| A Method for Extracting the Nuclear Scaffold from the Chromatin Network
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Author:
Date:
2018-04-20
[Abstract] Each cell contains many large DNA polymers packed in a nucleus of approx. 10 μm in diameter. With histones, these DNA polymers are known to form chromatins. How chromatins further compact in the nucleus is unclear but it inevitably depends on an extensive non-chromatin nuclear scaffold. Imaging of endogenous chromatin network and the complementary scaffold that support this network has not been achieved but biochemical and proteomic investigations of the scaffold can still provide important insights into this chromatin-organizing network. However, this demands highly inclusive and ...
[摘要] 每个细胞都含有许多大型DNA聚合物，其中包含大约一个核。直径10微米。用组蛋白，已知这些DNA聚合物形成染色质。染色质在核中如何进一步致密还不清楚，但它不可避免地依赖于广泛的非染色质核支架。内源性染色质网络的成像和支持该网络的互补支架尚未实现，但支架的生化和蛋白质组学研究仍然可以提供关于该染色质组织网络的重要见解。但是，这需要高度包容和可重复的提取核支架。我们最近开发了一个简单的协议，用于从染色质中释放脚手架组件。提取物的包容性由以下观察结果证实：当从核中提取时，剩余的核染色质被释放为延伸且通常平行的染色质纤维。基本上，该方案包括纯核的产生，用Triton X-100处理细胞核以产生包膜消耗的细胞核（TxN），并在含蔗糖的缓冲液中在500mM NaCl中提取细胞核。 TxN的这个组合提取被称为TxNE。
【背景】通过蛋白质和核糖核蛋白的复杂支架，染色质在细胞核中密集并动态地压缩。与细胞骨架网络不同（Fischer和Fowler，2015），对这种核支架的显微观察在技术上是具有挑战性的。这可能反映了每个细胞核内染色质的主导地位，支架与细胞核交织在一起。核的球形排列也对成像这种支架结构造成挑战。核支架的主要元素是核层（NL）（Gruenbaum和Foisner，2015）。 ...
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| Ex vivo Analysis of Lipolysis in Human Subcutaneous Adipose Tissue Explants
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Author:
Date:
2018-02-05
[Abstract] Most studies of human adipose tissue (AT) metabolism and functionality have been performed in vitro on isolated mature adipocyte or in situ using the microdialysis technique (Lafontan, 2012). However, these approaches have several limitations. The use of mature isolated adipocytes is limiting as adipocytes are not in their physiological environment and the collagenase digestion process could affect both adipocyte survival and functionality. While metabolic studies using microdialysis have brought the advantage of studying the lipolytic response of the adipose tissue in situ ...
[摘要] 人脂肪组织（AT）代谢的上havebeen执行的大多数研究和功能的体外上分离的脂肪细胞成熟或原位使用微透析技术（Lafontan，2012）。但是，这些方法有几个限制。成熟的分离的脂肪细胞的使用是有限的，因为脂肪细胞不在其生理环境中，胶原酶消化过程可能影响脂肪细胞的存活和功能。虽然微透析代谢研究带来了学习原位脂肪组织中的的脂肪分解反应的优点的它仅提供定性的措施，但并没有给出不同的脂肪组织细胞成分的贡献的任何信息。此外，可以在受试者中同时使用的微透析探针的数量是有限的，并且可以受到局部血流量变化和微透析样品的分子大小截断的影响。在这里，我们提出了一个协议，以评估对脂肪组织的功能的体外在AT植允许脂肪组织的研究中其整个范围内，几个小时。此外，可以评估脂肪分解的细胞特异性影响。直接在脂肪组织基质血管室。在脂肪组织中（Gao等人，2016）。
【背景】人类白色脂肪组织（WAT）在体内能量平衡中起主要作用。脂肪细胞是表达特异性脂质处理代谢活动的特化细胞，构成超过90％的WAT体积（Lafontan，2012）。除了脂肪细胞，其他细胞类型是人类WAT中存在的例如，血管细胞，免疫细胞（淋巴细胞和巨噬细胞）和祖细胞在WAT重构和更新参与。脂肪细胞的代谢活动受到局部和全身途径整合的严格控制。在合成代谢或分解代谢条件影响调制的净脂肪细胞的代谢活性神经体液信号， I.E. ...
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| Easy and Efficient Permeabilization of Cyanobacteria for in vivo Enzyme Assays Using B-PER
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Author:
Date:
2018-01-05
[Abstract] Cyanobacteria are photosynthetic bacteria that thrive in diverse ecosystems and play major roles in the global carbon cycle. The abilities of cyanobacteria to fix atmospheric CO2 and to allocate the fixed carbons to chemicals and biofuels have attracted growing attentions as sustainable microbial cell factories. A better understanding of activities of enzymes involved in the central carbon metabolism might lead to increased product yields. Currently, cell-free lysates are widely used for the determination of intracellular enzyme activities. However, due to thick cell walls in ...
[摘要] 蓝细菌是光合细菌，在不同的生态系统中繁衍，在全球碳循环中发挥重要作用。 蓝藻固定大气CO 2和将固定碳分配到化学品和生物燃料的能力作为可持续的微生物细胞工厂已经引起越来越多的关注。 更好地了解参与中央碳代谢的酶的活性可能导致产物产量增加。 目前，无细胞裂解物被广泛用于细胞内酶活性的测定。 然而，由于蓝细菌细胞壁较厚，蓝细菌细胞的裂解效率低下且费力。 目前的方案描述了一种简单而有效的方法来渗透蓝藻细胞，而不溶解它们，并直接使用透化细胞来测定体内代谢酶活性。
【背景】我们之前已经报道了使用B-PER TM试剂（Thermo Fisher Science）（Rasmussen等人，2016）简单，有效且可扩展的蓝细菌的透化。 B-PER TM TM试剂含有溶解在Tris-HCl缓冲液中的未公开的温和洗涤剂，通常用于裂解细菌细胞如大肠杆菌（Escherichia coli）。偶然地，我们发现B-PER TM TM试剂渗透蓝细菌细胞而不是溶解它们，可能是因为厚的蓝细菌细胞壁（Hoiczyk和Hansel，2000）赋予了试剂中使用的去污剂的抗性。在生物技术感兴趣的蓝细菌中进行通透化。聚球蓝细菌PCC 7002（以下简称“Synechococcus”7002）和“Synechocystis”sp。 PCC ...
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