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Date:
2017-03-20
[Abstract] RNA-protein interactions play a crucial role in every aspect of RNA metabolism, and also plays a major role in post-transcriptional gene regulation. RNA-binding proteins have been implicated in viral gene expression (Ray and Das, 2002) and microRNA-mediated gene regulation (Poria et al., 2016). Here we have described the protocol which (1) covalently links transiently interacting RNA-protein complexes by UV crosslinking, (2) removes the unprotected RNA by RNase digestion and (3) detects the RNA-protein complexes by SDS-PAGE analysis. This protocol provides a rapid and reliable means ...
[摘要] RNA-蛋白质的相互作用在RNA代谢的各个方面发挥着至关重要的作用，并且在转录后基因调控中起重要作用。 RNA结合蛋白涉及病毒基因表达（Ray和Das，2002）和微小RNA介导的基因调控（Poria等人，2016）。这里我们描述了（1）通过紫外线交联共价连接瞬时相互作用的RNA蛋白复合物的方案，（2）通过RNA酶消化去除未保护的RNA，（3）通过SDS-PAGE分析检测RNA-蛋白复合物。该方案提供了一种快速可靠的手段来直接测定RNA-蛋白质相互作用及其使用纯化蛋白质的动力学，也有助于鉴定新的RNA-蛋白质相互作用
背景 RNA-蛋白质相互作用由瞬时非共价相互作用介导，例如RNA和蛋白质分子中特异残基之间的静电相互作用和氢键。短波UV辐射可以诱导两个紧密放置的芳环之间的共价键形成。在蛋白质和核酸的含氮碱基中的几个氨基酸中发现芳环结构。因此，使用紫外线照射共价连接RNA和相互作用的蛋白质，从而可以通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳进一步分析RNA蛋白复合物。该协议描述了一种简单快速的测定系统，可以在体外测定RNA-蛋白质相互作用及其结合动力学。此外，通过该方法获得的荧光标记的RNA-蛋白复合物的质谱分析可以导致新型RNA-蛋白质相互作用的鉴定。
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