| Dense sgRNA Library Construction Using a Molecular Chipper Approach
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] Genetic screens using single-guide-RNA (sgRNA) libraries and CRISPR technology have been powerful to identify genetic regulators for both coding and noncoding regions of the genome. Interrogating functional elements in noncoding regions requires sgRNA libraries that are densely covering, and ideally inexpensive, easy to implement and flexible for customization. We present a Molecular Chipper protocol for generating dense sgRNA libraries from genomic regions of interest. This approach utilizes a combination of random fragmentation and a Type III restriction enzyme to derive a dense coverage of ...
[摘要] 使用单导向RNA（sgRNA）文库和CRISPR技术的遗传筛选功能强大可以识别基因组编码区和非编码区的遗传调控因子。 在非编码区域中询问功能元件需要密集覆盖的sgRNA文库，理想的便宜，易于实现和灵活定制。 我们提出了一个分子切片方案从感兴趣的基因组区域产生密集的sgRNA文库。 该方法利用随机断裂和III型限制酶的组合从输入DNA导出sgRNA文库的致密覆盖。
【背景】使用化脓性链球菌（sp）的基因组编辑Cas9和sgRNA文库是通过产生双重缺失功能序列改变来筛选哺乳动物细胞功能性遗传调节因子的有力工具（Wiedenheft et al。，2012; Mali et al。，2013; Koike-Yusa等，2014; Shalem等，2014; Wang等，2014; Zhou等，2014）。 Cas9结合sgRNA，其可被设计为将Cas9靶向基因组中定义的基因座。 Cas9的核酸酶活性切割靶DNA位点，导致双链DNA断裂，在通过非同源末端连接途径进行DNA修复时，经常导致感兴趣的基因座短缺失。
CRISPR-Cas9系统强大的基因组编辑能力导致使用sgRNA文库来询问蛋白质编码基因以及非编码区域。通过sgRNA富集功能筛选，报告了几种用于蛋白质编码基因和/或有限数量的非编码基因的sgRNA文库，以鉴定调控特定细胞功能的基因和网络（Koike-Yusa等，2014; ...
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| Assaying the Effects of Splice Site Variants by Exon Trapping in a Mammalian Cell Line
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] There are several in silico programs that endeavor to predict the functional impact of an individual’s sequence variation at splice donor/acceptor sites, but experimental confirmation is problematic without a source of RNA from the individual that carries the variant. With the aid of an exon trapping vector, such as pSPL3, an investigator can test whether a splice site sequence change leads to altered RNA splicing, through expression of reference and variant mini-genes in mammalian cells and analysis of the resultant RNA products.
[摘要] 有几个计算机程序尝试预测个体在剪接供体/受体位点的序列变异的功能影响，但实验确认是有问题的，没有携带变体的个体的RNA来源。借助于外显子捕获载体，例如pSPL3，研究人员可以通过在哺乳动物细胞中表达参考和变体小基因来测试剪接位点序列变化是否导致改变的RNA剪接，并分析所得RNA产物。
背景 我们希望通过实验测试在TEK基因中鉴定的两个剪接供体位点变体c.760 + 2T> C和c.3300 + 2delT的功能影响（Souma等人，2016）。通常情况下，携带这些序列变体的个体不能获得细胞或mRNA的样品，因此我们利用外显子捕获方法作为功能测试。来自患者的DNA样品可用于感兴趣的基因组区域的PCR扩增。如果患者gDNA样品不可用，也可以通过诸如基于PCR的定点诱变等方法将序列变体并入野生型序列。
＆NBSP;外显子捕获方法最初是为了鉴定长期基因组DNA中的未知外显子而开发的（Duyk等人，1990）。创建了pSPL3外显子捕获载体以提高外显子鉴定的效率和可靠性，并且还允许筛选更大的基因组片段（Church et al。，1994; Nisson等，1994）。 pSPL3载体含有由SV40启动子组成的小型人造基因，具有功能性剪接供体和受体位点的外显子 - 内含子 - ...
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| Isolation, Culturing, and Differentiation of Primary Myoblasts from Skeletal Muscle of Adult Mice
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Myogenesis is a multi-step process that leads to the formation of skeletal muscle during embryonic development and repair of injured myofibers. In this process, myoblasts are the main effector cell type which fuse with each other or to injured myofibers leading to the formation of new myofibers or regeneration of skeletal muscle in adults. Many steps of myogenesis can be recapitulated through in vitro differentiation of myoblasts into myotubes. Most laboratories use immortalized myogenic cells lines that also differentiate into myotubes. Although these cell lines have been found ...
[摘要] 造血是一种多步骤过程，导致在损伤的肌纤维的胚胎发育和修复期间骨骼肌的形成。在这个过程中，成肌细胞是主要的效应细胞类型，彼此融合或损伤肌纤维，导致新成肌纤维的形成或成年人骨骼肌的再生。通过体外成骨细胞分化成肌管可以概括出许多发生肌肉发育的步骤。大多数实验室使用也分化成肌管的永生化肌原细胞系。虽然已经发现这些细胞系对于描绘造血的调节机制非常有用，但是它们通常依赖于细胞的来源和培养条件而显示出很大的变异性。原代成肌细胞被认为是体外研究肌生成的最生理学相关模型。然而，由于成体骨骼肌的丰度低，原代成肌细胞的分离在技术上是有挑战性的。在本文中，我们描述了一种用于从小鼠的成年骨骼肌分离原代成肌细胞的改进方案。我们还描述了其培养和分化成肌管的方法。
背景 造血是一个复杂而高度协调的过程，其涉及多潜能中胚层细胞的测定，以产生成肌细胞，成肌细胞从细胞周期中排出，以及它们最终分化为骨骼肌纤维。 Myogen-5，MyoD，myogenin和MRF4的基因螺旋 - 环 - 螺旋转录因子的一组基因调控因子（MRFs）的顺序表达调控。 Myf-5和MyoD是成肌细胞形成，增殖和存活所需的主要MRFs，而其他MRF（如肌细胞生成素和MRF-4）在肌发生过程中起作用迟发，激活收缩蛋白和其他结构和代谢蛋白的基因表达（白金汉，2003; ...
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