| Genome Editing in Diatoms Using CRISPR-Cas to Induce Precise Bi-allelic Deletions
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Author:
Date:
2017-12-05
[Abstract] Genome editing in diatoms has recently been established for the model species Phaeodactylum tricornutum and Thalassiosira pseudonana. The present protocol, although developed for T. pseudonana, can be modified to edit any diatom genome as we utilize the flexible, modular Golden Gate cloning system. The main steps include how to design a construct using Golden Gate cloning for targeting two sites, allowing a precise deletion to be introduced into the target gene. The transformation protocol is explained, as are the methods for screening using band shift assay and/or ...
[摘要] 最近为三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）和海绵假丝酵母（Thalassiosira pseudonana）建立了硅藻基因组编辑。 目前的协议，虽然开发的 T。 pseudonana ，可以修改编辑任何硅藻基因组，因为我们利用灵活，模块化的金门克隆系统。 主要步骤包括如何设计构建使用金门克隆靶向两个网站，允许一个精确的删除被引入目标基因。 解释转化方案，以及使用带移位测定和/或限制性位点丢失进行筛选的方法。
【背景】CRISPR-Cas正在迅速成为分子研究的一个关键方法。基于在细菌和古细菌中发现的病毒防御机制，CRISPR-Cas诱导基因组中精确位置的双链断裂（DSBs）。它涉及使用与CRISPR ...
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| Differentiation of Human Induced Pluripotent Stem Cells (iPS Cells) and Embryonic Stem Cells (ES Cells) into Dendritic Cell (DC) Subsets
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Induced pluripotent stem cells (iPS cells) are engineered stem cells, which exhibit properties very similar to embryonic stem cells (ES cells; Takahashi and Yamanaka, 2016). Both iPS cells and ES cells have an extraordinary self-renewal capacity and can differentiate into all cell types of our body, including hematopoietic stem/progenitor cells and dendritic cells (DC) derived thereof. This makes iPS cells particularly well suited for studying molecular mechanisms of diseases, drug discovery and regenerative therapy (Grskovic et al., 2011; Bellin et al., 2012; Robinton and ...
[摘要] 诱导的多能干细胞（iPS细胞）是工程干细胞，其表现出与胚胎干细胞（ES细胞，Takahashi和Yamanaka，2016）非常相似的性质。 iPS细胞和ES细胞都具有非凡的自我更新能力，可以分化成我们身体的所有细胞类型，包括造血干细胞/祖细胞和源自其的树突状细胞（DC）。这使得iPS细胞特别适用于研究疾病，药物发现和再生治疗的分子机制（Grskovic等人，2011; Bellin等人，2012; Robinton和Daley，2012）。
＆NBSP; DC是免疫系统的主要抗原呈递细胞，因此它们是调节和引导免疫应答的关键参与者（Merad等人，2013）。 DC巡逻外周和界面组织（例如，肺，肠和皮肤）以检测入侵的病原体，并且在激活时，它们迁移到淋巴结以激活和引发淋巴细胞。
＆NBSP; DC包含具有功能专门子集的表型异质家族（Schlitzer和Ginhoux，2014）。通常，经典DC（cDC）和浆细胞样DC（pDC）是分别表现出典型的和等离子体细胞样的DC形态。 cDC识别许多病原体并在激活后分泌促炎细胞因子，而pDC专门检测细胞内病原体并分泌I型干扰素（Merad等，2013; Schlitzer和Ginhoux，2014）。在被称为CD141 Clec9a + cDC1和CD1c + ...
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| Chromatin Immunoprecipitation Experiments from Whole Drosophila Embryos or Larval Imaginal Discs
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Chromatin Immunoprecipitation coupled either to qPCR (qChIP) or high-throughput sequencing (ChIP-Seq) has been extensively used in the last decades to identify the DNA binding sites of transcription factors or the localization of various histone marks along the genome. The ChIP experiment generally includes 7 steps: collection of biological samples (A), cross-linking proteins to DNA (B), chromatin isolation and fragmentation by sonication (C), sonication test (D), immunoprecipitation with antibodies against the protein or the histone mark of interest (E), DNA recovery (E), identification of ...
[摘要] 与qPCR（qChIP）或高通量测序（ChIP-Seq）相结合的染色质免疫沉淀已被广泛用于识别转录因子的DNA结合位点或基因组中各种组蛋白标记的定位。 ChIP实验通常包括7个步骤：收集生物样品（A），交联蛋白质到DNA（B），染色质分离和通过超声处理分离（C），超声处理测试（D），用针对蛋白质的抗体进行免疫沉淀感兴趣的组蛋白标记（E），DNA回收（E），通过PCR或测序鉴定因子相关DNA序列（F）。这里描述的协议可以容易地用于ChIP-seq和ChIP-qPCR实验。描述在完整的果蝇组织中优化分析的实验设置条件的整个过程可以在四天内完成。
背景 尽管永生化的培养细胞广泛用于研究各种细胞类型的染色质景观，但是在生理条件下在体内探测相互作用的有价值的方法对于进行转录的时间或空间比较分析是必要的因子和组蛋白修饰图在不同阶段的果蝇发展或不同组织之间。在这里，我们提供了一个详细的ChIP协议，已被优化，以便在整个果蝇胚胎和幼虫成像光盘上工作，突出关键的实验参数。
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