| A Quantitative Heterokaryon Assay to Measure the Nucleocytoplasmic Shuttling of Proteins
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Author:
Date:
2018-09-05
[Abstract] Many proteins appear exclusively nuclear at steady-state but in fact shuttle continuously back and forth between the nucleus and the cytoplasm. For example, nuclear RNA-binding proteins (RBPs) often accompany mRNAs to the cytoplasm, where they can regulate subcellular localization, translation and/or decay of their cargos before shuttling back to the nucleus. Nucleocytoplasmic shuttling must be tightly regulated, as mislocalization of several RBPs with prion-like domains such as FUS and TDP-43 causes the cytoplasmic accumulation of solid pathological aggregates that have been implicated in ...
[摘要] 许多蛋白质在稳态下仅出现核，但事实上在细胞核和细胞质之间连续地来回穿梭。例如，核RNA结合蛋白（RBP）通常伴随mRNA到达细胞质，在那里它们可以在穿梭回到细胞核之前调节其货物的亚细胞定位，翻译和/或腐烂。必须严格调节核质穿梭，因为几种RBP与朊病毒样结构域如FUS和TDP-43的错误定位导致固体病理性聚集体的细胞质积累，这些聚集体与肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆等神经退行性疾病有关。 （FTD）。传统上，种间异核体分析已被用于确定感兴趣的核蛋白是否穿梭;这些分析是基于来自两个不同物种（例如，小鼠和人类）的供体和受体细胞之间的融合，可以根据不同的染色质染色模式区分，并检测蛋白质的外观。受体核。然而，异核体的鉴定需要经验并且容易出错，这使得难以获得用于定量研究的高质量数据。此外，荧光标记的RBP在供体细胞中的瞬时过表达通常导致其异常的亚细胞定位。在这里，我们提出定量测定，其中表达接近生理水平的eGFP标记的RBP的稳定供体细胞系与表达膜标记物CAAX-mCherry的受体细胞融合，允许容易地鉴定和成像大量高可信度异核体。我们的测定法可用于测量任何感兴趣的核蛋白在不同细胞类型，不同细胞条件下或突变蛋白之间的穿梭活性。
【背景】要了解蛋白质的各种功能，重要的是找出它在细胞内定位的位置。标准的微观和生物化学方法仅在其稳态浓度高于检测阈值时才揭示蛋白质的存在。他们不排除它在短暂地定位的情况下扮演其他重要角色的可能性（Gama-Carvalho和Carmo-Fonseca，2001）。例如，许多RBP在不同的细胞区室中发挥作用，它们伴随着它们的结合mRNA（通常未检测到）并连接真核基因表达的多个步骤（Müller-McNicoll和Neugebauer，2013）。 ...
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| Sleeping Beauty Transposon-based System for Rapid Generation of HBV-replicating Stable Cell Lines
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Author:
Date:
2018-07-05
[Abstract] The stable HBV-transfected cell lines, which based on stable integration of replication-competent HBV genome into hepatic cells, are widely used in basic research and antiviral drug evaluation against HBV. However, previous reported strategies to generate HBV-replicating cell lines, which primarily rely on random integration of exogenous DNA by plasmid transfection, are inefficient and time-consuming. We newly developed an all-in-one Sleeping Beauty transposon system (denoted pTSMP-HBV vector) for robust generation of stable HBV-replicating cell lines of different genotype. The pTSMP-HBV ...
[摘要] 稳定的HBV转染细胞系基于将复制能力的HBV基因组稳定整合到肝细胞中，广泛用于基础研究和针对HBV的抗病毒药物评估。然而，先前报道的产生HBV复制细胞系的策略（其主要依赖于通过质粒转染的外源DNA的随机整合）是低效且耗时的。我们新开发了一体化睡眠美容转座子系统（表示为pTSMP-HBV载体），用于稳定产生不同基因型的稳定HBV复制细胞系。 pTSMP-HBV载体含有HBV1.3拷贝基因组和双重选择标记（mCherry和嘌呤霉素抗性基因），允许通过红色荧光激活细胞分选和嘌呤霉素抗生素选择快速富集稳定转染的细胞。在该方案中，我们描述了构建HBV复制稳定细胞和系统评估这些细胞的HBV复制和病毒蛋白表达谱的详细程序。
【背景】慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染目前是一个主要的公共卫生负担，影响全球超过2.4亿人（Witt-Kehati et al。，2016）。慢性HBV患者患慢性活动性肝炎，肝硬化或原发性肝细胞癌（HCC）的风险升高（Schweitzer et al。，2015）。目前用干扰素-α或核苷类似物治疗并不能根除病毒，它们对清除乙型肝炎表面抗原（HBsAg）的作用有限（Lucifora和Protzer，2016; Soriano et al。，2017） 。因此，迫切需要开发新的抗病毒抑制剂（Nassal，2015）。
用于评估新药抗HBV活性的细胞培养模型是新药开发的重要工具。稳定的HBV复制细胞系，携带复制能力的HBV基因组稳定整合到人肝癌细胞系（Huh7和/或HepG2）的基因组中，被广泛用于评估抗病毒药物的作用（Witt-Kehati ...
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| Endogenous C-terminal Tagging by CRISPR/Cas9 in Trypanosoma cruzi
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Author:
Date:
2017-05-20
[Abstract] To achieve the C-terminal tagging of endogenous proteins in T. cruzi we use the Cas9/pTREX-n vector (Lander et al., 2015) to insert a specific tag sequence (3xHA or 3xc-Myc) at the 3’ end of a specific gene of interest (GOI). Chimeric sgRNA targeting the 3’ end of the GOI is PCR-amplified and cloned into Cas9/pTREX-n vector. Then a DNA donor molecule to induce DNA repair by homologous recombination is amplified. This donor sequence contains the tag sequence and a marker for antibiotic resistance, plus 100 bp homology arms corresponding to regions located right upstream of ...
[摘要] 为了实现克氏锥虫内源蛋白的C末端标记，我们使用Cas9 / pTREX-n载体（Lander等，2015）在3'末端插入特异性标签序列（3xHA或3xc-Myc）特定的感兴趣基因（GOI）。将靶向GOI 3'末端的嵌合sgRNA进行PCR扩增，并克隆到Cas9 / pTREX-n载体中。然后扩增通过同源重组诱导DNA修复的DNA供体分子。该供体序列包含标签序列和抗生素抗性标记，加上对应于位于终止密码子右上游的区域和在GOI基因座的Cas9靶位点下游的100bp同源臂。载体pMOTag23M（Oberholzer等，2006）或pMOHX1Tag4H（Lander等，2016b）用作DNA供体扩增的PCR模板。用sgRNA / Cas9 / pTREX-n构建体和DNA供体盒共转染的Epimastigotes然后用抗生素培养5周以选择双重抗性寄生虫。最终通过PCR和Western印迹分析验证了内源基因标记。
【背景】自从CRISPR / ...
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