| Real-time PCR Analysis of PAMP-induced Marker Gene Expression in Nicotiana benthamiana
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Perception of pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) often triggers various innate immune responses in plants. The transcriptional changes of defense-related genes are often used as a marker to assay PAMP-triggered plant immune response. Here we described a protocol to monitor the relative expression level of marker genes in Nicotiana benthamiana upon treatment with PAMPs. The procedure includes leaf treatment using PAMPs, total RNA isolation, cDNA synthesis, quantitative real-time PCR and data analysis. This protocol is applicable to monitor marker gene expression triggered ...
[摘要] 对病原体相关分子模式（PAMP）的感知经常引发植物中的各种先天免疫应答。 防御相关基因的转录变化通常用作测定PAMP触发的植物免疫应答的标记。 在这里，我们描述了一种方案，用于监测用PAMP处理的本塞姆氏烟草中的标记基因的相对表达水平。 该方法包括使用PAMP进行叶处理，总RNA分离，cDNA合成，定量实时PCR和数据分析。 该协议适用于监测 N中不同PAMP触发的标记基因表达。本塞姆氏。
【背景】病原体相关的分子模式，即PAMP，是一类源自病原体的分子，在微生物中相对保守。多个PAMP，如flg22和XEG1（Felix et al。，1999; Ma et al。，2015），已被表征，可通过植物细胞表面定位模式检测 - 识别受体（PRR），从而诱导PAMP引发的免疫（Couto和Zipfel，2016）。 PAMP触发的主要反应之一是与防御相关的制造者基因的激活（Navarro et al。，2004; Zipfel et al。，2006）。 Nicotiana benthamiana 已被广泛用作模型植物，并且对多种PAMP敏感。在 N.宾夕法尼亚，先前发现了标记基因，如 NbCYP71D20 ， NbACRE31 和 NbWRKY22 ，它们在PAMP处理后迅速活化（ Heese et al。，2007; Segonzac et ...
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| A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for ...
[摘要] 我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法，其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA（10-100ng），并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法，我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域（可变区V1-V2）的更多16S rRNA序列，以便分析OTU（经营分类单元）的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F（大肠杆菌8至27位）的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性，并且还可用于鉴定新型微生物类群。
【背景】核糖体RNA（rRNA）占总微生物RNA的90％以上，适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标（Blazewicz et。，2013年）。微生物群落转录物（包括rRNA和mRNA）在特定环境（双RNA转录组学）中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势（Urich等人，2008年）未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时，可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数，但是发现仅有三分之一的所得16S ...
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| Advanced Design of Minimalistic Dumbbell-shaped Gene Expression Vectors
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Author:
Date:
2017-08-05
[Abstract] Minimal DNA vectors exclusively comprising therapeutically relevant sequences hold great promise for the development of novel therapeutic regimen. Dumbbell-shaped vectors represent non-viral non-integrating DNA minimal vectors which have entered an advanced stage of clinical development (Hardee et al., 2017). Spliceable introns and DNA nuclear import signals such as SV40 enhancer sequences are molecular features that have found multiple applications in plasmid vectors to improve transgene expression. In dumbbells however, effects triggered by introns were not investigated and ...
[摘要] 唯一包含治疗相关序列的最小DNA载体对于新型治疗方案的发展具有很大的希望。哑铃型载体代表已经进入临床发展的晚期阶段的非病毒非整合DNA最小载体（Hardee等人，2017）。可接合的内含子和DNA核输入信号如SV40增强子序列是在质粒载体中发现多个应用以改善转基因表达的分子特征。然而，在哑铃中，由内含子引发的效应未被研究，基于DNA的核导入序列尚未发现应用，可能是因为哑铃载体在尺寸上不断被最小化。我们调查内含子和/或SV40增强子衍生序列对哑铃载体驱动的报告基因表达的影响。发现可拼接内含子的实现在所有研究的细胞系中无条件地增强基因表达。相反，SV40增强子的使用改善了细胞类型依赖性的基因表达。虽然这两个特征显着增加哑铃载体大小，但内含子和增强子或两者的组合都不会对基因表达产生负面影响。相反，与质粒或对照哑铃相比，这两个特征在一起改善了哑铃驱动的基因表达，高达160-或56倍。因此，强烈建议考虑用于哑铃矢量设计的内含子和SV40增强子。这种先进的设计可以促进哑铃型DNA载体的临床前和临床应用。
【背景】虽然许多基因已经使用哑铃形DNA载体表达，但大多数这些应用使用包括启动子，编码序列（CDS）和转录终止子的基本设计。一些载体包括嵌合内含子，然而，没有报道通过这种设计增强了转基因表达（Schirmbeck等人，2001）。在这里，我们研究了分子特征引发的效应，这些特征经常在哑铃驱动基因表达的质粒设计中得到应用：1.已知来自人β-珠蛋白基因剪接的嵌合内含子促进RNA加工，核出口，随后基因表达（Luo ...
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