| Real-time PCR Analysis of PAMP-induced Marker Gene Expression in Nicotiana benthamiana
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Author:
Date:
2018-10-05
[Abstract] Perception of pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) often triggers various innate immune responses in plants. The transcriptional changes of defense-related genes are often used as a marker to assay PAMP-triggered plant immune response. Here we described a protocol to monitor the relative expression level of marker genes in Nicotiana benthamiana upon treatment with PAMPs. The procedure includes leaf treatment using PAMPs, total RNA isolation, cDNA synthesis, quantitative real-time PCR and data analysis. This protocol is applicable to monitor marker gene expression triggered ...
[摘要] 对病原体相关分子模式（PAMP）的感知经常引发植物中的各种先天免疫应答。 防御相关基因的转录变化通常用作测定PAMP触发的植物免疫应答的标记。 在这里，我们描述了一种方案，用于监测用PAMP处理的本塞姆氏烟草中的标记基因的相对表达水平。 该方法包括使用PAMP进行叶处理，总RNA分离，cDNA合成，定量实时PCR和数据分析。 该协议适用于监测 N中不同PAMP触发的标记基因表达。本塞姆氏。
【背景】病原体相关的分子模式，即PAMP，是一类源自病原体的分子，在微生物中相对保守。多个PAMP，如flg22和XEG1（Felix et al。，1999; Ma et al。，2015），已被表征，可通过植物细胞表面定位模式检测 - 识别受体（PRR），从而诱导PAMP引发的免疫（Couto和Zipfel，2016）。 PAMP触发的主要反应之一是与防御相关的制造者基因的激活（Navarro et al。，2004; Zipfel et al。，2006）。 Nicotiana benthamiana 已被广泛用作模型植物，并且对多种PAMP敏感。在 N.宾夕法尼亚，先前发现了标记基因，如 NbCYP71D20 ， NbACRE31 和 NbWRKY22 ，它们在PAMP处理后迅速活化（ Heese et al。，2007; Segonzac et ...
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| A Modified Low-quantity RNA-Seq Method for Microbial Community and Diversity Analysis Using Small Subunit Ribosomal RNA
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Author:
Date:
2018-05-05
[Abstract] We propose a modified RNA-Seq method for small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA)-based microbial community analysis that depends on the direct ligation of a 5’ adaptor to RNA before reverse-transcription. The method requires only a low-input quantity of RNA (10-100 ng) and does not require a DNA removal step. Using this method, we could obtain more 16S rRNA sequences of the same regions (variable regions V1-V2) without the interference of DNA in order to analyze OTU (operational taxonomic unit)-based microbial communities and diversity. The generated SSU rRNA sequences are also suitable for ...
[摘要] 我们提出了一种用于小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）的微生物群落分析的经修改的RNA-Seq方法，其依赖于在逆转录之前将5'衔接子直接连接至RNA。 该方法仅需要低输入量的RNA（10-100ng），并且不需要DNA去除步骤。 使用这种方法，我们可以在不受DNA干扰的情况下获得相同区域（可变区V1-V2）的更多16S rRNA序列，以便分析OTU（经营分类单元）的微生物群落和多样性。 所产生的SSU rRNA序列也适用于通常用于细菌16S rRNA基因扩增的细菌通用引物8F（大肠杆菌8至27位）的覆盖度评估。 修改的RNA-Seq方法将有助于确定各种环境样品的潜在活性微生物群落结构和多样性，并且还可用于鉴定新型微生物类群。
【背景】核糖体RNA（rRNA）占总微生物RNA的90％以上，适合微生物群落分析作为合成蛋白质的微生物生理活性指标（Blazewicz et。，2013年）。微生物群落转录物（包括rRNA和mRNA）在特定环境（双RNA转录组学）中的研究在提供微生物功能和分类信息方面具有优势（Urich等人，2008年）未能进行基于OTU的社区比较。尽管当分析凝胶提取的SSU rRNA时，可以使用16S rRNA序列的V3区来计算和比较多样性指数，但是发现仅有三分之一的所得16S ...
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| Xanthoferrin Siderophore Estimation from the Cell-free Culture Supernatants of Different Xanthomonas Strains by HPLC
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Date:
2017-07-20
[Abstract] Xanthomonads can scavenge iron from the extracellular environment by secreting the siderophores, which are synthesized by the proteins encoded by xss (Xanthomonas siderophore synthesis) gene cluster. The siderophore production varies among xanthomonads in response to a limited supply of iron where Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) produces less siderophores than Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc). Siderophore production can be measured by HPLC and with the CAS (Chrome azurol ...
[摘要] 黄单胞菌属可以通过分泌铁载体来从细胞外环境中清除铁，这些铁载体由由xss 编码的蛋白质（anthomonas 基因簇。 由于Xanthomonas campestris pv的铁供应有限，铁载体生产因黄托曼德而异。 野蓟菊（Xcc）产生比黄单胞菌（Xanthomonas oryzae）pv更少的铁载体。 米曲霉（Xoo）和黄单胞菌Xanthomonas oryzae pv。 oryzicola（Xoc）。 铁载体生产可以通过HPLC和CAS测量（ Chrome azurol S ）标准板测定，然而HPLC是在Xanthomonads中用于铁氰菊酯定量的CAS-琼脂平板测定的更准确的方法。 在这里我们描述如何使用高效液相色谱来量化黄单胞菌中的铁载体。
【背景】细菌植物病原体 Xanthomonas 具有（α-羟基羧酸盐型铁载体;类似于弧菌铁蛋白）和编码参与铁载体介导的铁吸收的外膜受体（Pandey和Sonti）所需的操纵子，2010; ...
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