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公司名称: Bollé Solutions Numériques

产品编号: 080-150

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Published online: 2021-03-05

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In silico Analysis and Site-directed Mutagenesis of Promoters

Author:

Salah Boudjadi and Jean-Francois Beaulieu,

Date:

2017-03-20

[Abstract] In normal as in cancerous cells, gene expression is tightly regulated by transcription factors, which are responsible for up- or down-regulation of thousands of targets involved in different cell processes. Transcription factors can directly regulate the expression of genes by binding to specific DNA sequences known as response elements. Identification of these response elements is important to characterize targets of transcription factors in order to understand their contribution to gene regulation. Here, we describe In silico analysis coupled to selected mutagenesis and promoter ... [摘要] 正常情况下，在癌细胞中，基因表达受转录因子的严格调节，转录因子负责上调或下调参与不同细胞过程的成千上万个靶标。转录因子可以通过结合被称为反应元件的特定DNA序列直接调节基因的表达。识别这些响应元件对于表征转录因子的目标是重要的，以便了解它们对基因调控的作用。在这里，我们描述了与选定的诱变和启动子基因报告物测定程序相结合的电子分析，以鉴定和分析基因的近端启动子序列中的应答元件。

背景转录因子对全球基因表达的影响可以通过其使用shRNA或CRISPR-Cas9方法的敲低来进行研究，然后进行微阵列分析，可以提供数百个失调基因的重要数据。这种分析虽然非常有用，但缺乏关于失调基因直接控制的信息。为了进一步研究这些基因，使用生物信息学的电子分析分析提供了额外的信息来鉴定研究的转录因子的直接靶标。另外，可以使用定点突变和启动子 - 基因 - 报道分析来分析这些响应元件的功能。我们最近已经表明，致癌转录因子MYC（细胞性骨髓细胞瘤癌基因）控制结肠直肠癌中ITGA1（整联蛋白α1亚基）基因的表达，并且它们的表达在72％的结肠直肠肿瘤中相关。该协议描述了用于分析ITGA1启动子的程序和用于MYC致癌基因的响应元件的鉴定。后者已知是MYC / MAX / MAD网络的成员。这些因素之间的相互作用导致基因激活或抑制，这取决于上游信号和细胞条件。

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