| Analyzing the Properties of Murine Intestinal Mucins by Electrophoresis and Histology
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Author:
Date:
2017-07-20
[Abstract] Specialized secretory cells known as goblet cells in the intestine and respiratory epithelium are responsible for the secretion of mucins. Mucins are large heavily glycosylated proteins and typically have a molecular mass higher than 106 Da. These large proteins are densely substituted with short glycan chains, which have many important functional roles including determining the hydration and viscoelastic properties of the mucus gel that lines and protects the intestinal epithelium. In this protocol, we comprehensively describe the method for extraction of murine mucus and its ...
[摘要] 在肠和呼吸上皮中称为杯状细胞的专门分泌细胞负责粘蛋白的分泌。 粘蛋白是大的重糖基化蛋白质，通常具有高于10μM的分子量。 这些大蛋白质被短聚糖链密集取代，其具有许多重要的功能作用，包括测定粘液凝胶的水合和粘弹性质，其保护肠上皮。 在该方案中，我们全面地描述了通过琼脂糖凝胶电泳提取小鼠粘液的方法及其分析。 此外，我们描述了使用高铁二胺 - 阿尔星蓝，周期酸席夫氏 - 阿尔辛蓝和免疫染色方法来鉴别和区分这些粘蛋白糖蛋白上糖基化的不同状态，特别是侧重于硫酸化和唾液酸化。
【背景】一层粘液保护肠上皮，主要由粘蛋白，水，蛋白质和无机盐组成。粘液屏障的粘性和凝胶状特性使其能够物理保护和润滑粘膜，主要由粘蛋白赋予。粘蛋白是大的重糖基化蛋白质，通常具有高于10μM的分子量。然而，粘蛋白主要用O-聚糖糖装饰，其占分子量的80％。不同的位点特异性和粘蛋白特异性糖基化模式影响粘蛋白和粘液凝胶的性质。众所周知，粘蛋白糖基化在感染和疾病中发生改变（Arike等人，2017; ...
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| Thermostability Measurement of an α-Glucosidase Using a Classical Activity-based Assay and a Novel Thermofluor Method
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] α-glucosidases (including maltases and isomaltases) are enzymes which release glucose from a set of α-glucosidic substrates. Their catalytic activity, substrate specificity and thermostability can be assayed using this trait. Thermostability of proteins can also be determined using a high-throughput differential scanning fluorometry method, also named Thermofluor. We have shown that Thermofluor can also be applied to predict binding of substrates and inhibitors to a yeast α-glucosidase. The methods described here in detail were used in Viigand et al., 2016.
[摘要] α-葡糖苷酶（包括麦芽糖酶和异麦芽糖酶）是从一组α-葡糖苷底物释放葡萄糖的酶。 可以使用该特征来测定其催化活性，底物特异性和热稳定性。 蛋白质的热稳定性也可以使用高通量差示扫描荧光测定法（也称为Thermofluor）来测定。 我们已经表明，Thermofluor也可以应用于预测底物和抑制剂与酵母α-葡萄糖苷酶的结合。 这里详细描述的方法用于Viigand等人，2016。
【背景】麦芽糖酶（EC 3.2.1.20）和异麦芽糖酶（EC 3.2.1.10）是根据CAZy分类属于糖苷水解酶家族13的α-葡糖苷酶（Lombard等，2014）。甲基营养酵母多形汉酵母的麦芽糖酶MAL1是非选择性的，它将产生D-葡萄糖的麦芽糖和异麦芽糖状α-葡萄糖苷水解为反应产物之一。因此，麦芽糖酶对其底物的活性可以根据葡萄糖释放来确定。该工作描述的葡萄糖液色辅助方法可以快速方便地测定麦芽糖酶的活性，底物特异性和热稳定性。重要的是，这种基于活性的方法可以适用于产生葡萄糖作为反应产物的其它酶。高通量Thermofluor方法主要用于蛋白质晶体学测量（热）稳定性蛋白质（Boivin等，2013; Ericsson等，2006）。我们使用Thermofluor ...
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| DNA Fiber Assay upon Treatment with Ultraviolet Radiations
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] Genome stability is continuously challenged by a wide range of DNA damaging factors. To promote a correct DNA repair and cell survival, cells orchestrate a coordinated and finely tuned cascade of events collectively known as the DNA Damage Response (DDR). Ultra Violet (UV) rays are among the main environmental sources of DNA damage and a well recognized cancer risk factor. UV rays induce the formation of toxic cyclobutane-type pyrimidine dimers (CPD) and [6-4]pyrimidine-pyrimidone (6-4PP) photoproducts which trigger the activation of the intra-S phase cell cycle checkpoint (Kaufmann, 2010) ...
[摘要] 基因组稳定性不断受到DNA损伤因素的广泛影响。为了促进正确的DNA修复和细胞存活，细胞协调统一称为DNA损伤反应（DDR）的协调和精细调整的事件级联。超紫外线（UV）是DNA损伤的主要环境来源之一，也是公认的癌症危险因素。紫外线诱导形成毒性环丁烷型嘧啶二聚体（CPD）和[6-4]嘧啶嘧啶酮（6-4PP）光产物，其触发S期细胞周期检查点的活化（Kaufmann，2010），目的在于防止复制叉崩溃，晚期起火和稳定脆弱场所（Branzei和Foiani，2009）。为了监测响应于UV型C（UVC）暴露的S-S相检查点的激活，DNA纤维测定可用于分析新的起始点和DNA合成速率（Jackson等， ，1998; Merrick等人，2004; Alfano等人，2016）。 DNA纤维测定技术在90年代被设想，然后通过使用并入新生DNA链中的胸苷类似物（如CldU和IdU）进一步开发。通过用这些类似物以连续模式处理细胞，可以通过携带不同荧光团的特异性抗体来观察细胞，可以监测复制叉活性并评估其如何受到紫外辐射或其他试剂的影响。
背景 ...
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