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Applied Biosystems® 2720 Thermal Cycler
公司名称: Thermo Fisher Scientific
产品编号: Biosystems® 2720
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Generation of Mutant Pigs by Direct Pronuclear Microinjection of CRISPR/Cas9 Plasmid Vectors
Author:
Date:
2017-06-05
[Abstract]  A set of Cas9 and single guide CRISPR RNA expression vectors was constructed. Only a very simple procedure was needed to prepare specific single-guide RNA expression vectors with high target accuracy. Since the de novo zygotic transcription had been detected in mouse embryo at the 1-cell stage, the plasmid DNA vectors encoding Cas9 and GGTA1 gene specific single-guide RNAs were micro-injected into zygotic pronuclei to confirm such phenomenon in 1-cell pig embryo. Our results demonstrated that mutations caused by these CRISPR/Cas9 plasmids occurred before and at the 2-cell stage of ... [摘要]  构建了一套Cas9和单引导CRISPR RNA表达载体。 需要一个非常简单的程序来制备具有高目标精度的特异性单向RNA表达载体。 由于在1细胞期的小鼠胚胎中已经检测到了合并的合子转录，所以将编码Cas9和GGTA1基因特异性单向RNA的质粒DNA载体微注射到合子原核中以确认 1细胞猪胚胎现象。 我们的研究结果表明，这些CRISPR / Cas9质粒引起的突变发生在猪胚胎的2细胞阶段之前和之后，表明除了体外转录的RNA的细胞质显微注射外，CRISPR / Cas9 DNA载体为产生基因敲除猪提供了有效的解决方案。

背景 由于最初发现了大肠杆菌基因组（Ishino）中的大肠杆菌基因组下游的32bp间隔的串联重复的高度保守的29个碱基对（bp）序列，等等，1987; Nakata等人，1989），在约50％至50bp的大小变化的短定期间隔重复序列的家族中发现约50％细菌和90％的古细菌（Makarova等人，2015）。根据它们的特征结构，Mojica（Mojica等人，2009）和Jansen（Jansen等人）引入了定期交织的短回文重复序列（CRISPR）的名称， ，2002），目前普遍使用。首先通过核苷酸序列比对（Jansen等人，2002）在CRISPR基因座的侧翼首先鉴定了一组CRISPR相关基因 cas1 ...

Ultradeep Pyrosequencing of Hepatitis C Virus to Define Evolutionary Phenotypes
Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract]  Analysis of hypervariable regions (HVR) using pyrosequencing techniques is hampered by the ability of error correction algorithms to account for the heterogeneity of the variants present. Analysis of between-sample fluctuations to virome sub-populations, and detection of low frequency variants, are unreliable through the application of arbitrary frequency cut offs. Cumulatively this leads to an underestimation of genetic diversity. In the following technique we describe the analysis of Hepatitis C virus (HCV) HVR1 which includes the E1/E2 glycoprotein gene junction. This procedure describes ... [摘要]  使用焦磷酸测序技术的高变区（HVR）分析受到纠错算法解释存在的变异异质性的能力的阻碍。通过应用任意频率切断，对样本间波动与色情子群体的分析以及低频变体的检测是不可靠的。累积地导致遗传多样性的低估。在以下技术中，我们描述了包含E1 / E2糖蛋白基因连接的丙型肝炎病毒（HCV）HVR1的分析。该程序描述了HCV在治疗初始环境中的演变，从10年来收集的10个样品中，使用在Roche GS FLX钛平台上进行的超深度焦磷酸测序（UDPS）（2014年，Palmer等人） 。使用血清样品的初步克隆分析来通知允许达到更大序列深度的下游误差校正算法。已经针对HCV基因型1,2,3和4测试了该区域的PCR扩增。

背景 衍生自病毒扩增子的UDPS数据集的分析经常依赖于未针对扩增子分析进行优化的软件工具，假设随机并入测序突变，并且集中在找到真实序列而不是假变异体。存在于RNA病毒基因组中的高变区存在这些困难。许多利用UDPS的研究通过对数据应用任意的频率切断来寻求解决这些问题，从而导致小的变体的丢失。在这里，暂时匹配的克隆数据集以及旨在克服所概述的问题的纠错方法，有助于保留有价值的序列信息。

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