| Heparan Sulfate Identification and Characterisation: Method II. Enzymatic Depolymerisation and SAX-HPLC Analysis to Determine Disaccharide Composition
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] Heparan sulfate (HS) is purified from complex matrices and often not fully characterised to validate its assignment. The characterisation of heparins and heparan sulfates through enzymatic depolymerisation and subsequent strong anion-exchange high performance liquid chromatography (SAX-HPLC) analysis and quantitation of the resulting disaccharides is a critical tool for assessing the structural composition of this class of compound. This protocol details a methodology to reproducibly determine the disaccharide composition of heparan sulfate by enzymatic depolymerisation and SAX-HPLC analysis. ...
[摘要] 从复杂基质中纯化硫酸肝素（HS），并且通常没有完全表征以验证其分配。 通过酶促解聚和随后的强阴离子交换高效液相色谱（SAX-HPLC）分析和定量所得二糖来描述肝素和硫酸乙酰肝素是评估该类化合物的结构组成的关键工具。 该方案详述了通过酶促解聚和SAX-HPLC分析可重复地确定硫酸乙酰肝素的二糖组成的方法。 Carnachan和Hinkley（2017）可以找到一种用于硫酸乙酰肝素鉴定和表征的补充方法。
肝素和HS的结构分析存在一些方法。 该方案旨在为肝素和HS的酶解解提供优化的方法，并分析和定量其中产生的二糖。 非常少的公开分析考虑了总组合物的所有方面，包括解聚程度与获得的二糖组合的结合（Skidmore等人，2006和2010; Carnachan等人。，2016）。 当样品随后用于总是剂量依赖性的生物测定中时，这尤其令人担忧。 本文描述的酶程序是研究调查最佳酶活性和HS解聚所需条件的详细研究的最终结果（Carnachan等人，2016）。 该程序旨在提供适用于没有经验的糖胺聚糖（GAG）分析的实验室的逐步方案。
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| Purification of N-coronafacoyl Phytotoxins from Streptomyces scabies
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] This procedure is used for large-scale purification of N-coronafacoyl phytotoxins that are produced by the potato common scab pathogen Streptomyces scabies. The procedure employs organic extraction of S. scabies culture supernatants under alternating basic and acidic conditions in order to preferentially isolate the phytotoxin - containing carboxylic acid fraction of the supernatant. Preparative thin layer chromatography and semi-preparative reverse phase - high performance liquid chromatography are then used to further purify the individual N-coronafacoyl ...
[摘要] 该方法用于大规模纯化由马铃薯常见的痂病原体耻骨链球菌sc疮产生的N， - 海胆酰基植物毒素。 该方法采用有机萃取方法。 在交替的碱性和酸性条件下培养上清液以优先分离含有上清液的含有毒素的羧酸部分。 然后使用制备型薄层色谱法和半制备型反相 - 高效液相色谱法进一步纯化所需的单独的N， - 焦油酰甲酰植物毒素。
马铃薯普通痂病是由革兰氏阳性，丝状，链霉菌属的土壤细菌引起的经济上重要的作物病。第一个描述和最好的特征是痂病引起链霉菌属（Streptomyces spp。）是具有全球分布（Bignell等人，2010）的Streptomyces scabies （syn。 S。scabiei 。目前常见的痂病治理方法包括作物轮作，灌溉和土壤熏蒸;然而，这些策略经常失败，产生不一致的结果或者环境不友好（Dees和Wanner，2012）。为了开发更好的疾病控制策略，我们必须首先了解 S使用的分子机制。 sc疮感染植物并诱发疾病症状。研究表明，S的能力。引起疾病的sc疮是由于在感染过程中产生不同作用的毒力因子。在由s生产的已知或潜在的毒力因子中。 sc疮是植物毒素的家族，被称为具有类似于植物激素茉莉酸的可能起到抑制作用的 N - 角鲨烯酰植物毒素（也称为COR-样代谢产物）病原体感染期间的植物免疫应答（Bignell等人，2010; ...
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| Extraction, Purification and Quantification of Diffusible Signal Factor Family Quorum-sensing Signal Molecules in Xanthomonas oryzae pv. oryzae
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Author:
Date:
2017-03-20
[Abstract] Bacteria use quorum-sensing (QS) systems to monitor and regulate their population density. Bacterial QS involves small molecules that act as signals for bacterial communication. Many Gram-negative bacterial pathogens use a class of widely conserved molecules, called diffusible signal factor (DSF) family QS signals. The measurement of DSF family signal molecules is essential for understanding DSF metabolic pathways, signaling networks, as well as regulatory roles. Here, we describe a method for the extraction of DSF family signal molecules from Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo ...
[摘要] 细菌使用群体感知（QS）系统监测和调节其人口密度。细菌QS涉及作为细菌通信信号的小分子。许多革兰氏阴性细菌病原体使用一类广泛保守的分子，称为扩散信号因子（DSF）家族QS信号。 DSF家族信号分子的测量对于了解DSF代谢途径，信号网络以及调节作用至关重要。在这里，我们描述了从Xanthomonas oryzae pv提取DSF家族信号分子的方法。 （ Xoo ）细胞沉淀和Xoo 培养上清液。我们使用超高效液相色谱系统（UPLC）与准确的质量飞行时间质谱仪（TOF-MS）联合测定DSF家族信号的水平。在UPLC / MS系统的帮助下，DSF的检测限低至1μM，大大提高了在细菌培养和反应混合物中检测DSF DSF家族信号分子的能力。
背景 黄单胞菌属 oryzae pv。米糠X ae））））））））））y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y y十二碳烯酸（DSF），顺式-2-十二碳烯酸（BDSF），顺式-10-甲基-2-十二碳烯酸（IDSF）和顺式<顺式 -11-甲基十二烷-2,5-二烯酸（CDSF），以调节毒力因子产生（图1）。 DSF家族信号的生物合成，感知和周转需要Xoo 中的rpf ...
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