| Optogenetic Stimulation and Recording of Primary Cultured Neurons with Spatiotemporal Control
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Author:
Date:
2017-06-20
[Abstract] We studied a network of cortical neurons in culture and developed an innovative optical device to stimulate optogenetically a large neuronal population with both spatial and temporal precision. We first describe how to culture primary neurons expressing channelrhodopsin. We then detail the optogenetic setup based on the workings of a fast Digital Light Processing (DLP) projector. The setup is able to stimulate tens to hundreds neurons with independent trains of light pulses that evoked action potentials with high temporal resolution. During photostimulation, network activity was monitored ...
[摘要] 我们研究了文化中的皮层神经元网络，并开发了一种创新的光学装置，以空间和时间精确度激发大量神经元。 我们首先描述如何培养表达channelorhodopsin的原代神经元。 然后，我们将根据快速数字光处理（DLP）投影机的工作原理来详细说明光遗传设置。 该设置能够用独立的光脉冲训练数十到数百个神经元，以高时间分辨率诱发动作电位。 在光刺激期间，使用多达4个神经元的膜片钳记录监测网络活动。 该实验非常适合研究复杂的网络动力学或生物过程，如神经元网络中的可塑性或体内平衡，当子群体由其特征（相关性，速率和大小）进行精细控制的不同刺激激活时。
【背景】光致遗传学提供以毫秒精度控制神经元活动的平均值。然而，神经元通常通过同时激活整个群体的光的闪光或通过在整个视野上的时间调制强度的光同时激活（Boyden等人，2005）。然而，存在几种空间调节光并已被用于使谷氨酸不起作用的方法（Nawrot等人，2009）或激活表达神经元的通道视紫质（ChR2）（Guo等人，2009）（用于审查刺激神经元的可用方法具有空间和时间分辨率参见Anselmi等人，2015）。
为了获得刺激的空间控制，第一种可能性是使用激光并将其光束快速移动到不同位置。例如，通过用声光偏转器偏转激光束已经实现了在不同树枝状位置处的谷蛋白解冻（Shoham等人，2005）。只有我们在有限的区域内足够缓慢地调节光强度，这个策略才可能是可行的。或者，可以使用相位或强度的光调制器来实现光的空间图案。基于相位调制的全息技术允许以三维空间精度获得图像，但是可以以仅100Hz的速率显示图案（Papagiakoumou等人，2010）。如果二维图案是足够的，则可以通过将投影仪或阵列的LED放置在样品的共轭平面中来简单地获得强度调制（Farah等人，2007; ...
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| Flow Cytometric Analysis of HIV-1 Transcriptional Activity in Response to shRNA Knockdown in A2 and A72 J-Lat Cell Lines
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Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract] The main obstacle to eradicating HIV-1 from patients is post-integration latency (Finzi et al., 1999). Antiretroviral treatments target only actively replicating virus, while latent infections that have low or no transcriptional activity remain untreated (Sedaghat et al., 2007). To eliminate viral reservoirs, one strategy focuses on reversing HIV-1 latency via ‘shock and kill’ (Deeks, 2012). The basis of this strategy is to overcome the molecular mechanisms of HIV-1 latency by therapeutically inducing viral gene and protein expression under antiretroviral therapy and to ...
[摘要] 消除HIV-1患者的主要障碍是后整合延迟（Finzi等人，1999）。抗逆转录病毒治疗仅针对主动复制病毒，而具有低转录活性或无转录活性的潜伏感染仍未得到治疗（Sedaghat等人，2007）。为了消除病毒性水库，一项战略重点是通过“休克和杀死”来逆转HIV-1潜伏期（Deeks，2012）。该策略的基础是通过在抗逆转录病毒治疗下通过治疗性诱导病毒基因和蛋白质表达来克服HIV-1潜伏期的分子机制，并通过病毒的溶解性质或现在识别感染细胞的免疫系统引起选择性细胞死亡。最近，许多研究已经描述了药物抑制人类溴结构域蛋白质的溴结构域和末端（BET）家族的成员的治疗潜力（Filippakopoulos等人，2010; Dawson等人＆ / em>，2011; Delmore等人，2011），其包括BRD2，BRB3，BRD4和BRDT。小分子BET抑制剂，例如JQ1（Filippakopoulos et al。，2010; Delmore等人，2011），I-BET（Nicodeme等人＆lt; / ...
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| Nuclei Isolation from Nematode Ascaris
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Preparing nuclei is necessary in a variety of experimental paradigms to study nuclear processes. In this protocol, we describe a method for rapid preparation of large number of relatively pure nuclei from Ascaris embryos or tissues that are ready to be used for further experiments such as chromatin isolation and ChIP-seq, nuclear RNA analyses, or preparation of nuclear extracts (Kang et al., 2016; Wang et al., 2016).
[摘要] 在各种实验范例中准备核是必要的，以研究核过程。在本协议中，我们描述了一种从准备用于进一步实验（如染色质分离和ChIP-seq，核RNA）的蛔虫胚胎或组织快速制备大量相对纯的核的方法分析或准备核提取物（Kang等人，2016; Wang等人，2016）。
背景 核分离通常是研究核事件的分子和生物化学方面的第一步。已经开发了几种方法来分离来自不同组织和细胞类型的细胞核。然而，除了C以外的线虫的细胞核分离方案很少。已经描述了线索，（Ooi等人，2010; Zanin等人，2011; Haenni等人，2012， ）。已经使用寄生线虫蛔虫的胚胎来制备用于体外无细胞系统的各种提取物（Cohen等人，2004） ; Lall等人，2004）。然而，这些提取物通常是全细胞提取物。在这里，我们描述了从线虫蛔虫制备细胞核的方法。
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