| Quantification of the Composition Dynamics of a Maize Root-associated Simplified Bacterial Community and Evaluation of Its Biological Control Effect
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Author:
Date:
2018-06-20
[Abstract] Besides analyzing the composition and dynamics of microbial communities, plant microbiome research aims to understanding the mechanism of plant microbiota assembly and their biological functions. Here, we describe procedures to investigate the role of bacterial interspecies interactions in root microbiome assembly and the beneficial effects of the root microbiota on hosts by using a maize root-associated simplified seven-species (Stenotrophomonas maltophilia, Ochrobactrum pituitosum, Curtobacterium pusillum, Enterobacter cloacae, Chryseobacterium ...
[摘要] 除了分析微生物群落的组成和动态外，植物微生物群落研究的目的在于了解植物微生物群落组装的机制及其生物学功能。在这里，我们描述了通过使用与玉米根相关的简化的七种物种（嗜麦芽窄食单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia），）来研究细菌种间相互作用在根微生物群组装中的作用以及根菌群对宿主的有益影响的程序。 Ochrobactrum pituitosum ，Curtobacterium pusillum ，阴沟肠杆菌， Chryseobacterium indologenes ，<在我们以前的工作中描述过的假单胞菌（pseudomonas putida））合成细菌群落。表面灭菌的玉米种子在含有多种细菌的悬浮液中浸泡后，在基于双管生长室的非生物体系中生长。通过对7种菌株中的每种菌株选择性培养基的培养依赖性方法追踪定殖在玉米根部的细菌群组成的动态。通过监测社区结构的变化来评估细菌相互作用对社区组装的影响。通过量化（1）真菌植物病原体，种子表面上的fusarium="" verticillioides和（2）幼苗枯萎的严重程度来评估简化的7种群落的植物保护效果真菌引起的疾病，在细菌群落的存在和不存在的情况下。我们的方案将作为研究实验室条件下植物="" -=""> ...
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| Measuring Cyanobacterial Metabolism in Biofilms with NanoSIMS Isotope Imaging and Scanning Electron Microscopy (SEM)
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] To advance the understanding of microbial interactions, it is becoming increasingly important to resolve the individual metabolic contributions of microorganisms in complex communities. Organisms from biofilms can be especially difficult to separate, image and analyze, and methods to address these limitations are needed. High resolution imaging secondary ion mass spectrometry (NanoSIMS) generates single cell isotopic composition measurements, and can be used to quantify incorporation and exchange of an isotopically labeled substrate among individual organisms. Here, incorporation of ...
[摘要] 为了提高对微生物相互作用的理解，解决复杂群落中微生物代谢贡献的重要性越来越重要。生物膜的生物体特别难以分离，形成和分析，需要解决这些局限性的方法。高分辨率成像二次离子质谱（NanoSIMS）产生单细胞同位素组成测量，可用于量化在各生物体内同位素标记的底物的掺入和交换。在这里，使用由蓝藻混合物种生物膜的成员掺入的蓝细菌胞外有机物（EOM）作为模型来说明该方法。通过两组（蓝细菌和相关的异养微生物）掺入稳定同位素（ 15 N和 13 C）EOM的量化。描述了用于定量生物膜中稳定同位素标记的EOM摄取的样品的生成，制备和分析方法。
背景 与NanoSIMS（“NanoSIP”）结合的稳定同位素标记是一种确定的稳定同位素标记底物掺入到单个微生物细胞中的方法，然后可将其推断以估计细胞群体的掺入（例如，Lechene et al。 ，2006和Woebken等人，2012）。可以将多个稳定同位素标记（例如， 13 C和 15 ...
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