| Quantitative ChIP-seq by Adding Spike-in from Another Species
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Author:
Date:
2018-08-20
[Abstract] Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-seq) is a routine procedure in the lab; however, epigenome-wide quantitative comparison among independent ChIP-seq experiments remains a challenge. Here, we contribute an experimental protocol combined with a computational workflow allowing quantitative and comparative assessment of epigenome using animal tissues.
[摘要] 染色质免疫沉淀，然后测序（ChIP-seq）是实验室中的常规程序; 然而，独立ChIP-seq实验之间的表观基因组范围的定量比较仍然是一个挑战。 在这里，我们提供了一个实验方案，结合计算工作流程，允许使用动物组织定量和比较评估表观基因组。
【背景】 修饰组蛋白的染色质和表观遗传复合物调节DNA对转录机制的可及性，从而允许直接控制基因表达。为了表征组蛋白修饰的表观基因组特征，染色质免疫沉淀然后测序（ChIP-seq）已成为一种广泛使用的方法。然而，传统的ChIP-seq方案本质上不是定量的，因此禁止直接比较源自不同细胞类型的样品或经历过不同遗传或化学扰动的细胞。尽管已经提出了几种 in silico 归一化方法来克服这个缺点，但仍然缺乏基于实验的策略。 2014年，奥兰多等人（2014）开发了一种名为ChIP的方法，该方法使用参考外源基因组（ChIP-Rx），该方法利用恒定量的参考或''spike-in''表观基因组基于细胞的表观基因组比较。在当前的协议中，我们通过使用映射的尖峰参考表观基因组的百分比来改进该方法。我们已成功应用此协议直接比较来自动物组织的两个或更多ChIP-seq数据集。
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| Next-generation Sequencing of the DNA Virome from Fecal Samples
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Author:
Date:
2017-03-05
[Abstract] Herein we describe a detailed protocol for DNA virome analysis of low input human stool samples (Monaco et al., 2016). This protocol is divided into four main steps: 1) stool samples are pulverized to evenly distribute microbial matter; 2) stool is enriched for virus-like particles and DNA is extracted by phenol-chloroform; 3) purified DNA is multiple-strand displacement amplified (MDA) and fragmented; and 4) libraries are constructed and sequenced using Illumina Miseq. Subsequent sequence analysis for viral sequence identification should be sensitive but stringent.
[摘要] 在这里，我们描述了低输入人粪便样品的DNA病毒分析的详细方案（摩纳哥等人，2016）。该方案分为四个主要步骤：1）粪便样品粉碎均匀分布微生物; 2）粪便富集病毒样颗粒，DNA由苯酚 - 氯仿提取; 3）纯化的DNA是多链置换扩增（MDA）并分裂的;和4）使用Illumina Miseq构建和排序库。病毒序列鉴定的后续序列分析应该是敏感但严格的。
背景 真菌病毒，噬菌体和内源性逆转录病毒的动态社区是维生素组织，代表人类微生物组织的最低限度特征（维珍，2014年）。事实上，估计只有1％的病毒已被排序和注释（Mokili等人，2012）。下一代测序（NGS）可以检测整个病毒，包括不可培养的病毒。粪便是易于获得的用于研究病原体的样本类型，并且粪便病毒的改变已经与许多疾病状态相关联（Handley等人，2012; Norman等人，2015;摩纳哥等人，2016）。粪便病毒主要由噬菌体组成，通过细菌功能和群体的改变影响胃肠道（Duerkop和Hooper，2013; Reyes等人，2013; ...
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