| In planta Transcriptome Analysis of Pseudomonas syringae
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Profiling bacterial transcriptome in planta is challenging due to the low abundance of bacterial RNA in infected plant tissues. Here, we describe a protocol to profile transcriptome of a foliar bacterial pathogen, Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000, in the leaves of Arabidopsis thaliana at an early stage of infection using RNA sequencing (RNA-Seq). Bacterial cells are first physically isolated from infected leaves, followed by RNA extraction, plant rRNA depletion, cDNA library synthesis, and RNA-Seq. This protocol is likely applicable not only to the A. ...
[摘要] 由于受感染植物组织中细菌RNA的丰度低，因此在植物中分析细菌转录组具有挑战性。 在这里，我们描述了一个描述叶子细菌病原体转录组的协议， Pseudomonas syringae pv。 番茄 DC3000，在感染早期的拟南芥叶中使用RNA测序（RNA-Seq）。 首先从感染的叶子中物理分离细菌细胞，然后进行RNA提取，植物rRNA消耗，cDNA文库合成和RNA-Seq。 该协议不仅适用于 A.拟南芥-P。 syringae 病理系统，但也适用于不同的植物 - 细菌组合。
【背景】植物已经进化出先天免疫系统以抵御病原体攻击。在过去的几十年中，已经深入研究了病原体识别和免疫信号传导途径的分子机制。然而，植物免疫如何影响病原体代谢以抑制病原体生长几乎不被理解，因为在植物中分析病原体反应很困难。在细菌病原体的情况下，植物叶内的转录组分析很难研究，因为细菌mRNA的量远低于植物的数量;由于植物中细菌的人口密度低，在感染的早期阶段尤其具有挑战性。为克服这一局限性，我们建立了一种从感染的植物叶片中分离细菌并用RNA-Seq分析细菌转录组的方法。该方法已成功用于分析模型细菌病原体 Pseudomonas syringae pv的转录组。 番茄 DC3000在模式植物 Arabidopsis thaliana 中的各种条件下（Nobori et al。，2018）. ...
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| Adhesion of Enteroaggregative E. coli Strains to HEK293 Cells
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) is a recognized cause of acute diarrhea among both children and adults worldwide. EAEC strains are characterized by the presence of aggregative adherence fimbriae (AAF), which play a key role in pathogenesis by mediating attachment to the intestinal mucosa and by triggering host inflammatory responses. The aggregative adherence fimbria II (AAF/II) is the most important adherence factor of EAEC prototype strain 042 (EAEC042) to intestinal cells. Multiple receptors for AAF/II on epithelial cells have been identified including the transmembrane ...
[摘要] 肠道集聚性大肠杆菌（EAEC）是全球儿童和成人急性腹泻的公认原因。 EAEC菌株的特征在于存在聚集粘附菌毛（AAF），其通过介导与肠粘膜的附着和通过引发宿主炎症反应而在发病机制中起关键作用。 聚合粘附菌毛II（AAF / II）是EAEC原型菌株042（EAEC042）对肠细胞最重要的粘附因子。 已经鉴定了上皮细胞上AAF / II的多种受体，包括跨膜信号传导粘蛋白Muc1。 该协议描述了测量EAEC菌株对表达Muc1糖蛋白的HEK293细胞的依从性的方法。
【背景】EAEC是世界范围内地方性和流行性腹泻病的重要原因。尽管发展中国家儿童腹泻最常见，但EAEC还与免疫受损成人腹泻，旅行者和工业化国家的食源性疾病有关，例如由志贺毒素（Stx）2a型产生的大致致命爆发2011年在北欧的血清型O104：H4的EAEC菌株（Harrington等人，2006; Rasko等人，2011）。 EAEC发病机制由生物体粘附肠细胞，产生肠毒素和细胞毒素并最终诱导炎症的能力决定（Harrington等，2006）。 EAEC对肠细胞的依从性由AAF菌毛粘附素介导（Czeczulin等人，1997）。迄今为止，已经描述了至少5种AAF菌毛的变体，全部编码在范围为55至65MDa的毒力质粒中（Jonsson等人，2015）。 ...
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| Mouse CD8+ T Cell Migration in vitro and CXCR3 Internalization Assays
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Chemokines are molecules that regulate the positioning of cells during homeostasis and inflammation. CXCL10 is an interferon-induced chemokine that attracts cells that express the chemokine receptor CXCR3 on their surface. CXCL10 expression is often induced upon inflammation and guides lymphocytes, such as T and NK cells, into the injured tissues. Notably, CXCL10 binding to CXCR3 induces receptor internalization and, therefore, low CXCR3 levels in cells positive for CXCR3 expression can be indicative of chemokine signaling.
Here, we describe an in vitro method to evaluate ...
[摘要] 趋化因子是调节体内平衡和炎症期间细胞定位的分子。 CXCL10是干扰素诱导的趋化因子，其吸引在其表面上表达趋化因子受体CXCR3的细胞。 CXCL10表达通常在炎症诱导并引导淋巴细胞如T和NK细胞进入受损组织。值得注意的是，CXCL10与CXCR3结合诱导受体内化，因此CXCR3表达阳性细胞中的CXCR3水平降低可能是趋化因子信号传导的指示。
＆nbsp;这里，我们描述体外方法来评估鼠CD8 + T细胞向重组鼠CXCL10迁移的能力;以及暴露于不同剂量的趋化因子后在T细胞表面测量CXCR3表达水平的流式细胞术测定。
背景 趋化因子介导的T细胞运输是稳态和炎症期间的重要过程。活化的CD8 + T细胞表达趋化因子受体，例如CXCR3，允许它们向趋化因子CXCL9,10和11迁移，通常在损伤组织上上调。调节T细胞迁移的分子线索的评估对于了解其功能背后的生物学非常重要，但是在体内运行的复杂机制有时难以去卷积。在这里，我们提供有关体外方法的详细信息，以评估CD8 + T细胞上的趋化因子功能，重点是CXCL10介导的化学吸引和CXCR3内化。我们使用可以容易地在体外扩增和活化的抗原特异性转基因CD8 +细胞，因此提供足够数量的表型相同的淋巴细胞（例如， ...
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