| Selective Isolation of Retroviruses from Extracellular Vesicles by Intact Virion Immunoprecipitation
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] There exists a wide variety of techniques to isolate and purify viral particles from cell culture supernatants. However, these techniques vary greatly in ease of use, purity, yield and impact on viral structural integrity. Most importantly, it is becoming evident that secreted extracellular vesicles (EVs) co-purify with retroviruses using nearly all purification methods due to nearly indistinguishable biophysical characteristics such as size, buoyant density and nucleic acid content. Recently, our group has illustrated a means of isolating intact and highly enriched retroviral virions from ...
[摘要] 存在多种从细胞培养上清液中分离和纯化病毒颗粒的技术。然而，这些技术在易用性，纯度，产量和对病毒结构完整性的影响方面差异很大。最重要的是，由于几乎无法区分的生物物理特征，例如大小，浮力密度和核酸含量，使用几乎所有纯化方法分泌的细胞外囊泡（EV）与逆转录病毒共同纯化变得明显。最近，我们小组已经阐明了一种利用针对Moloney鼠白血病病毒的病毒包膜糖蛋白的免疫沉淀方法从含有EV的细胞上清液中分离完整和高度富集的逆转录病毒病毒颗粒的方法（Renner et al。， 2018）。这种技术，我们称之为完整的病毒粒子免疫沉淀（IVIP），使我们能够表征这些逆转录病毒表面上表位的可及性，并评估病毒包膜中病毒编码的整合膜蛋白Glycogag（gPr80）的方向。该方案的正确实施使得能够快速，简单且可重复地制备完整且高度纯化的逆转录病毒颗粒，其没有可检测的EV污染物。
【背景】广泛使用的分离逆转录病毒的方法，如人类免疫缺陷病毒（HIV）和小鼠白血病病毒（MLV），包括沉淀，色谱，超滤，超速离心，以及各种其他粒子分离方法（评论在Nestola et al。，2015）。虽然每种技术都有其特定的优点，缺点和局限性，但所有方法的共同关注点是细胞分泌的细胞外囊泡（EV）的共同纯化。
EV构成由所有细胞类型分泌的膜衍生囊泡的异质群体（Yanez-Mo ...
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| Streptavidin Bead Pulldown Assay to Determine Protein Homooligomerization
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Author:
Date:
2017-11-20
[Abstract] Pulldown assay is a conventional method to determine protein-protein interactions in vitro. Expressing a protein of interest with two different tags allows testing whether both versions can be captured via one of the two tags as homooligomeric complex. This protocol is based on streptavidin bead capture of a biotinylated protein and co-associated Flag-tagged protein using Streptavidin MagBeads.
[摘要] Pulldown分析是一种常规的方法来确定蛋白质在体外的相互作用。 用两种不同的标签表达感兴趣的蛋白质可以检测两种标签是否可以通过两种标签之一作为同低聚体复合物来捕获。 该方案基于使用链霉抗生物素蛋白MagBeads的链霉抗生物素蛋白珠捕获生物素化蛋白质和共结合Flag标记蛋白质。
【背景】淀粉样前体蛋白（APP）可以通过其大的胞外结构域及其跨膜结构域形成同型二聚体，在生物学功能中起重要作用。 目前的方案已被用于表征APP跨膜C-末端99个氨基酸片段（C99）的同二聚化（Yan等人，2017）。 该检测的基本原理如图1所示：链霉亲和素包被的MagBeads可以捕获生物素化的蛋白质，这可以拉下相互作用蛋白质，并通过抗FLAG抗体检测。
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图1.基于MagBeads的pull-down测定的原理在该特定的方案中，使用生物素化的Avi-标记的C99蛋白和相关的C99-TEV位点-rTA-Flag蛋白质。
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| Efficient Generation of Multi-gene Knockout Cell Lines and Patient-derived Xenografts Using Multi-colored Lenti-CRISPR-Cas9
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Author:
Date:
2017-04-05
[Abstract] CRISPR-Cas9 based knockout strategies are increasingly used to analyze gene function. However, redundancies and overlapping functions in biological signaling pathways can call for generating multi-gene knockout cells, which remains a relatively laborious process. Here we detail the application of multi-color LentiCRISPR vectors to simultaneously generate single and multiple knockouts in human cells. We provide a complete protocol, including guide RNA design, LentiCRISPR cloning, viral production and transduction, as well as strategies for sorting and screening knockout cells. The validity of ...
[摘要] 基于CRISPR-Cas9的敲除策略越来越多地用于分析基因功能。然而，生物信号通路中的冗余和重叠功能可能需要产生多基因敲除细胞，这仍然是一个相对费力的过程。在这里，我们详细介绍了多色LentiCRISPR载体在人体细胞中同时产生单次和多次敲除的应用。我们提供了一个完整的方案，包括指导RNA设计，LentiCRISPR克隆，病毒生产和转导，以及排序和筛选敲除细胞的策略。该过程的有效性通过同时删除白血病细胞系中多达四个程序性细胞死亡介质和来自患者来源的急性淋巴细胞白血病异种移植物，其中单细胞克隆是不可行的。该协议允许任何具有基本细胞生物学设备的实验室，生物安全2级设备和荧光激活细胞分选功能，可在一个月内有效产生单基因和多基因敲除细胞系或原代细胞。
从对细菌基因组中被称为聚簇定期交织的短回文重复（CRISPR）的遗传元件的好奇的初步观察开始（Ishino等人，1987; Mojica等人，2000 ）和随后在哺乳动物细胞中的基因编辑（Cong等人，2013; Mali等人，2013），CRISPR-Cas9已经成为廉价和有效的基因编辑。随着从烟草植物细胞到斑马鱼和原代人类细胞（Hsu等人，2014）的细胞系统的成功应用，CRISPR-Cas9可以通过短的20个核苷酸RNA序列的设计来引导在大基因组内的靶向DNA双链断裂（DSB）（Park等人，2016）。 ...
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