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Author:
Date:
2018-08-05
[Abstract] Chromosome conformation capture sequencing (Hi-C) is a powerful method to comprehensively interrogate the three-dimensional positioning of chromatin in the nucleus. The development of Hi-C can be traced back to successive increases in the resolution and throughput of chromosome conformation capture (3C) (Dekker et al., 2002). The basic workflow of 3C consists of (i) fixation of intact chromatin, usually by formaldehyde, (ii) cutting the fixed chromatin with a restriction enzyme, (iii) religation of sticky ends under diluted conditions to favor ligations between cross-linked fragments ...
[摘要] 染色体构象捕获测序（Hi-C）是一种全面询问细胞核中染色质三维定位的有效方法。 Hi-C的发展可以追溯到染色体构象捕获的分辨率和通量的连续增加（3C）（Dekker et al。，2002）。 3C的基本工作流程包括（i）通常用甲醛固定完整的染色质，（ii）用限制酶切割固定的染色质，（iii）在稀释条件下重新连接粘性末端，以促进交联片段之间的连接或随机片段之间的那些和（iv）量化基因组基因座对之间的连接事件的数量（de Wit和de Laat，2012）。在最初的3C方案中，通过半定量PCR扩增对应于少量基因组位点（“一对一”）的选定连接接头来测量连接频率（Dekker et al。，2002 ）。然后，染色体构象捕获芯片（4C）和染色体构象捕获碳复制（5C）技术扩展3C以分别以“一对多”或“多对多”方式计算结扎事件。 Hi-C（Lieberman-Aiden et al。，2009）最终将3C与下一代测序相结合（Metzker，2010）。此处，在再连接之前，用生物素标记的核苷酸类似物填充粘性末端以在后续步骤中富集具有连接连接的片段。然后对Hi-C文库进行高通量测序，并将得到的读数映射到参考基因组，允许以“多对多”方式确定接触概率，其分辨率仅受限制性位点的分布限制和阅读深度。 Hi-C的首次应用是阐明人类基因组中的全球染色质折叠原理（Lieberman-Aiden et ...
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] CRISPR/Cas9 system is a recently developed genome editing tool, and its power has been demonstrated in many organisms, including some plant species (Wang et al., 2016). In eukaryotes, the Cas9/gRNA complexes target genome sites specifically and cleave them to produce double-strand breaks (DSBs), which can be repaired by non-homologous end joining (NHEJ) pathway (Wang et al., 2016). Since NHEJ is error prone, mutations are thus generated. In plants, delivery of genome editing reagents is still challenging. In this protocol, we detail the procedure of a virus-based gRNA ...
[摘要] CRISPR / Cas9系统是最近开发的基因组编辑工具，其功能已被证实在许多生物体中，包括一些植物物种（Wang等人，2016）。 在真核生物中，Cas9 / gRNA复合物特异性地靶向基因组位点并切割它们以产生双链断裂（DSB），其可以通过非同源末端连接（NHEJ）途径修复（Wang等人， 。，2016）。 由于NHEJ易出错，因此产生突变。 在植物中，基因组编辑试剂的递送仍然是挑战性的。 在本协议中，我们详细介绍了CRISPR / Cas9介导的植物基因组编辑（VIGE）的基于病毒的gRNA传递系统的过程。 该方法提供了将gRNA递送到植物细胞中的快速且有效的方式，特别是对于那些难以转基因农杆菌的方法。
已经报道了基于病毒的基因组编辑技术使用解构DNA病毒和RNA病毒（Baltes等人，2014; Ali等人，2015）。 最近，我们使用了一种完整的双因素病毒 - 卷心菜叶卷曲病毒（CaLCuV）（一种感染广西芥菜科的成员，包括花椰菜的二分酵母病毒），用于高效率 第一次（Yin等人，2015年），其主机之一的基因组编辑（Nicotiana benhamiana）首次进行基因组编辑。
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