| A Novel Method to Construct Binary CRISPR Vectors for Plant Transformation by Single Round of PCR Amplification
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Author:
Date:
2021-04-05
[Abstract] CRISPR/Cas9 is an established and flexible tool for genome editing. However, most methods used to generate expression clones for the CRISPR/Cas9 are time-consuming. Hence, we have developed a one-step protocol to introduce sgRNA expression cassette(s) directly into binary vectors (Liu et al., 2020). In this approach, we have optimized the multiplex PCR to produce an overlapping PCR product in a single reaction to generate the sgRNA expression cassette. We also amplified two sgRNA expression cassettes through a single round of PCR. Then, the sgRNA expression cassette(s) is cloned into the ...
[摘要] [摘要] CRISPR / Cas9是一种成熟且灵活的基因组编辑工具。但是，大多数用于生成CRISPR / Cas9表达克隆的方法都很耗时。因此，我们开发了一种将sgRNA表达盒直接引入二元载体的一步协议（Liu等人，2020年）。在这种方法中，我们优化了多重PCR，以在单个反应中产生重叠的PCR产物，从而生成sgRNA表达盒。我们还通过单轮PCR扩增了两个sgRNA表达盒。然后，在Gateway LR或Golden gate反应中将sgRNA表达盒克隆到二元载体中。本文报道的系统为构建用于CRISPR / Cas9介导的基因组编辑的表达克隆提供了更有效，更简单的程序。在此协议中，我们描述了使用此系统的详细分步说明。
[背景]乙acteria保卫针对病毒通过蛋白系统，由群集规则间隔开的短回文重复序列（CRISPR）中，CRISPR相关（CAS）蛋白质，CRISPR的RNA（crRNAs）和反式编码crRNA（tracrRNA）。现在，研究人员已经将其系统开发为用于靶向基因组编辑的关键工具。CRISPR –二元载体表达两个元素–具有靶序列的sgRNA（target-sgRNA）和Cas9蛋白–切割靶基因组区域。冯等人。（2013年）已经构建了网关载体，通过农杆菌介导的转化在植物中共表达Cas9和sgRNA ...
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| Ectopic Gene Expression in Macrophages Using in vitro Transcribed mRNA
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Author:
Date:
2018-05-20
[Abstract] Macrophages are immune cells that contribute to host defense through various mechanisms including phagocytosis and antigen presentation. Their antimicrobial capacity is subverted by clinically important intracellular pathogens such as Mycobacterium tuberculosis. The study of host-pathogen interactions using these cells is therefore of considerable interest. Such studies often seek to express tagged proteins to characterize their activities, localizations, and protein-protein interactions. Here, we describe a robust method for transient protein expression in macrophages using mRNA ...
[摘要] 巨噬细胞是通过包括吞噬作用和抗原呈递在内的多种机制促成宿主防御的免疫细胞。 它们的抗菌能力被临床上重要的细胞内病原体诸如结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）所破坏。 因此使用这些细胞进行宿主 - 病原体相互作用的研究具有相当大的意义。 这样的研究通常试图表达标记的蛋白质来表征它们的活性，定位和蛋白质 - 蛋白质相互作用。 在这里，我们描述了使用mRNA脂质复合物转染在巨噬细胞中瞬时蛋白质表达的稳健方法。
【背景】典型的实现蛋白质表达的方法，包括使用阳离子聚合物转染DNA，核转染和病毒转导（Zhang等人，2009）在巨噬细胞中特别困难，因为这些细胞具有对 各种危险信号如胞质DNA。 因此，用于外源基因递送的常规方法导致差的转染效率和细胞死亡。 我们推论，正如最近的报道（Van De Parre等人，2004; McLenachan等人，2004）所述，转染mRNA而不是DNA，将是实现巨噬细胞中蛋白质表达的更好的替代方案 。，2013）。 我们能够实现高转染效率而不损失巨噬细胞活力（Koster等人，2017）。 我们的方法不需要昂贵的设备，可以适应表达外源性和内源性蛋白质。
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| Rolling Circle Amplification to Screen Yam Germplasm for Badnavirus Infections and to Amplify and Characterise Novel Badnavirus Genomes
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Since the first discovery of badnaviruses (family Caulimoviridae, genus Badnavirus) in yam (Dioscorea spp.) germplasm in the 1970s (Harrison and Roberts, 1973), several hundred partial badnavirus reverse transcriptase (RT)-ribonuclease H (RNaseH) sequences have been characterised (Kenyon et al., 2008; Bousalem et al., 2009), but only a few complete Dioscorea bacilliform virus (DBV) genome sequences have been reported (Phillips et al., 1999; Seal and Muller, 2007; Bömer et al., 2016 and 2017; Sukal et al., 2017; ...
[摘要] 自二十世纪七十年代山药（Dioscorea spp。）种质中首次发现坏病毒属（家庭花椰菜科，属于病毒属）之后（Harrison和Roberts， 1973），已经表征了数百个部分坏死病毒逆转录酶（RT） - 核糖核酸酶H（RNaseH）序列（Kenyon等人，2008; Bousalem等人，2009年），但仅有少数几种完整的Dioscorea杆状病毒（DBV）基因组序列已被报道（Phillips等，1999; Seal和Muller，2007;Bömer等， 2016和2017; Sukal等人，2017; Umber等人，2017）。我们优化了总核酸提取和滚环扩增（RCA）结合限制性酶分析的工作流程，以检测和扩增山药种质中存在的DBV。我们已经使用这种方法成功地揭示了三种新型附加体阴性坏死病毒（Bömer等人，2016年）。我们提出这是变性梯度凝胶电泳的补充方法，其能够快速指示坏死病毒多样性以及在宿主基因组中鉴定潜在整合的坏死病毒序列（Turaki等人，2017年） ）。在这里，我们描述了一步一步的方案来筛选山药种质的坏死病毒感染使用RCA作为一个有效的研究工具，在扩增和表征的新型坏死病毒基因组。
【背景】RCA是经常用于扩增环状DNA病毒基因组的序列无关的策略（Rector等人，2004）。 Phi29聚合酶介导的RCA技术用于（i）检测新型病毒; ...
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