| Identifying Protein Interactions with Histone Peptides Using Bio-layer Interferometry
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Author:
Date:
2018-09-20
[Abstract] Histone post-translational modifications (PTMs) regulate numerous cellular processes, including gene transcription, cell division, and DNA damage repair. Most histone PTMs affect the recruitment or exclusion of reader proteins from chromatin. Here, we present a protocol to measure affinity and interaction kinetics between histone peptides and the recombinant protein using Bio-layer interferometry.
[摘要] 组蛋白翻译后修饰（PTM）调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复。 大多数组蛋白PTM影响从染色质中募集或排除读取蛋白。 在这里，我们提出了一个协议，使用生物层干涉测量法测量组蛋白肽和重组蛋白之间的亲和力和相互作用动力学。
【背景】真核染色质结构大致分为常染色质和异染色质（Cheung和Lau，2005），异染色质结构根据组蛋白翻译后修饰（PTM）的组合进一步细分。这些PTM不仅改变染色质构象，还在基因表达和蛋白质募集中建立直接调节作用（Felsenfeld和Groudine，2003; Allshire和Madhani，2017）。组蛋白PTM的无数组合 - 包括乙酰化，磷酸化，甲基化，泛素化，生物素化，SUMO化和脯氨酸异构化，统称为“组蛋白标记” - 可以被发现，特别是在从核小体核心突出的非结构化N末端尾部（ Guetg和Santoro，2012）。这些PTM通过不同“读者”或效应蛋白的活动调节许多细胞过程，包括基因转录，细胞分裂和DNA损伤修复（Suganuma和Workman，2011）（Musselman et al。， 2012）。因此，已经做出很大努力来识别读者的组蛋白修饰。
使用常规方法（例如，表面等离子体共振[SPR]和SPR成像[SPRi]生物传感器）研究读取蛋白与其靶蛋白PTM之间的相互作用通常需要大量底物或复杂的多步实验方法并且由于各种方法特定的限制而变得复杂。这些问题排除了量化相互作用强度的简便性和准确性（Phizicky和Fields，1995; ...
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| Determination of Local pH Differences within Living Salmonella Cells by High-resolution pH Imaging Based on pH-sensitive GFP Derivative, pHluorin(M153R)
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Date:
2017-09-05
[Abstract] The bacterial flagellar type III protein export apparatus is composed of a transmembrane export gate complex and a cytoplasmic ATPase complex. The export apparatus requires ATP hydrolysis and the proton motive force across the cytoplasmic membrane to unfold and transport flagellar component proteins for the construction of the bacterial flagellum (Minamino, 2014). The export apparatus is a proton/protein antiporter that couples the proton flow with protein transport through the gate complex (Minamino et al., 2011). A transmembrane export gate protein, FlhA, acts as an energy ...
[摘要] 细菌鞭毛III型蛋白质输出装置由跨膜出口门复合物和胞质ATP酶复合物组成。出口设备需要ATP水解和跨细胞质膜的质子动力来展开和转运鞭毛成分蛋白以构建细菌鞭毛（Minamino，2014）。出口设备是质子/蛋白质反向转运体，其将质子流与通过门络合物的蛋白质转运相结合（Minamino等，2011）。跨膜输出门蛋白FlhA与胞质ATP酶复合物一起作为能量转导（Minamino等，2016）。为了直接测量通过与鞭毛蛋白输出相结合的FlhA通道的质子流，我们开发了具有高空间和pH分辨率的体内pH成像系统（Morimoto等，2016）。在这里，我们描述了我们如何测量生活沙门氏菌细胞出口设备附近的局部pH（Morimoto et al。，2016）。我们的方法可以应用于广泛的活细胞。由于局部pH值是监测活细胞活性的最重要参数之一，因此我们的方案将广泛应用于生命科学的各个领域。
【背景】已经检测到跨膜质子通道复合物的质子通道活性是细菌细胞的细胞质pH降低（Morimoto等，2010; Che等，2014; Furukawa等，2017）。然而，为了详细测量活细胞中膜复合物的质子通道活性，需要精确测量局部细胞质pH。绿色荧光蛋白（GFP）的衍生物，pHluorin，激发波长为410和470 nm，发射于508 nm是测量活细胞胞质pH值的有用探针（Miesenböcket ...
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| Incubation of Cyanobacteria under Dark, Anaerobic Conditions and Quantification of the Excreted Organic Acids by HPLC
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Author:
Date:
2017-05-05
[Abstract] Succinate and lactate are commodity chemicals used for producing bioplastics. Recently, it was found that such organic acids are excreted from cells of the unicellular cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 under dark, anaerobic conditions. To conduct the dark, anaerobic incubation, cells were concentrated within a vial that was then sealed with a butyl rubber cap, following which N2 gas was introduced into the vial. The organic acids produced were quantified by high-performance liquid chromatography via post-labeling with bromothymol blue as a pH indicator. After ...
[摘要] 琥珀酸盐和乳酸盐是用于生产生物塑料的商品化学品。最近发现这样的有机酸从单细胞蓝细菌集胞藻的细胞中排出。 PCC 6803在黑暗，无氧条件下。为了进行黑暗的厌氧培养，将细胞浓缩在小瓶内，然后用丁基橡胶帽密封，随后将N 2气体引入小瓶中。通过用溴百里酚蓝作为pH指示剂的后标记，通过高效液相色谱定量产生的有机酸。通过离子排阻色谱分离后，通过将其保留时间与标准溶液的保留时间进行比较来鉴定有机酸。这些程序允许研究人员量化微生物产生的有机酸，有助于蓝藻生物学和生物技术的知识。
背景 蓝细菌是一组进行氧合光合作用的细菌。集胞藻 sp。 PCC 6803（以下称为集胞藻6803）是非固氮，单细胞蓝细菌，通常用于基础和应用研究。集胞藻6803细胞能够在黑暗和厌氧条件下分泌有机酸，如琥珀酸盐和乳酸盐（Osanai等，2015）。培养条件的遗传操作和修饰，例如添加钾或NaHCO 3，成功地提高了从集胞藻6803细胞排出的有机酸的水平（Osanai >等人，2015; Hasunuma等人，2016; Iijima等人，2016; Ueda等人。 ...
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