| High Dimensional Functionomic Analysis of Human Hematopoietic Stem and Progenitor Cells at a Single Cell Level
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] The ability to conduct investigation of cellular transcription, signaling, and function at the single-cell level has opened opportunities to examine heterogeneous populations at unprecedented resolutions. Although methods have been developed to evaluate high-dimensional transcriptomic and proteomic data (relating to cellular mRNA and protein), there has not been a method to evaluate corresponding high-dimensional functionomic data (relating to cellular functions) from single cells. Here, we present a protocol to quantitatively measure the differentiation potentials of single human ...
[摘要] 在单细胞水平进行细胞转录，信号传导和功能调查的能力为以前所未有的决议研究异质人群开启了机会。 尽管已经开发了评估高维转录组学和蛋白质组学数据（与细胞mRNA和蛋白质有关）的方法，但尚未有方法从单个细胞评估相应的高维功能组学数据（与细胞功能有关）。 在这里，我们提出了一种方案来定量测量单个人造血干细胞和祖细胞的分化潜能，然后根据这些测量结果聚集细胞。 细胞电位的高维功能组分析允许细胞功能与相同祖细胞群体内的分子机制相关联。
【背景】单细胞水平的细胞转录，信号传导和功能单细胞测量技术的发展，以及流式细胞仪等先前存在的技术的发展，使得新镜头能够检测复杂的异质群体。这些方法产生大量数据，这可以借助于降维算法来解释，如使用Mpath，Monocole，PCA，Wishbone或扩散图算法在单细胞RNA-Seq上所示的（Paul等， 2016年;参见 et al。，2017），以及使用tSNE或PhenoGraph的CyTOF（Amir et al。，2013; Levine et al 。，2015）。
我们开发了这个协议，以允许在单细胞环境中对造血祖细胞的大规模培养物进行功能分析和随后的降维。在这个协议中，我们描述了在细胞因子的基质细胞培养物中培养人CD34 ...
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| Isolation and Analysis of Stromal Cell Populations from Mouse Lymph Nodes
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Author:
Date:
2017-08-20
[Abstract] Our protocol describes a simple procedure for isolating stromal cells from lymph nodes (LN). LN are disrupted then enzymatically digested with collagenase and dispase to produce a single cell suspension that can be stained with fluorescently labelled antibodies and analysed by flow cytometry. This protocol will enable identification of fibroblastic reticular cells (FRC), lymphatic endothelial cells (LEC), blood endothelial cells (BEC) as PNAd+ BEC that form LN high endothelial venules (HEV). This method can be applied to examine LN stromal cell responses during inflammatory events ...
[摘要] 我们的方案描述了从淋巴结（LN）分离基质细胞的简单过程。 LN被破坏，然后用胶原酶和分散酶酶消化以产生可以用荧光标记的抗体染色的单细胞悬浮液并通过流式细胞术分析。 该方案能够识别形成LN高内皮小静脉（HEV）的PNAd + BEC的成纤维细胞网状细胞（FRC），淋巴内皮细胞（LEC），血液内皮细胞（BEC）。 该方法可以用于检测由感染或免疫佐剂诱导的炎症事件期间的LN基质细胞反应，并且在LN中发现大多数白细胞。
【背景】淋巴结（LN）由间充质和内皮基质细胞的复杂网络构成。这些包括成纤维细胞网状细胞（FRCs），淋巴内皮细胞（LECs）和血液内皮细胞（BECs）。这些基质细胞组织了LN的复杂微结构，使得能够支持免疫细胞迁移，体内平衡，耐受性和细胞相互作用，以引发对病原体和肿瘤的免疫应答。我们已经表明，LN基质细胞可以响应于炎症信号而增殖和扩张，并且将免疫细胞募集到伴随感染的LN中（Gregory等，2017）。这些基质细胞也可以显着调节其转录程序以应对感染，从而支持持续的免疫应答。该方案使稳定状态和疾病期间LN的基质细胞亚群可靠地分离。这使得LN基质细胞的表型，功能，遗传或表观遗传学研究揭示了它们如何有助于组织体内平衡和免疫应答。
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| Mouse CD8+ T Cell Migration in vitro and CXCR3 Internalization Assays
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Chemokines are molecules that regulate the positioning of cells during homeostasis and inflammation. CXCL10 is an interferon-induced chemokine that attracts cells that express the chemokine receptor CXCR3 on their surface. CXCL10 expression is often induced upon inflammation and guides lymphocytes, such as T and NK cells, into the injured tissues. Notably, CXCL10 binding to CXCR3 induces receptor internalization and, therefore, low CXCR3 levels in cells positive for CXCR3 expression can be indicative of chemokine signaling.
Here, we describe an in vitro method to evaluate ...
[摘要] 趋化因子是调节体内平衡和炎症期间细胞定位的分子。 CXCL10是干扰素诱导的趋化因子，其吸引在其表面上表达趋化因子受体CXCR3的细胞。 CXCL10表达通常在炎症诱导并引导淋巴细胞如T和NK细胞进入受损组织。值得注意的是，CXCL10与CXCR3结合诱导受体内化，因此CXCR3表达阳性细胞中的CXCR3水平降低可能是趋化因子信号传导的指示。
＆nbsp;这里，我们描述体外方法来评估鼠CD8 + T细胞向重组鼠CXCL10迁移的能力;以及暴露于不同剂量的趋化因子后在T细胞表面测量CXCR3表达水平的流式细胞术测定。
背景 趋化因子介导的T细胞运输是稳态和炎症期间的重要过程。活化的CD8 + T细胞表达趋化因子受体，例如CXCR3，允许它们向趋化因子CXCL9,10和11迁移，通常在损伤组织上上调。调节T细胞迁移的分子线索的评估对于了解其功能背后的生物学非常重要，但是在体内运行的复杂机制有时难以去卷积。在这里，我们提供有关体外方法的详细信息，以评估CD8 + T细胞上的趋化因子功能，重点是CXCL10介导的化学吸引和CXCR3内化。我们使用可以容易地在体外扩增和活化的抗原特异性转基因CD8 +细胞，因此提供足够数量的表型相同的淋巴细胞（例如， ...
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