁足够强以抵抗由细胞膨压产生的张力，但由于扩展蛋白或其它不可逆细胞壁增大所必需的催化剂的选择性松动作用，细胞生长期间可能不可逆地膨胀（Cosgrove， 2016a和2016b）。细胞壁力学性质（如弹性和可塑性）的评估对于理解细胞壁结构及其在生长（细胞增大）和生长停止后的改变是重要的。墙体力学的一个重要测量方法是基于单轴拉伸试验，如我们在测量弹性和塑性柔量（柔量是模量的倒数;模量是刚度的度量）的应力/应变试验中所述。另一种互补测定法是基于不可逆的，随时间增长的长度（蠕变），其在原始细胞壁中发生，当它们保持恒定的张力并且被内源性膨胀素或外源内切葡聚糖酶持续松弛时（Durachko和Cosgrove，2009; Cosgrove ，2011; ...
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| Mapping RNA Sequences that Contact Viral Capsid Proteins in Virions
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] We have adapted the methodology of CLIP-seq (Crosslinking-Immunoprecipitation and DNA Sequencing) to map the segments of encapsidated RNAs that contact the protein shells of virions. Results from the protocol report on the RNA sequences that contact the viral capsid.
[摘要] 我们已经调整了CLIP-seq（交联 - 免疫沉淀和DNA测序）的方法来绘制与病毒粒子的蛋白质壳接触的壳化RNA片段。 关于接触病毒衣壳的RNA序列的方案报告的结果。
【背景】正义RNA病毒包括所有生命形式的病原体。具有二十面体形状的病毒具有病毒外壳蛋白在RNA基因组周围形成保护壳（Stockley等人，2013）。在噬菌体MS2和植物感染的Brome花叶病毒（BMV）中，外壳蛋白优先接触特异性RNA序列（Ni等人，2013; Hoover等人。 ，2016; Rolfsson等人，2016）。这些接触可以调节感染期间RNA释放的时间，病毒基因表达和病毒RNA复制（Hoover等人，2016）。鉴定衣壳RNA相互作用可以提供对病毒感染的规定的见解，并提供抑制病毒感染的手段。考虑到这一点，我们已经开发了一种方法，使用UV交联，RNA断裂，外壳蛋白的选择性沉淀和由RNA片段制备的cDNA的下一代测序来鉴定纯化的病毒体中的衣壳RNA接触。以下协议是针对BMV病毒粒子开发的。
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| Acetyl Bromide Soluble Lignin (ABSL) Assay for Total Lignin Quantification from Plant Biomass
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Lignin is the second most abundant biopolymer on Earth, providing plants with mechanical support in secondary cell walls and defense against abiotic and biotic stresses. However, lignin also acts as a barrier to biomass saccharification for biofuel generation (Carroll and Somerville, 2009; Zhao and Dixon, 2011; Wang et al., 2013). For these reasons, studying the properties of lignin is of great interest to researchers in agriculture and bioenergy fields. This protocol describes the acetyl bromide method of total lignin extraction and quantification, which is favored among other ...
[摘要] 木质素是地球上第二大丰富的生物聚合物，为植物在二次细胞壁提供机械支持，防止非生物和生物胁迫。然而，木质素还可以作为生物燃料生成的糖化的障碍（Carroll和Somerville，2009; Zhao和Dixon，2011; Wang等人，2013）。由于这些原因，研究木质素的性质对于农业和生物能源领域的研究人员非常感兴趣。该方案描述了总木素提取和定量的乙酰溴方法，其对于其不同组织类型的高回收率，一致性和不敏感性的其它方法是有利的（Johnson等人，1961; Chang < em等人，2008;="" moreira-vilar等人，2014;="">
背景 用于从植物生物量定量木质素的乙酰溴方法已被用于精确测量几十年的总木质素含量（Johnson等，1961）。最近，与替代的巯基乙酸和Klason木质素方法（Moreira-Vilar等人，2014））相比，该方法获得了木质素定量的最佳方法的支持。这三种方法的比较经验证明，乙酰溴方法一直导致木质素回收率最高，对组织类型，木质化程度和木质素组成不敏感（Moreira-Vilar等人）。 ...
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