| Confocal and Super-resolution Imaging of RNA in Live Bacteria Using a Fluorogenic Silicon Rhodamine-binding Aptamer
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Author:
Date:
2020-05-05
[Abstract] Genetically encoded light-up RNA aptamers have been shown to be promising tools for the visualization of RNAs in living cells, helping us to advance our understanding of the broad and complex life of RNA. Although a handful of light-up aptamers spanning the visible wavelength region have been developed, none of them have yet been reported to be compatible with advanced super-resolution techniques, mainly due to poor photophysical properties of their small-molecule fluorogens. Here, we describe a detailed protocol for fluorescence microscopy of mRNA in live bacteria using the recently reported ...
[摘要] [摘要 ] 遗传编码的点亮适体是显示活细胞中RNA的有前途的工具，可帮助我们加深对RNA广泛而复杂的生命的理解。可见光波长区已经被开发，他们都没有然而，据报道，在兼容先进的超分辨率技术，主要是由于不良的光物理性质其小分子荧光团。在这里，我们描述了一个详细的协议对于荧光显微镜mRNA的使用最近报道的具有优异光物理性质的荧光罗丹明结合适体（SiRA ）在活细菌中进行检测。值得注意的是，我们利用SiRA 展示了首个使用超分辨率（STED）显微镜进行的基于适体的RNA可视化。这种成像方法可能特别有价值用于可视化原核生物中的RNA，因为细菌的大小仅比光学分辨率大几倍 传统显微镜的分辨率。
[背景 ] 可视化的具体RNA分子通过荧光显微镜具有不可估量的价值在过去二十年中扩大我们的知识RNA功能内的细胞在时空精气神（特亚吉，2009年;夏等人，2017年），由于缺乏。固有的荧光RNA，用于活细胞成像的荧光RNA标记工具的开发以及它们对最新显微镜的适应性 –特别是对于超分辨率显微镜– 势在必行。超分辨率显微镜（SRM）对于原核系统中的RNA成像特别有吸引力，因为细菌很小（〜2.5MYU中号长，0.5-1〜MYU 中号宽）和分辨率的标准荧光显微镜被限制在200〜300〜牛米，由于衍射极限光（Reshes ...
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| Preparation of Primary Cultures of Embryonic Rat Hippocampal and Cerebrocortical Neurons
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Author:
Date:
2017-09-20
[Abstract] This protocol aims at standardizing the procedure to obtain primary cultures of hippocampal and cerebrocortical neurons for in vitro experiments. Cultures should be prepared from cells isolated during embryonic development when neuronal precursor cells are not yet fully differentiated. This helps increasing the quality and quantity of cells, while offering minimal cell death that often occurs during dissociation of differentiated neurons. Cells plated under the appropriate conditions, either in Petri-dishes or in multi-well plates, will develop and establish synaptic contacts over ...
[摘要] 该方案旨在标准化海马和脑皮质神经元原代培养物的体外实验。 培养物应从胚胎发育期间分离的细胞制备，当神经元前体细胞尚未完全分化时。 这有助于提高细胞的质量和数量，同时提供通常在分化的神经元解离期间发生的最小的细胞死亡。 在合适的条件下，在培养皿或多孔板中铺板的细胞将随着时间的推移而发展和建立突触接触，因为神经元培养基提供分化所需的营养和营养因子。 在这个协议中，我们描述了制备皮质和海马神经元培养物的方法。
【背景】本方案描述了使用补充有NeuroCultTM SM1的Neurobasal培养基（Chen等人，2008）的大鼠海马和脑皮层神经元的原代培养物的制备。 NeuroCultTM SM1的组成基于B27补充剂的制剂（Brewer等，1993），但是前者的混合物被发现提高了神经元培养的质量，部分地通过用全转运蛋白替代载脂蛋白转运蛋白 Chen et al。，2008）。 此外，NeuroCultTM SM1的化学成分在原始出版物中有更详细的描述，可以更好地控制实验条件。 用化学确定的培养基制备的神经元培养物的特征在于存在低百分比的星形胶质细胞。 通过添加有丝分裂5-氟-2'-脱氧尿苷的化学抑制剂可以防止维持更长时间的培养物中星形胶质细胞的增殖以允许神经元分化。
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| A Co-culture Model for Determining the Target Specificity of the de novo Generated Retinal Ganglion Cells
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] In glaucoma, the output neurons of the retina, the retinal ganglion cells (RGCs), progressively degenerate, leading to irreversible blindness (Ahram et al., 2015). The ex vivo stem cell method to replace degenerated RGCs remains a potentially viable approach (Levin et al., 2004). However, the success of the approach depends upon the ability of the de novo generated RGCs to connect over the long distance with specific targets in the central visual pathway. Here, we describe a protocol to examine the target specificity of the de novo generated RGCs ...
[摘要] 在青光眼中，视网膜的输出神经元，视网膜神经节细胞（RGC）逐渐退化，导致不可逆的失明（Ahram等人，2015）。 替代退化RGCs的离体干细胞方法仍然是潜在可行的方法（Levin等人，2004）。 然而，该方法的成功取决于生成RGC的远程连接与中心视觉通路中特定目标的能力。 在这里，我们描述了一种协议，用于使用共培养方法来检查产生RG的产生RGCs的靶特异性，其中RGCs神经突被允许在特异性（上丘（SC））和非特异性 （下丘，IC）构造目标。
青光眼是全球不可逆失明的最常见原因之一（Tham等人，2014）。其特征在于RGC的进行性退化，视网膜的主要输出神经元，其与大脑连接用于视觉感知。不幸的是，目前尚无治疗RGCs变性的治疗方法。无论是外科手术，药理学还是神经保护，管理方法都不能扭转退行性变化（Danesh-Meyer，2011）。鉴于这种棘手的情况，干细胞治疗已经成为替代死亡RGCs的潜在可行方法。这种方法的成功需要：1）功能性和非致瘤性RGC与多能干细胞的定向分化，以及2）产生RGC的新生靶标特异性。我们的实验室最近展示了一种化学定义的方法，通过重述发育机制（Teotia等人，2016），允许RGCs从胚胎干（ES）/诱导的多能干细胞（iPS）细胞中的定向分化。所得的RGC是稳定的，功能性的和非致瘤性的。然而，远离干细胞在青光眼RGC变性中的生物细胞的成功取决于它们的轴突在中心视觉途径中找到适当靶标的能力。移植后，RGC的轴突必须在视网膜内导航，作为视神经退出，决定在视交叉处交叉或不交叉，并达到建立视网膜连接的具体目标。我们已经证明ES ...
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